В 1845 году в Нахичевань прибыл новый губернатор Федоров, сменивший на этом посту графа Воронцова.

5 октября 1845 года в город прибыл наследник престола — Великий князь Константин Павлович в сопровождении его воспитателя графа Витте.

Как уже ранее упоминалось, в октябре же 1845 года вновь избранный Католикос всех армян Нерсес остановился в городе Нор-Нахичеване по дороге в Эчмиадзин, его встречали городской голова А. П. Халибян и такие уважаемые граждане, как Геворг Хатроян, Даниил Одабашьян, Тер-Мартирос, Тер-Хрмаджян и Хачатур Хрмаджян. Католикос помолился в церкви Сурб Григор Лусаворич, поручил городскому голове А. Халибяну привести в порядок осыпавшийся посеребренный церковный купол, а также собрать церковные подати за год. С этого момента А. Халибян фактически стал в Нор-Нахичеване местоблюстителем Нахичеванской и Бессарабской епархии. Тогда же и началась многолетняя его вражда и тяжба из-за церковных денег с Г. Патканяном и М. Налбандяном, а также с так называемой антихалибовской группой жителей города. Халибяну удалось через Католикоса Нерсеса Аштаракского избавиться от главного «возмутителя спокойствия в городе». Габриэл Патканян с семьей переехал в Тифлис.

Однако в городе к тому времени выросло новое поколение молодых купцов, которые не прочь были прибрать к рукам не только богатства А. Халибяна и его сторонников, но и власть. Угадав момент, они рвались в бой, которым командовал двадцатичетырехлетний купец Карапет Айрапетян, а идейным вождем был двадцатилетний Микаэл Налбандян. Карапет Айрапетян был наиболее умный, авторитетный и сильный представитель нового поколения нахичеванских купцов. Это был активный и деятельный молодой человек. Свое немалое состояние сколачивал следующим образом. Ездил в Сибирь за маслом, которого было там много, отборного качества и очень дешевого. Закупленным маслом заполняли огромное количество бочек и бросали их в реку Каму. Быстрое течение несло эти бочки до самого Царицына, затем бочки вылавливались из воды, и сушей переправлялись до Калача, а здесь вновь сплавляли по Дону до Нахичевана, где товар через причалы Айрапетяна продолжал свой путь в Константинополь, Западную Европу, вплоть до Англии. Агрессивность и последовательность молодого Айрапетяна и его сторонников оказались неожиданностью для вступившего в седьмой десяток Халибяна. Он почувствовал необходимость передышки, поэтому по тактическим соображениям пообещал удовлетворить ходатайство о возвращении Патканяна в Нор-Нахичеван.

В ответ на письмо горожан от 21 июля 1857 года С. Ланской предлагает таганрогскому градоначальнику вмешаться в дело о востребовании денег с городского головы города Нор-Нахичевана Артемия Павловича Халибяна.

По указанию духовного представителя магистрата была назначена комиссия из известных горожан: купцов К. Айрапетяна, С. Каялова, А. Попова, Д. Карагашева, М. Чайлахьяна и К. Кохбетяна. На требование комиссии А. Халибян дает следующее объяснение: до 1842 года церковные финансовые дела велись очень неаккуратно. Католикос Нерсес поручил ему, А. П. Халибяну, привести их в порядок. Ему удалось выяснить, что 39 187 рублей из церковных средств находились на руках различных лиц. Приход 1845–1847 годов составил 73 500 рублей. Из них 15 000 рублей были высланы Католикосу, а 116 000 рублей были использованы на строительство храма и ограды, на 31 700 рублей имелись соответствующие векселя. Комиссия выяснила, что на 1 января 1856 года в распоряжении Халибяна находилась сумма в 148 187 рублей. Комиссия наложила арест на имущество А. П. Халибяна.

В 1858 году Городской голова С. Аладжалян потребовал от А. Халибяна отчет за последние годы пребывания его у власти, однако тот отказался давать отчет, мотивируя тем, что уже дал объяснение таганрогскому градоначальству.

23 января 1858 году в Нахичевань приехал архимандрит Габриэл Айвазовский — предводитель Нахичеванской и Бессарабской епархии. Остановился он в доме Поповяна. Разобравшись в возникшем конфликте между Патканяном и Халибовым, Айвазовский призвал «халибовцев» и «айрапетянцев» к миру и согласию. Возглавляющий антихалибовскую группировку Карапет Айрапетян сам подписал «договор о мире». Однако он пошел на это ради того, чтобы использовать «перемирие», для организации успешных для себя выборов городского головы. Габриэл Патканян был оправдан.

Одержав на выборах победу над Арутюном Халибяном, невозможную без помощи и поддержки Микаэла Налбандяна, Карапет Айрапетян вдруг как-то поостыл к своему идейному единомышленнику.

Из всех друзей и соратников Микаэла пока только один Карапет Айрапетян достиг того, о чем мечтал — должности городского головы. Достиг с помощью Микаэла Налбандяна и считал дальнейшую борьбу бессмысленной и излишней. Однако, невзирая на клятвы и заверения, Габриэл Патканян продолжил свою борьбу против городского головы А. Халибяна, обвиняя его в казнокрадстве. Вскоре появились свидетели, утверждающие, что Г. Патканян намеревается убить А. Халибяна. По просьбе последнего в Нахичевань из Таганрога прибыл начальник жандармской команды барон Клейст. Была организована провокация: двух жандармов и одного гражданского человека переодели в разбойников. Они должны были встретиться с Г. Патканяном на кладбище, где он им передал деньги для разбойного нападения на Халибова. «…Барон Клейст, стряпчий Семенов и заседатель Маслинов с понятыми предварительно прибыли на кладбище. Спрятались во рву. После того как „разбойники“ получили деньги, Халибов и жандармы появились и Патканян был задержан. За организацию покушения на городского голову Халибова с целью убийства Г. Паткаанян был осужден на 10 лет. По настоянию Николая I Г. Патканян был лишен духовного звания. Только после многочисленных просьб жителей Нор-Нахичевана император Александр II в 1876 году издал указ „О полном монаршем помиловании Патканяна“».

После того как Артемий Павлович Халибян не был избран городским головой, а антихалибовская группировка продолжала сомневаться в его непричастности к финансовым операциям городской казны, хотя неоднократные проверки не давали повода для сомнений. Хотя Артемий Павлович был самодостаточным, богатым купцом, притязания к нему продолжались. Так, в 1861 году городской голова Карапет Айрапетян потребовал отчет об общественных средствах за три последних года пребывания А. П. Халибяна в должности. Артемий Павлович мотивировал свой отказ тем, что Екатеринославская налоговая палата в свое время уже проверяла и утвердила смету доходов и расходов. В свою очередь А. Халибян обвинил К. Айрапетяна в том, что он избрал М. Налбандяна делегатом и направил его в Индию, тогда как он не пользовался доверием некоторых «почетных граждан» и авторитетом у общества.

Однако К. Айрапетян потребовал 12 мая 1864 года от имени Екатеринославского губернского правления решения затребовать у Халибяна отчет о доходах и расходах за семь лет пребывания его на посту городского головы. Министр, генерал-адъютант А. Тимашев распорядился оставить это дело без последствий.

Артемий Павлович постепенно отошел отдел. Он оставался гласным Городской думы, активно участвовал в обсуждении насущных и злободневных вопросов города. В 1868 году вновь остро встал вопрос о слиянии двух городов — Ростова и Нахичевани. Министр, генерал-адъютант А. Тимашев представил 7 октября 1868 года свои исключительно положительные соображения по поводу объединения двух городов и предложения в виде проекта, состоящего из десяти пунктов. В Нахичевани началось массовое движение за сохранение привилегий армян и предотвращение присоединения их родного города к Ростову. Армяне обратились за помощью к своему влиятельному деятелю — Артемию Павловичу Халибяну и его многочисленным сторонникам, чтобы провалить эту затею. В 1869 году от магистрата отделяется судебная часть, а в следующем 1870 году деятельность магистрата вообще прекращается, тем самым был положен конец самоуправлению армянской колонии на Дону.

Армяне Нор-Нахичевана, считали себя полноправными гражданами России, проявляли патриотизм в периоды внешней угрозы по отношению к их новой Родине. Так, в 1847 году во время походов против горцев Северного Кавказа нахичеванское общество направило командующему войсками графу Воронцову специальное послание, в котором желало ему успехов. В ответном письме Воронцов выразил армянскому обществу свою признательность за добрые пожелания. Армянская колония на Дону приняла действенное участие в Крымской кампании 1853–1856 годов. Основным театром военных действий между Турцией и ее англо-французскими союзниками и русскими войсками стали Крымский полуостров и районы Черноморского побережья. В Нор-Нахичеване был организован сбор пожертвований, их общая сумма достигала десяти тысяч рублей. Город Нор-Нахичеван снабжал русскую конницу лошадьми. А Халибов передал безвозмездно Черноморскому флоту 10 000 пудов антрацита. Для ухода за ранеными солдатами армянская община выделила сначала 5000 рублей, а вскоре еще 4549 рублей. На собственные средства было изготовлено 10 500 пудов сухарей для армии. Купец К. Айрапетян на личные средства закупил для армии 2800 четвертей сухарей. В 1854 году город Нор-Нахичеван и несколько сел приняли на постой солдат 81-й пехотной дивизии, добровольно выделили для них транспортные средства. Крестьяне из окрестных сел добровольно безвозмездно перевезли на своих подводах провиант для русской армии из Таганрога до Керчи и давали средства семьям военных эвакуированных из мест сражения.