Сравнительная уединенность, относительно «тихая и мирная» жизнь обители сделали ее своеобразной «резиденцией» ссыльных. Здесь отбывали ссылку многие неугодные московским правителям лица. В конце XV века тут нашел приют опальный митрополит киевский Спиридон, а в XVII веке коротал свои дни неуемно честолюбивый, некогда могущественный и всесильный патриарх Никон.
Митрополит Спиридон, философ и богослов, человек необычайно просвещенный, написал в стенах обители два сочинения — «Изложение о православной истинной нашей вере» и «Житие святых Зосимы и Савватия Соловецких». Первое из них, во многом полемическое, было направлено против вероотступников, еретиков, выступления которых волной прокатились по Новгороду, Пскову и Москве, вызвав смятение в умах современников и даже среди самих церковников.
Польско-шведская интервенция начала XVII века мало отразилась на жизни монастыря. Захваченный неприятельскими отрядами в 1614 году, он подвергся сравнительно небольшому разорению. Однако общий экономический упадок Белозерья, вызванный нашествием, задержал дальнейшее развитие обители почти на тридцать лет. Кратковременное оживление хозяйственной деятельности и каменного строительства в Ферапонтове в 1640-х годах было вызвано рядом льгот со стороны царского дома Романовых. Впоследствии этот «духовный центр» постепенно приходит в упадок и запустение.
Тяжким бременем легла на обитель и забота о содержании опального патриарха Никона, проживавшего здесь с 1666 по 1676 год. Сосланный сюда после низложения церковным собором, Никон не переставал надеяться на скорое возвращение и требовал тех же патриарших почестей от окружающих и тех же привилегий, которыми он пользовался в былые времена. Избалованный ранее почти неограниченной властью, он постоянно выдвигал все новые и новые требования. Монастырские власти, также не уверенные в том, что судьба окончательно отвернулась от бывшего патриарха, считались с капризами этого честолюбивого и властного человека.
По указанию Никона воздвигли в Ферапонтове особые хоромы — «кельи многие житей с двадцать пять» со «сходами и всходами», среди Бородавского озера насыпали из камней остров в форме креста. На острове Никон водрузил деревянный крест и проводил долгое время в молитвах. На кресте была вырезана следующая надпись: «Животворящий крест Христов поставил смиренный Никон, Божию милостию патриарх, будучи в заточении за слово Божие и за св. Церковь на Белоозере в Ферапонтове монастыре в тюрьме». Кресты с подобными же надписями были расставлены по его приказанию в разных местах на дорогах возле монастыря.
После смерти царя Алексея Михайловича в 1676 году положение Никона резко изменилось в худшую сторону. Патриарх Иоаким, его давний враг, предъявил ему многочисленные обвинения как смешные и нелепые, так и очень серьезные, например, сношения с посланцами Степана Разина. Этого было достаточно, чтобы перевести Никона в Кирилло-Белозерский монастырь и установить за ним усиленный надзор. Только в 1681 году Никон получил разрешение вернуться в созданный им Воскресенский Ново- Иерусалимский монастырь под Москвой, но по дороге заболел и умер.
С конца XVII века Ферапонтов монастырь окончательно приходит в упадок. В 1798 году обитель была упразднена, а ее церкви сделаны приходскими. В XVIII–XIX веках древние здания подверглись варварским ремонтам и переделкам, а некоторые были уничтожены. В 1857 году обветшавшую деревянную монастырскую ограду заменили каменной, которая частично дошла до нашего времени.
В начале XX века, в связи с пятисотлетием со дня основания, монастырь открыли вновь, но уже как женский. В 1908–1915 годах в нем были проведены восстановительные работы под руководством известных исследователей древнерусского искусства П. П. Покрышкина и К. К. Романова. Ныне здесь — филиал Кирилловского историкохудожественного музея,
Ферапонтов монастырь в отличие от соседнего Кирилло- Белозерского не был сколько-нибудь сильно укреплен и не считался крепостью. Вместо мощных каменных стен он имел лишь деревянную ограду с невысокими башнями по углам.
Главным, парадным въездом в монастырь служили каменные ворота в западной стене ограды, как обычно, называвшиеся Святыми, с кельей и сторожкой по сторонам и двумя небольшими храмами — Богоявления и Ферапонта — над ними (илл. 97). Это хорошо сохранившееся сооружение, построенное в 1649 году, составляло прежде основной фасад всего архитектурного комплекса, обращенного к дороге. По своей композиции — ворота внизу и храмы вверху — оно довольно традиционно.
Нижний ярус с двумя различной величины проездами, устои которых снаружи трактованы в виде широких граненых столбов с базами и капителями, типичен для таких построек. Гораздо своеобразнее выглядит верхний этаж, занятый двумя церквами. Это — прямоугольный объем с небольшими оконными проемами, завершенный прямым карнизом и покрытый четырехскатной кровлей. По своим формам он близок скорее к обычным гражданским, нежели к культовым постройкам, что явно свидетельствует о нарастании элементов светскости, так называемом процессе «обмирщения» в церковном зодчестве Руси в середине XVII века. Да и внутри объединенное помещение храмов плохо приспособлено для службы. Узкое, вытянутое, разделенное на две части только аркой, со слегка пониженными прямоугольными алтарями, оно явно не соответствует церковным каноническим архитектурным формам. Подобные храмы для данной эпохи представляли новшество, получив широкое развитие только в конце XVII-начале XVIII века.
95. Ферапонтов монастырь. Общий вид
Лишь возвышающиеся над кровлей на низких восьмериках два шатра, завершенные главками, указывают, что перед нами — храмы. Шатры, как это свойственно XVII столетию, имеют чисто декоративный характер. Они глухие и никак не связаны с внутренним пространством здания, ибо расположены прямо на сводах, с помощью опорных арок и столбов.
Живописны и нарядны фасады храмов. Пилястры делят их на две части соответственно проездам ворот. Узкие, длинные окна заключены в изящные вытянутые наличники с килевидным острым верхом, а вверху между ними расположены круглые проемы с обрамлением. Под карнизом идет широкая полоса из двух рядов своеобразного кирпичного орнамента с круглыми терракотовыми вставками. Она явно навеяна традиционным убранством более ранних храмов Белозерья, однако талантливый зодчий XVII века создал на этой основе свой собственный декор.
96. Ферапонтов монастырь в XVII веке. Рисунок с гравюры
С юга к Святым воротам примыкает небольшое двухэтажное здание Казенной палаты, иногда неправильно называемое «сушилом» или «мереженным корпусом». Построено оно в XVI веке и, судя по некоторым изображениям монастыря XVII–XVIII веков, входило в линию прежней деревянной ограды. Архитектура этого интереснейшего, гражданского по своему назначению сооружения проста и монументальна. Массивные стены имеют уступ на 2 /з своей высоты, соответственно уровню пола верхнего этажа. Небольшие оконные проемы с сильными откосами, расположенные с южной и северной стороны, лишены каких-либо обрамлений. Особенно суров некогда являвшийся наружным западный фасад. Его глухую плоскость прорезает один проем и несколько щелевидных окон-бойниц. Лишь северный фасад, обращенный во двор монастыря, украшен скромным карнизом. Двускатная кровля венчает здание по линии север-юг. Внутри квадратные в плане помещения обоих этажей Казенной палаты перекрыты коробовыми сводами. Вход, расположенный в центре восточной стены, раньше находился внутри примыкавшей с этой стороны одноэтажной палаты.
За Святыми воротами открывается целая группа живописно стоящих зданий. Центральным в ней является соборный храм Рождества богородицы, сооруженный вскоре после пожара, в 1490 году (илл. 98). Это был второй после собора Спасо-Каменного монастыря монументальный храм на всем Севере. Естественно, что возведение его могло быть осуществлено лишь приглашенными мастерами. Таковыми, очевидно, были ростовские каменщики и зодчие. Новый собор близок по ряду деталей архитектуры к Успенскому собору Кириллова монастыря, построенному несколько позднее Прохором Ростовским. Кроме того, само его строительство связывается с именем архиепископа ростовского Иоасафа.