26 марта 2000 избран президентом, получив, согласно официальным данным, 39 740 434 голосов избирателей (52,94 %).

В мае 2000 года началась атака прокуратуры и силовых структур на телекомпанию НТВ, не поддерживавшую В.Путина в ходе президентских выборов. 11 мая были проведены обыски в офисах компании «Медиа-Мост» Владимира Гусинского, 13 июня В.Гусинский был арестован (16 июня освобожден под подписку о невыезде), а 20 июля в обмен на закрытие уголовных дел и снятие ареста с имущества был принужден к письменному обещанию продать НТВ и остальные СМИ «Медиа-Моста» принадлежащему государству «Газпрому».

13 мая 2000 Путин подписал указ о создании 7 федеральных округов и полномочиях представителей президента в округах.

20 сентября 2000 посетил Александра Солженицына в его доме и имел с ним длительную беседу.

В апреле 2001 была завершена операция по выводу телекомпании НТВ из собственности В.Гусинского и переводу ее под контроль полугосударственного «Газпром-медиа» (несогласные с новым состоянием телекомпании группа Е.Киселева переместилась на канал ТВ-6 Б.Березовского).

10 июля 2001 подписал дополнения в закон «Об охране окружающей природной среды» (окончательно принятые Думой 6 июля), которые разрешили ввоз на территорию РФ ядерных отходов.

В ночь с 21-е на 22-е января 2002 телевещание ТВ-6 было прекращено.

23 октября 2002 банда чеченских террористов захватила около 800 заложников во время представления мюзикла «Норд-Ост» в ДК на Дубровке, требуя вывода российских войск из Чечни. 26 ноября 2002 В.Путин распорядился о штурме ДК с применением отравляющего газа. В ходе операции по уничтожению террористов вместе с террористами погибли 130 заложников.

11 ноября 2002 в Брюсселе на вопрос французского журналиста о нарушениях прав человека Чечне, Путин ответил следующим образом: «…если вы хотите совсем уж стать исламским радикалом и готовы пойти даже на то, чтобы сделать себе обрезание, то я вас приглашаю в Москву. У нас многоконфессиональная страна, у нас есть специалисты и по этой проблеме. Я порекомендую сделать операцию таким образом, чтобы у вас уже ничего не выросло» («Ведомости», 13.11.02).

В конце июня 2003 санкционировал «наезд на ЮКОС» – обыски и аресты в окружении Михаила Ходорковского, предварительно представленного во враждебной ЮКОСу прессе как потенциального соперника Путина и вдохновителя проекта замены президентской системы правления на парламентскую. Осенью 2003 г. М.Ходорковский был арестован.

В период первого президентства Путина сформировался новый олигархат из высших чиновников (в основном спецслужбистского происхождения), контролирующих крупнйшие государственные и полугосударственные компания и одновременно являющихся бенефициарами крупных частных предприятий.

24 февраля 2004 Путин подписал указ об отставке правительства; исполняющим обязанности премьер-министра назначил Виктора Христенко. 1 марта 2004 выдвинул кандидатуру М.Фрадкова на пост главы правительства, которая

5 марта 2004 была утверждена Государственной Думой.

На президентских выборах 14 марта 2004 В.Путин получил, по официальным данным, 49.5657238 голосов избирателей (71,31 %) при явке 64,39 %.

В апреле 2004 г. повысил заработную плату себе и министрам.

9 мая 2004 во время праздничных торжеств на стадионе «Динамо» в Грозном сепаратистами взорвана правительственная трибуна, убиты 7 человек, в т. ч. президент Чечни Ахмад Кадыров и председатель Госсовета Хусейн Исаев, тяжело ранен командующий оккупационной группировкой войск генерал Валерий Баранов.

22 июня 2004 в ходе нападения боевиков на Ингушетию погибло 88 человек.

В июле 2004 подписал закон «О государственной гражданской службе РФ», согласно которому полностью и на неопределенный срок сохраняются льготы и привилегии для государственных чиновников и членов их семей. В начале августа 2004 администрация президента провела через Государственную Думу закон об отмене льгот для других категорий населения с неполной и неэквивалентной заменой некоторых из них на денежные выплаты («Закон № 122 известный также как «закон о монетизации льгот»),

21 августа 2004 при нападении боевиков на Грозный погибло 78 человек.

В ночь с 24 на 25 августа 2004 террористы-смертники взорвали два пассажирских самолета, вылетевших из Москвы, погибло 89 человек.

31 августа 2004 при взрыве у станции метро «Рижская» в Москве погибли 10 человек.

Не менее 338 человек (из них 186 – дети) стали жертвами захвата школы в Беслане чеченскими террористами 1–3 сентября 2004.

13 сентября 2004 на расширенном заседании правительства Путин, ссылаясь на необходимость усиления борьбы с терроризмом, заявил, что высшие должностные лица регионов России должны избираться Законодательными собраниями по представлению президента и что выборы депутатов Госдумы необходимо проводить только по партийным спискам.

12 декабря 2004 подписал закон об избрании глав субъектов РФ региональными парламентами по представлению президента РФ – закон отменяет прежний порядок прямого избрания глав субъектов федерации населением.

В апреле 2005 г., находясь с визитом в Германии, сообщил, что не планирует выдвигать свою кандидатуру на пост президента России в 2008 году: «Я не буду менять основной закон. По конституции нельзя избираться три раза подряд». При этом отметил, что избираться в третий раз не подряд российская конституция не запрещает: «Правда, не уверен, что я этого захочу».

12 сентября 2007 отправил в отставку правительство Михаила Фрадкова. 14 сентября, получив согласие Государственной Думы, назначил председателем правительства Виктора Зубкова. Неоднократно говорил, что на третий президентский срок не пойдет, поскольку чтит действующую Конституцию и считает неправильным пересматривать ее «под конкретного человека».

1 октября 2007 согласился возглавить список партии «Единая Россия» на декабрьских выборах в Госдуму.

10 декабря 2007 принял лидеров четырех партий – «Единой России», «Справедливой России», АПР и «Гражданской силы» – и согласился с их предложением поддержать кандидатуру Дмитрия Медведева на президентских выборах-2008.

На съезде «Единой России» 17 декабря 2007 принял предложение Дмитрия Медведева в случае избрания последнего президентом занять пост председателя правительства.

7 мая 2008 года Путин с себя президентские полномочия, одновременно став председателем партии «Единая Россия».

На внеочередном пленарном заседании Государственной Думы 8 мая 2008 был утвержден председателем правительства РФ.

В тот же день, 8 мая 2008 года, Медведев подписал указ о назначении Путина премьер-министром РФ.

27 мая 2008 Путин занял также пост председателя Совета министров Союзного государства Белоруссии и России.

В мае 2008 сформировал новый правительственный кабинет под своим руководством.

Сократил число заседаний Правительства до одного раза в месяц, восстановив взамен практику регулярных (раз в неделю) заседаний Президиума Правительства, в который включил абсолютное большинство членов кабинета (что позволяет Президиуму принимать коллегиальные решения от имени всего Правительства).

Возглавлял:

– Правительственную комиссию по контролю за осуществлением иностранных инвестиций в РФ;

– Совет по конкурентоспособности и предпринимательству при Правительстве РФ;

– Правительственную комиссию по бюджетным проектировкам на очередной финансовый год и плановый период;

– Государственную пограничную комиссию.

В 2008–2012 года фактически сохранял рычаги власти за собой, президентство Д.Медведева было в значительной степени номинальным.

После начала мирового финансового кризиса осенью 2008 года обвинил в нем правительство США.

С начала 2010 года требование отставки Путина стало регулярно звучать на митингах, созываемых для выражения общественного недовольства различными аспектами деятельности властей – ограничениями на ввоз иномарок (Калининград), снятием запрета на загрязнение Байкала стоками ЦБК (Иркутск) и т. д. Начало этому положил митинг в Калининграде (30 января 2010).