10 января 1992 по решению 13 сессии Петросовета была создана специальная депутатская Рабочая группа по расследованию деятельности КВС во главе с Мариной Салье (председателем комитета Петросовета по продовольствию) и Юрием Гладковым.

М.Салье вспоминает, что сырье, в т. ч. содержащее редкоземельные элементы, продавалось с разрешения КВС за границу «по демпинговым ценам, на порядок ниже рыночных».

Рабочая группа М.Салье рекомендовала мэру отстранить В.Путина от занимаемой должности и передала материалы своего расследования в городскую прокуратуру и в Контрольное управление Администрации президента.

Прокуратура криминала в деятельности В.Путина не усмотрела, хотя прокурор города Владимир Еременко и направил А.Собчаку представление о «некорректно составленных договорах КВС и неверном оформлении некоторых лицензий». Председатель КВЭС П.Авен также не стал опротестовывать лицензии, выданные петербургским КВС. Тем не менее, заместитель В.Путина А.Аникин был вынужден оставить свой пост, а часть заключенных под эгидой В.Путина сделок была расторгнута.

В качестве председателя КВС В.Путин лично курировал создание в 1992 году Петербургской валютной биржи, подписание в 1992 году договора о консультировании мэрии крупной международной аудиторской фирмой KPMG, инвестиционный проект по организацию производства в Санкт-Петербурге «Кока-колы».

Способствовал приходу в город ряда немецких компаний – в частности, при его содействии был открыт BNP-Drezdner Bank (Rossija) – один из первых иностранных банков на территории России.

В 1992 году во главе городской делегации В.Путин посетил Франкфурт-на-Майне, где он и другой член делегации, Владимир Смирнов (коммерческий партнер «авторитетного» петербургского бизнесмена Владимира Кумарина-Барсукова) убедили группу франкфуртских инвесторов создать немецкую компанию «S.Peterburg Immobilien und Beteilgungen Aktiengesellshaft» (известную также как SPAG), которая через посредство дочерних российско-немецких компаний занялась бы инвестированием в петербургскую недвижимость. Четыре чиновника петербургской мэрии, в том числе В.Путин, вошли в состав наблюдательного совета SPAG; Путин был заместителем председателя наблюдательного совета.

Фирму SPAG возглавил гражданин Лихтенштейна Рудольф Риттер, а петербургское АО «Знаменская», гендиректором которого был В.Смирнов (а членом правления – В.Кумарин-Барсуков) стала петербургским филиалом SPAG'a. 200 акций SPAG'a получила в собственность мэрия, от имени которой В.Путин передал их в управление В.Смирнову («Newsweek», 03.09.2001). (В 1999 году фирма SPAG именно в связи с причастностью к ней нового российского премьера В.Путина подверглась проверке со стороны германской Федеральной разведывательной службы BND. По результатам проверки BND обвинила Р.Риттера в том, что он занимался отмыванием денег как для российских криминальных группировок, так и для колумбийских наркоторговцев – кокаинового картеля Кали. В мае 2000 г. Риттер был арестован в столице Лихтенштейна Вадуце, а летом 2001 ему были официально предъявлены эти обвинения (La Repubblica, 13.07.2001; «Newsweek», 03.09.2001).

Внештатным советником фирмы SPAG В.Путин формально оставался до марта 2000 года (Le Monde, 25.06.2000 со ссылкой на директора фирмы Маркуса Резе).

В начале 1992 года В.Путин был назначен заместителем мэра Санкт-Петербурга с сохранением за ним поста председателя КВС.

Во время событий в сентябре – начале октября 1993 по поручению А.Собчака организовывал переброску в Москву полка спецназа, который участвовал в блокировании Белого дома, зачистке от сторонников парламента мэрии и гостиницы «Мир» (ЛГ, № 8(5778), 23–29 февраля 2000).

Начиная со второй половины 1993 года во время частых отъездов за границу А.Собчак стал оставлять вместо себя «на хозяйстве» именно В.Путина. Кроме Комитета по внешним связям ему была поручена также комиссия мэрии по оперативным вопросам.

В марте 1994 г. А.Собчак создал в Санкт-Петербурге городское правительство, став его председателем. Первым заместителем председателя правительства Санкт-Петербурга – председателем КВС был назначен В.Путин (позже в том же году название должности было изменено: первый заместитель мэра г. Санкт-Петербурга – председатель КВС).

В марте – апреле 1994 года курировал от городской исполнительной власти избирательную кампанию по выборам Городского (Законодательного) собрания и создание подконтрольного мэрии блока «Весь Петербург» («блок Сергея Беляева»). Расставив своих кандидатов почти по всем округам, блок «Весь Петербург» получил только 4 мандата из 24-х (2-е место после оппозиционного мэрии про» яблочного» блока «Любимый город», получившего 5 мандатов); из-за низкой явки избирателей еще в 26 округах выборы были признаны недействительными.

Осенью 1994 года курировал довыборы в Законодательное собрание (ЗС) Санкт-Петербурга, на которых около половины мандатов получили лояльные к мэрии бизнесмены и политики центристской и умеренно-демократической ориентации (в т. ч. 7 мандатов – «Единый демократический список», составленный из кандидатов партии «Демократический выбор России», блока «Весь Петербург», блока «Демократическое единство Петербурга» и нескольких независимых). 2-е место на довыборах заняли «Коммунисты Ленинграда» (4 мандата), 3-е место – «Любимый город» (3 мандата).

При поддержке группы независимых депутатов в ЗС Санкт-Петербурга добился в начале 1995 года снятия фракцией «Любимый город» неприемлемой для мэрии кандидатуры контр-адмирала Вячеслава Щербакова и избрания спикером более нейтрального Юрия Кравцова (от «Любимого города») – в связке с заместителями спикера независимыми депутатами Сергеем Мироновым (Строительная корпорация «Возрождение Санкт-Петербурга», избран от блока «Весь Петербург) и Виктором Новоселовым.

В начале мая 1995 В.Путин возглавил оргкомитет Санкт-Петербургского отделения НДР, а на учредительной конференции регионального отделения был избран председателем его совета. На учредительном съезде НДР 12 мая 1995 в Москве был избран членом совета ВОПД НДР (из 126 человек).

Летом-осенью 1995 руководил проведением кампании НДР по выборам в Государственную Думу. Во время этой избирательной кампании ему удалось привлечь в избирательный фонд НДР 1 миллиард 100 миллионов рублей (неденоминированных), предоставленных по большей части петербургскими банками (тогда как из центрального избирательного штаба НДР было перечислено только 15 миллионов руб. («Санкт-Петербургские ведомости», 1.12.1995).

В список НДР по Санкт-Петербургу была включена супруга А.Собчака Людмила Нарусова. Кандидат, выставленный НДР в единственном (из 8-ми) петербургских мажоритарных округов, проиграл выборы; по пропорциональной системе НДР заняло в городе 3-е место (после «Яблока» и Демократического выбора России) и получило 2 мандата, один из которых достался Л.Нарусовой.

В марте 1996 года вошел в штаб Санкт-Петербургско-го регионального отделения Общероссийского движения общественной поддержки Президента (ОДОПП), в которое объединились организации, выступавшие за переизбрание Б.Ельцина Президентом РФ. По этому поводу лидер петербургского «Яблока» Игорь Артемьев направил заявление в прокуратуру Санкт-Петербурга, утверждая, что участие В.Путина в работе отделения нарушает Закон «Об основных гарантиях избирательных прав граждан Российской Федерации» и, в частности, ограничение, направленное на «воспрепятствование использованию служебного положения отдельными должностными лицами в целях создания преимуществ для отдельных кандидатов». Прокуратура не дала ход этому заявлению, приняв к сведению версию В.Путина, он вошел в ОДОПП не как первый вице-мэр Санкт-Петербурга, а как руководитель региональной организации НДР.

Весной 1996 г. В.Путин занимался (вместе с Алексеем Кудриным) избирательной кампанией А.Собчака по выборам на пост губернатора Санкт-Петербурга. В.Путину А.Собчак поручил убедить депутатов городского Законодательного собрания перенести выборы с 16 июня на 19 мая, чтобы соперники не успели провести избирательную кампанию. Ранним утром 13 марта 1996 В.Путин привез в ЗС президентский указ, разрешавший выборы мэра 19 мая, и проект решения о переносе выборов, а затем «на протяжении недели буквально «выкручивал руки» городскому парламенту: кого-то уговаривал, кому-то откровенно обещал руководящую должность в мэрии, кого-то просил смириться с неизбежным» («Известия», 12.08.1999).