Хусейн был одним из немногих видных членов партии, кто не попал в тюрьму во время чистки Баас Арефом. Он очутился перед выбором: или попытаться бежать в Сирию и продолжать борьбу оттуда, или остаться в Багдаде и подвергнуться риску ареста. Выбрав второе, он не подчинился Национальному управлению в Дамаске, предписавшему ему явиться в сирийскую столицу. Причины такого решения понять нетрудно. Бегство из Ирака в то время, когда большинство лидеров Баас, включая Бакра, томилось в тюрьмах, по всей вероятности, было бы истолковано как трусость, и это могло бы лишить Хусейна каких бы то ни было перспектив внутри партии. С другой стороны, руководство кампанией Баас против режима содержало семена будущей славы и включало гораздо меньший риск, чем тот, на который он уже пошел несколькими годами раньше, во время попытки убить Касема. На этот раз Хусейну не грозил смертный приговор. А если бы он встретился со своими соратниками за решеткой, это только превратило бы его в «мученика», принесшего себя на «алтарь революции».
Если принять во внимание соотношение риска и перспектив, решение Хусейна остаться в Багдаде казалось разумным. Как и многочисленные рискованные решения, которые он принимал в последующие годы, этот шаг был каким угодно, но только не необдуманным: он скорее был сделан после тщательного взвешивания возможных потерь и приобретений. Как и во многих будущих действиях Хусейна, вычисленный риск окупился, хотя известную цену ему пришлось заплатить: в середине октября 1964 года убежище Хусейна было окружено войсками службы безопасности. Возникла перестрелка, и когда у Саддама кончились патроны, он вынужден был сдаться.
Рассказ Хусейна о двух годах в тюрьме Арефа явно напоминает отсидку другого молодого революционера, которым, по его собственному признанию, арабский лидер всегда восхищался — Иосифа Сталина. Хусейн «подверг себя строгой дисциплине, вставал рано, упорно работал, много читал, был одним из основных выступающих перед товарищами по тюрьме». Этот режим позволил Хусейну отработать свою тактику и утвердить свое лидерство среди других политзаключенных. Что еще более важно, ему удалось сохранить тесные контакты с Бакром, который был уже освобожден, передавая и получая сообщения, спрятанные в одежде саддамовского малолетнего сына Удая, которого Саида приносила на свои еженедельные свидания с мужем. Хусейн уже создал себе репутацию ближайшего помощника Бакра, «устроителя», который сможет улаживать все бюрократические и организационные проблемы, целенаправленного стратега, на чью решимость восстановить власть Баас не повлияют никакие идеологические или моральные ухищрения. Степень уверенности Бакра в своем молодом сподвижнике лучше всего иллюстрирует то, что позже он назначил Хусейна заместителем генерального секретаря Иракского Регионального управления.
Как и многие другие истории, относящиеся к его подпольной деятельности, дорога Саддама на свободу из-за решетки со временем стала частью легенды Саддама. Согласно плану побега, который был разработан Хусейном вместе с двумя друзьями-баасистами, Абдель Керимом аль-Шейхли и Хасаном аль-Амири, они втроем должны были уговорить охранников, сопровождающих их в суд, остановиться в определенном багдадском ресторане и поесть. Двое из заключенных потом зашли бы в туалет, выходивший прямо на улицу, и бежали бы в заранее приготовленной машине. Третий должен был задержать охранников и попытаться уговорить их дезертировать. План был полностью выполнен. Амири остался, а Саддам и Шейхли вышли, побежали к машине, которая ждала снаружи с открытыми дверцами, и их увез Саадун Шакир, кузен Саддама и активный баасист.
Первой серьезной трудностью, с которой столкнулся Саддам после своего побега, были отношения с братской партией в Сирии. 23 февраля 1966 года военный переворот привел к власти в Дамаске радикальную марксистскую фракцию Баас. Афляк, аль-Битар и другие члены старой гвардии были арестованы, а Национальное управление, высший орган партии, был временно распущен. Хусейн и его близкие соратники взирали на это развитие событий с тревогой. Радикализация сирийского режима и его стремление восстановить Национальное управление под крылом Дамаска грозили превратить иракскую Баас всего лишь в слепого исполнителя сирийской воли. То, что сирийское руководство состояло из армейских офицеров, оказалось примером, которого Хусейн впоследствии стремился избегать. Хотя он ясно осознавал необходимость сотрудничать с армией, чтобы свергнуть Арефа, у него не было намерения делить с ней политическую власть. Он уже понял, что мощная и независимая армия всегда представляет угрозу для гражданского правительства. И самое главное — приход к власти марксистской фракции в Сирии вернул страхи относительно возможного восстания левацкой фракции иракской Баас, подавленной, но не полностью уничтоженной в 1963 году.
Не желая признавать главенство Дамаска, Хусейн инициировал Чрезвычайный региональный съезд, чтобы определить реакцию иракской Баас в ответ на сирийский вызов. Конференция, созванная в сентябре 1966 года, стала водоразделом в истории Баас. Хотя иракская Баас сформировала свое собственное панарабское Национальное управление только в феврале 1968 года, Чрезвычайный съезд, собравшийся в 1966 году, усилил идеологический и организационный раскол между партийными организациями Баас в Ираке и Сирии. Объединенная с Региональными управлениями, Баас в соответствующих странах перестала существовать. Она была заменена двумя отдельными партиями, одной в Дамаске, а другой в Багдаде, и обе они объявляли себя законными наследницами бывшей партии, и у обеих было панарабское Национальное управление, включающее представителей из других регионов. Именно с этого времени началось жестокое внутриарабское соперничество между Сирией и Ираком, ставшее характерным для многих периодов карьеры Саддама.
Сыграв ключевую роль в ускорении разрыва с Дамаском, Хусейн сосредоточился на восстановлении организации партии в Ираке, но не раньше, чем он вычистил дотоле остающихся там левых элементов. Он закончил формирование партийного аппарата безопасности (который лично возглавлял), заложил основы новой партийной милиции и расширил сеть партийных организаций по всему Ираку. Прежде всего вместе с Ахмедом Хасаном аль-Бакром и узким кругом соратников он начал расчетливо плести сложную паутину, которая должна была затянуться вокруг президента Арефа через пару лет.
Баасистам легко было устраивать заговор во многом благодаря достаточно терпимой позиции к деятельности партии со стороны иракских властей. В апреле 1966 года иракский президент Абдель Салам Ареф погиб при аварии вертолета, и президентом стал его брат, Абдель Рахман Ареф. Новый президент был слабой и бесцветной личностью, ему было все труднее и труднее примирить враждующие военные группировки, и он совершенно не мог привести в равновесие различные политические силы в стране. Осторожно ступая по ненадежным тропинкам иракской политической системы, Ареф пытался поправить свое положение, используя скорее пряник, нежели кнут. Подавление деятельности Баас значительно ослабело, и в нескольких случаях президент даже пытался наладить сотрудничество баасистов с режимом. Это, в свою очередь, позволило Баас укрепить силовую базу и терпеливо ждать подходящего момента, чтобы снова возобновить борьбу за власть.
После унизительного арабского поражения в Шестидневной войне 1967 года, казалось, сложились именно такие условия. В ходе молниеносной войны Израилю удалось за шесть дней разбить войска Египта, Сирии, Иордании и иракский экспедиционный корпус, захватить Синайский полуостров, Голанские высоты и западный берег реки Иордан, включая восточный Иерусалим с его святыми местами. После месяца усилий и высокопарной арабской риторики, после месяца, за который Насеру удалось создать всеарабскую коалицию против Израиля, размах израильской победы потряс арабов. Личному престижу Насера был нанесен сокрушительный удар, так же, как и идее арабского национализма. Панарабизм освободил арабские государства от колониального господства, но ему не удалось ни способствовать объединению арабской нации, ни уничтожить то, что считалось основной угрозой этой нации — Израиль. Если арабские государства были так легко побеждены теми, кого арабы презрительно называли «сионистской данностью», как они могут рассчитывать на конечную цель — всеарабское единство? Казалось, даже Насер лишился своих иллюзий относительно дела, которое он так яростно отстаивал на протяжении всей своей карьеры. «Вы штампуете постановления, а нам приходится сражаться», — сказал он на собрании глав арабских государств в Каире. «Если вы готовы к освобождению — выстройтесь перед нами».
