Египетский период жизни Хусейна закончился в феврале 1963 года, когда партии Баас в Ираке вместе с сочувствующими военными удалось взять верх над Касемом и захватить власть. Как и предыдущий переворот пятью годами раньше, приход баасистов к власти был исключительно кровавым. Касем и некоторые из его близких соратников были мгновенно казнены, а их сторонники, особенно коммунисты, сопротивлялись армии и ополчению Баас, Национальной гвардии на улицах Багдада в течение нескольких дней. К тому времени когда они сложили оружие, погибло от 1 500 до 5 000 человек. На этом, однако, кровопролитие не закончилось. Утвердившись у власти, баасисты начали сводить счеты со своими политическими противниками.
Тысячи членов левых партий и коммунистов были арестованы, их жестоко пытали. Сотни человек были казнены.
Тем не менее, Саддам не имел отношения к этим событиям. Прибыв в Багдад, он ощутил себя посторонним. До своего бегства из Ирака он слишком недолго пробыл в партии, чтобы создать силовую базу, а затем три года в Египте находился в политической изоляции. Главный козырь Хусейна, его участие в покушении на Касема, оказался недостаточным, чтобы открыть ему доступ в высшие эшелоны партии. В итоге раздосадованному молодому человеку пришлось околачиваться на задворках вновь образованной баасистской администрации и довольствоваться ничтожным постом члена центрального бюро партии от крестьян. Без промедления он начал укреплять свое положение в партии, вступив во фракцию, руководимую его земляком из Тикрита и кровным родственником бригадиром Ахмадом Хасаном аль-Бакром, который теперь стал премьер-министром Ирака, и полковником Салихом Махди Аммашем, министром обороны.
Едва только Баас пришла к власти, как в ней разгорелась жестокая идеологическая борьба между двумя главными соперничающими лагерями. Первый, левая воинствующая группа, возглавляемая Генеральным секретарем партии Али Салихом аль-Саади, проповедовала фундаментальное, быстрое преобразование иракской социально-политической системы в социалистическое государство. Ей противостояла миролюбивая правая фракция, отстаивавшая постепенную эволюцию к социализму и поддерживавшая связь с небаасистскими военными. Среди ее членов был тогдашний командующий воздушными силами — генерал Хардан аль-Тикрити. Фракция Бакра занимала промежуточное положение между этими двумя группировками с некоторой склонностью к правому лагерю. Этой центристской фракции не хватало идеологической убежденности и политического рвения двух других лагерей. Она не разделяла их готовности совершить политическое самоубийство ради теоретической догмы. Практики и прагматики до мозга костей, Бакр и его соратники очень старались примирить соперничающие фланги. Они понимали, что единственная надежда партии заключается в ее сплоченности. Или они будут держаться вместе, или их вместе повесят.
Но крайние вели безнадежную арьергардную борьбу. Не обращая внимания на призывы к умеренности, экстремистские фракции продолжали свое бескомпромиссное противостояние. На специальной сессии Регионального управления партии 11 ноября 1963 года левая группировка была исключена из партии. Генеральный секретарь Саади и четверо его ближайших помощников были арестованы во время заседания, отправлены в аэропорт и депортированы в Испанию. Этот переворот вызвал в Багдаде волну насилия, поставив столицу на грань гражданской войны. Национальная гвардия, политическое орудие Саади, бушевала на улицах, грабя и убивая. В отчаянной попытке добиться компромисса в Ирак поспешила высокопоставленная сирийская делегация во главе с Мишелем Афляком, но вскоре она поняла, что примирение уже невозможно и что единственным выходом из кризиса было очистить партию от двух экстремистских течений. В тот же день прибывшие члены Национального управления исключили правую группировку из Регионального управления, а ее лидеры были на самолете отправлены в Бейрут.
Чтобы заполнить возникший вакуум власти в иракском руководстве, на сцене появилось Национальное управление в Дамаске, принявшее на себя руководство иракским филиалом. Это оказалось роковой ошибкой. Поскольку иракское руководство Баас было успешно устранено, а вмешательство Национального управления в иракские дела рассматривалось общественностью как грубое нарушение суверенитета страны, репутация партии в Ираке опустилась до низшей точки. Это, в свою очередь, позволило президенту Абдель Салам Арефу, которого Баас сделала чисто номинальной фигурой, выступить против своих прежних благодетелей. В ноябре 1963 года, после девяти бурных месяцев у руля, Баас оказалась вышвырнутой из коридоров власти.
Это вытеснение было болезненным событием в истории Баас. Баасисты почувствовали горечь великой потери, упущенной исторической возможности. После язвительных взаимных обвинений и напряженных махинаций для занятия постов начался процесс самоанализа и критики. Но так же, как всеобщее благо не всегда приносит пользу каждому отдельному человеку, так и коллективная неудача часто не бывает фатальной для всех. Для Саддама Хусейна провал партии оказался скрытой удачей, важным поворотным пунктом в его карьере, за несколько лет сделавшим его одним из самых могущественных людей в партии.
Пока Хусейн был незначительным членом центристской фракции в администрации правящей Баас, учитывая предыдущую расстановку сил, шансы на его быстрое продвижение были фактически равны нулю. Однако, как только в партии началась сумятица, перед молодым и честолюбивым уроженцем Тикрита открылись многообещающие перспективы. К середине 60-х годов группировка Бакра превратилась в господствующую силу внутри Баас. Сам аль-Бакр в 1964 году был избран членом Национального управления, а через год стал генеральным секретарем Иракского Регионального управления. И в его свите оказался Саддам. Он быстро завоевал доверие Бакра, став его близким доверенным лицом и, в конце концов, его правой рукой.
Вскоре последовала награда за верность. В феврале 1964 года Седьмой съезд Национального управления попытался вдохнуть новую жизнь в ослабленную иракскую ветвь, учредив временное Региональное управление и исключив тех, кто был замешан в потере партией власти. Благодаря усилиям Мишеля Афляка и поддержке Бакра, Хусейн был назначен секретарем нового органа. Когда в конце года постоянное Региональное управление было восстановлено, они оба ввели своего молодого протеже и в него.
Буквально с первых минут своего пребывания в высшем органе партии, принимающем важные решения, Хусейн приложил все усилия, чтобы взять под контроль органы безопасности. Даже если из своей жизни он извлек один-единственный урок, так это то, что в бурном политическом мире Ирака не было замены физической силе, что физическая сила была совершенно необходима и для того, чтобы прийти к власти, и для того, чтобы удержать ее, подчинить своей воле все и всякие политические фракции. Именно вооруженные силы дали возможность Касему свергнуть монархию в 1958 году, и они же были причиной его гибели пять лет спустя. И именно отсутствие контроля над государственными органами насилия не позволило Баас оказать нужное сопротивление военному перевороту Арефа. Следовательно, если Баас собирается возвращаться к власти, эффективен только военный путч.
Рассуждая таким манером, Хусейн, поставленный в 1964 году во главе партийной военной организации, спешно разработал план государственного переворота против президента Арефа. Быстро было разработано два варианта действий, и оба были намечены к исполнению не позже середины сентября 1964 года. В соответствии с первым планом группа вооруженных баасистов во главе с Хусейном должна была проникнуть в президентский дворец во время заседания кабинета и уничтожить все иракское руководство. В ходе второй операции предполагалось сбить самолет, на котором Ареф направится в Каир для участия во встрече глав арабских государств. Обоим этим планам не суждено было осуществиться. Проникнуть во дворец не удалось, так как офицер Республиканской гвардии, который должен был провести заговорщиков в нужное место, был неожиданно сменен на своем посту. Еще печальней для Баас оказалось то, что план сбить президентский самолет был выдан одним из летчиков, который, как оказалось, работал на секретные службы. Реакцией Арефа на это разоблачение был немедленный запрет деятельности партии Баас и ее руководства.
