Александр Михайлович обратился к студентам с довольно резким выговором, указывая главным образом на грубость и бестактность их поведения. Права аудитории выражать свое мнение о достоинствах или недостатках лектора он не касался.

— Разве вы не могли найти других средств для того, чтобы выразить ваши пожелания? — говорил он, указывая на «невоспитанность» и «недостойное молодежи» поведение студентов.

Выговор всеми любимого и уважаемого профессора был воспринят необычайно остро. Аудитория обратилась к Бутлерову с большим письмом, сохранившимся в архиве университета. Студенты писали, что «выговор» Бутлерова, его упрек «в грубости и невоспитанности» «ударил их, как обухом по голове», что они, конечно, знали о других способах для выражения своих пожеланий, но не могли сдержать своего негодования при отказе Струве объясниться с ними.

В заключение студенты добавляли, что они, разумеется, понимают, что Бутлеров действовал по обязанности ректора и «выражал не свое личное мнение, произнес не свои слова».

Видимо, студенты все же мало знали своего ректора, предполагая, что он мог говорить не свои слова. Всякая грубость, всякая резкость так были ему самому несвойственны, что порицал он грубость и «невоспитанность» в других совершенно искренне. В его глазах студенты роняли свое достоинство, выступая так хотя бы и в защиту своего права.

В результате этой истории пострадали двое студентов, исключенных из университета по распоряжению министра, и сам Струве, которому министр через попечителя поставил «на вид отсутствие благоразумия и такта в действиях», после чего Струве вышел в отставку.

Последовавшие вскоре события, в связи с известным восстанием крестьян в селе Бездна, сделали положение Бутлерова в университете еще более трудным.

После опубликования манифеста об отмене крепостного права и издания «Положения», обязывавшего крестьян в течение двух лет отбывать «барщину», крестьянин села Бездна Спасского уезда Казанской губернии Антон Петров, человек «набожный, тихий, молодой, но очень уважаемый всеми», объявил односельчанам, обманутым в своих ожиданиях полной воли и земли, что в «Положении» он вычитал «полную волю». Слух об этом распространился по окрестным деревням с необыкновенной быстротой. В Бездну к Петрову стекалось множество крестьян. В ряде поместий начались отказы крестьян от выполнения господских нарядов. Жалобы помещиков и управляющих на «взбунтовавшихся» крестьян подняли на ноги все начальство. Уговоры и разъяснения исправника и становых приставов не имели никакого успеха. В Бездну были направлены войска под командой присланного из Петербурга графа Апраксина. Крестьяне выслали навстречу войскам стариков с хлебом-солью, но выдать Антона Петрова отказались. Солдаты начали расстрел безоружной и мирной толпы. Антон, неся перед собой «Положение», сам вышел к солдатам. Он был арестован и вскоре судим военно-полевым судом, приговорен к смертной казни, которая и была совершена в Бездне в присутствии согнанных отовсюду крестьян. В Бездне было убито и умерло от ран около ста человек и примерно столько же было ранено.

Жесточайшая и бессмысленная расправа терроризировала крестьянство, волнения прекратились, однако события в Бездне имели ряд далеко идущих политических следствий. Ближайшим следствием этих событий явилась «Куртинская панихида», отслуженная в Казани студентами по «невинно убиенным». С этого момента «академические» волнения студенчества превратились в политические.

«С казни Антона Петрова, — говорит А. И. Герцен в «Письмах к противнику», — началась та кровавая полоса нового царствования, которая с тех пор, не перемежаясь, продолжается и растет, но не она одна. С этой же казни начался мужественный, неслыханный в России протест, не втихомолку, не на ухо, а всенародно, в церкви, на амвоне. Казанские студенты отслужили панихиду по убиенным, казанский профессор произнес надгробное слово. Слабодушным этого поступка назвать нельзя».

Опубликованные в 1948 году Отделом государственных архивов МВД Татарской АССР документы в сборнике «Бездненское восстание 1861 года» позволяют установить не только фактическую сторону дела, уже и ранее хорошо известную, но и открывают нам некоторые предшествующие ему обстоятельства.

Донося министру внутренних дел о бездненских событиях, казанский военный губернатор дает очень интересную характеристику казанского дворянства:

«С самого начала возбуждения крестьянского вопроса, — сообщает он, — совершенное отсутствие сочувствия к нему большинства дворян, при полном сочувствии всех остальных сословий, поставило дворян, уже и прежде державшихся замкнутыми в их исключительном кружке, более еще в неприязненное положение к ученому сословию, чиновничьему и купеческому. Я говорю о чиновниках-служащих, потому что огромное число дворян Казанской губернии не что иное, как отставные чиновники, устроившие службой свое состояние и купившие имения: эти последние самые вредные и упорные поборники старины, упрочившей их состояние, и имеющие сильное влияние на остальных дворян их ловкостью, опытностью и так называемыми сведениями в законах. Суждения дворян, переходя от дворовых людей к крестьянам, усилили негодование и недоверенность их к помещикам, дети коих, студенты, между их товарищами были первыми и самыми сильными порицателями действий своих родителей».

Казанское дворянство и помещики решили устроить обед в честь усмирителя крестьян, графа Апраксина. Из секретного донесения чиновника особых поручений явствует, что Апраксин обеда не принял, но слухи о том, что некоторые помещики где-то в клубе пили за него, носились в городе очень упорно.

Слухи о подготовлявшемся чествовании Апраксина были первым побудительным поводом к тому, что революционно-демократическая часть казанского общества решила отслужить по убитым крестьянам панихиду.

Панихида была отслужена, демонстрация студентов получила широкую огласку и положила начало ряду других протестов и демонстраций. Пострадали священник и дьякон из студентов Духовной академии, служившие в церкви, и профессор А. П. Щапов, произнесший на этой панихиде знаменитую речь с революционным призывом к восстанию и к свободе.

Положение Бутлерова, как ректора, да еще назначенного, а не выбранного, оказалось очень трудным и неприятным, и он просил у Вяземского отставки. Вяземский уговорил его остаться до конца учебного года, но вместе с тем разрешил ему заграничную командировку на летние месяцы.

Бутлеров охотно воспользовался возможностью снова всецело отдаться научным изысканиям.

Вопрос о второй командировке за границу Бутлеров поднял еще в 1859 году, одновременно с представлением отчета о первой командировке. В отчете он писал, что его убеждение в быстром развитии химии, высказанное в ходатайстве о первой командировке, вполне оправдалось. Вторую свою поездку он предполагал посвятить главным образом ознакомлению европейских химиков со своими собственными теоретическими представлениями.

Научный авторитет Бутлерова в совете университета был так бесспорен и вера в него была так велика, что против новой командировки не было возражений.

Бутлеров покинул Казань в июле. Проездом через Петербург он навестил Зинина и осмотрел только что отстроенную под руководством Л. Н. Шишкова лабораторию артиллерийского училища. С чувством глубочайшего удовлетворения писал он потом, что эта лаборатория, по его мнению, была и по устройству и по оборудованию лучшей из всех виденных им.

Заграничные лаборатории на этот раз не представляли для казанского профессора особого интереса. Интерес его теперь сосредоточивался на состоянии теоретических воззрений в Европе. Он ищет встреч с передовыми представителями науки, посещает главным образом ученые диспуты, заседания химических обществ.

В отчете Бутлерова о второй заграничной поездке общий итог впечатлений оценивается им таким образом:

«Естественность, необходимость теоретических выводов, вытекающих из фактического состояния науки, объясняют и то обстоятельство, что все воззрения, встреченные мною в Западной Европе, представляли для меня мало нового. Откинув неуместную здесь ложную скромность, я должен заметить, что эти воззрения и выводы в последние годы более или менее уже усвоились в казанской лаборатории, не рассчитывавшей на оригинальность; они сделались в ней общим ходячим достоянием и частью введены были в преподавание. Встретившись в них со старыми знакомыми, подчас облеченными несколько в новую форму и притом с притязанием на новость и самостоятельность, я счел не лишним изложить печатно то, что, мне кажется, представляет свод идей, лежащих в основании общераспространенных теоретических взглядов, и вместе выражение их, очищенное, насколько я сумел, от всего побочного. Изложение это составило статью о «химической структуре», читанную мною в одном из заседаний в Шпейере».