Зимою, когда в город съезжались помещики из окрестных деревень и начинались визиты, балы, вечера, город жил особенно шумно. Общительный по природе, нисколько не стремившийся приобрести облик и манеры солидного профессора, погруженного до рассеянности в науку, Бутлеров был везде желанным гостем.

Особенно сблизился он с Лобачевским, живого участия которого в своей судьбе Бутлеров не забывал никогда. Помнил он о Лобачевском и тогда, когда непризнанный современниками, рано состарившийся, ослепший, всеми покинутый гений одиноко умирал в своем доме.

Вспоминая о кончине отца, сын Лобачевского с благодарностью говорит о Бутлерове, не изменившем своего отношения к великому ученому. С Бутлеровым больше всего любил подолгу беседовать в эти тяжелые дни Николай Иванович.

Для этих вечерних дружеских разговоров находил время и Бутлеров, хотя не только дни, но и вечера нередко он проводил в университете, в лаборатории.

Готовясь стать доктором химии и физики, Бутлеров весной 1853 года представил в физико-математический факультет докторскую диссертацию «Об эфирных маслах». Рассмотрение этой диссертации, за отсутствием профессора химии Клауса, перешедшего в начале 1852 года на службу в Дерптский университет, было поручено профессору технологии М. Я. Киттары и профессору физики А. С. Савельеву (1820–1860). Рецензенты разошлись во мнениях. Профессор Савельев заявил факультету:

«По личному моему убеждению я не могу признать диссертацию г. Бутлерова удовлетворительною на степень доктора химии и физики, но желаю, однакоже, чтобы окончательное суждение было произнесено учеными, приобретшими уже авторитет в химии, а потому и предлагаю препроводить диссертацию Бутлерова на рассмотрение в Петербургский университет».

Профессор Киттары не согласился с этим мнением. В своем отзыве он признавал сочинение Бутлерова вполне удовлетворительным для присуждения степени доктора химии и физики. К этому мнению присоединился и профессор минералогии П. И. Вагнер.

Выслушав эти заключения, факультет постановил «препроводить диссертацию на рассмотрение в другой какой-либо университет, но так как факультет не имеет в виду никаких указаний, коими бы дозволялась или запрещалась подобная передача в другой университет сочинений, писанных на ученые степени, то, не приводя их в исполнение, предоставляет все дела на рассмотрение и разрешение совета университета».

В связи с таким постановлением факультета Бутлеров решил обратиться для соискания степени доктора в другой университет и попросил совет университета возвратить ему диссертацию. Совет согласился, и в конце 1853 года Александр Михайлович отправился в Москву для защиты диссертации в Московском университете. Вместе с ним такой же отпуск получил Н. П. Вагнер.

Это первое большое, но довольно скучное путешествие Бутлерова по зимнему пути из Казани в Москву мало чем отличалось от его переездов из Бутлеровки в Казань. Только отдых на постоялых дворах сообщал некоторое разнообразие дорожным впечатлениям. Владельцы постоялых дворов высылали навстречу проезжающим бородатых дворников, которые, расхваливая свой двор, бежали чуть не целую версту за возком, чтобы залучить гостей на ночевку.

Напившись чаю с баранками, путешественники укладывались спать на сене, подкладывая под головы каретные подушки и укрываясь шинелями. Месяц светил в маленькие окна сквозь морозный узор на стекле и почему-то долго не давал заснуть. Утром же, еще до того, как готов был самовар, на огромном дворе собирались ямщики, чтобы перенять проезжающих. Они шумели, спорили и конались на кнутовище, устанавливая очередь, вплоть до того времени, когда закутанные с ног до головы путешественники показывались на крыльце.

О некоторых московских встречах, характерных для среды, в которую попал Бутлеров, рассказывает в своих воспоминаниях Н. П. Вагнер.

Устроившись в плохоньких номерах на Цветном бульваре, в гостинице некоего Пегова, где спать обоим приходилось на одной кровати, друзья, облачившись в сюртуки, отправились представляться ректору университета А. А. Альфонскому (1796–1869), хирургу, известному своими искусными операциями. По словам Вагнера, это был человек в буквальном смысле слова величественный, казалось, что он даже спать ложится в белом жилете. Двигался он торжественно и, кланяясь, с важностью кивал головой, которая отличалась феноменальной неподвижностью. Принял он молодых ученых милостиво, хотя и не предложил им сесть, но благосклонно выслушал визитеров о цели приезда и, кивнув головой, закончил аудиенцию.

Через несколько дней, в воскресенье, Бутлеров повез ему на дом диссертацию и прошение о допуске к экзамену. Ректор отказался взять прошение и сделал Александру Михайловичу строжайший выговор:

— Это вы должны подать мне в правлении-с, а не на дому, и вообще к начальству неприлично являться в праздничные дни. Как это, вы были в университете, а таких азбучных вещей не знаете!

Бутлеров вернулся в гостиницу сконфуженный. В первый же приемный день он отправился в правление университета и здесь сдал ректору документы и диссертацию.

В Москве Бутлерову пришлось прожить до весны.

Первые месяцы Александр Михайлович не испытывал тоски по дому. Он часто бывал в подмосковной усадьбе С. Т. Аксакова — Абрамцеве, посещал театр, в котором играла гастролировавшая в Москве знаменитая французская актриса Рашель. Весна, наступившая в Москве, зашевелила в душе Александра Михайловича тоску по природе, по дому, по далеким экскурсиям.

Защита диссертации откладывалась. Александр Михайлович взял себе за обычай ранним утром выходить на прогулку по московским бульварам. Он старался выйти из дому как можно раньше, чтобы застать на песке чисто выметенного бульвара полукруглые следы метлы, еще не затоптанные публикой, и первым пройти по ним.

Доходя бульваром до Страстной площади, он сворачивал на Тверскую и заходил завтракать в кондитерскую, где за окнами из цельных стекол и в шкафах за стеклами стояли вазы с пирожками, коробки с конфетами, бутылки с напитками. Кондитерша в шелковом шумящем платье уже улыбалась ему, как знакомому, принимая заказ. Но чем длиннее и ярче становились дни, тем чаще и томительнее думалось молодому ученому, как все-таки трудно прожить в городе весну, лето.

Сидя в кондитерской, Александр Михайлович уже не замечал великолепия обстановки, а нетерпеливо думал о Бутлеровке, о свежести раннего утра, о знойном полудне, сияющем над полями, о заходящем солнце, о возникающем в небе и быстро исчезающем молодом месяце, после ухода которого все небо покрывается звездами, умолкают лягушки, свежеет в саду и Надежда Михайловна приглашает ужинать на террасе…

Однако после защиты диссертации, принесшей Бутлерову докторскую степень, в которой он был утвержден 4 июня 1854 года, Александр Михайлович не сразу отправился домой. Он решил повидаться со своим первым учителем и из Москвы отправился в Петербург по только что открытой для движения Петербургско-Московской железной дороге.

«И здесь, в Петербурге, — писал Бутлеров впоследствии, вспоминая об этом свидании, — Зинин был центром, около которого группировалась научная молодежь из тогдашних молодых химиков — Н. Н. Бекетов, Л. Н. Шишков, А. Н. Энгельгардт и др. Если не ошибаюсь, то именно двух последних нашел я у Николая Николаевича, когда явился к нему в его маленькую лабораторию в Медико-хирургической академии».

Эта новая встреча с Зининым имела огромное значение для всей творческой судьбы Бутлерова.

Николай Николаевич Зинин с его высокой научной требовательностью поставил преподавание химии в Петербургской Медико-хирургической академии на небывалую высоту.

Один из учеников Зинина, получивший в академии кафедру химии, профессор А. П. Бородин, известный нам более как композитор, писал:

«Войдя в состав профессоров Медицинской академии, Николай Николаевич перенес сюда те же живые и высокие начала строгой науки, прогресса и самодеятельности, которых проводником он был в Казани. Слово его с кафедры не только было верной передачей современного состояния, но и трибуной нового направления в науке. Во всех сферах своей академической деятельности он неуклонно проводил идею, что медицина, как наука, представляет только приложение естествознания к вопросу о сохранении и восстановлении здоровья. Естественные науки, по его мнению, должны играть при медицинском образовании роль первостепенных, основных предметов, а не дополнительных или вспомогательных. Медик должен усвоить себе не столько отрывочные факты прикладного естествознания, сколько общий строй науки, способ мышления, приемы и методы исследования. Преподавание естественных наук на медицинском курсе должно быть основательное и возможно полное, не ограниченное тесною рамкой одних прикладных сведений. Он проводил такую мысль, что для основательного усвоения и верной оценки того, что сделано в науке другими, для ясного понимания, каким путем идет развитие науки, разработка и приращение научного материала, необходимо хоть несколько самому поработать самостоятельно и специально в какой-нибудь отрасли знания. Вопреки установившемуся мнению, что основою для медицины должна быть анатомия человека, Зинин утверждал, что первенство в этом отношении должно быть отдано физике и химии Анатомия дает понятие только о строении организма, физика же и химия дают ключ к разъяснению всех тех сложных, до бесконечности разнообразных физиологических и патологических процессов, которые в нем совершаются. Исходя из этой точки зрения, Зинин не стеснялся медицинским характером учреждения и читал свои блестящие курсы так же серьезно, полно и подробно, как бы он делал это на физико-математическом факультете университета. Он не скупился на идеи, бросал их направо и налево и не раз развивал на лекциях многое такое, о чем несколько лет спустя приходилось слышать, как о новом открытии или новой мысли в науке».