Старший сын Мануила, Иоанн Палеолог Второй, был признан после смерти своего отца единственным императором греков. Он прежде всего занялся разводом со своей женой и новым вступлением в брак с трапезундской принцессой; красота была, по его мнению, главным достоинством в императрице, а духовенство преклонилось перед его решительным заявлением, что если оно не согласится на развод, он удалится в монастырь и предоставит престол своему брату Константину. Первая и единственная победа Палеолога была одержана над евреем, которого он обратил в христианскую веру после продолжительных и ученых споров, и эта достопамятная победа была тщательно занесена в летописи его времени. Но он снова взялся за проект соединения восточной церкви с западной и, как кажется, искренно согласился на предложение съехаться с папой на вселенском соборе, который предполагалось созвать по ту сторону Адриатического моря. Мартин Пятый поддерживал этот опасный замысел, а его преемник Евгений относился к нему равнодушно; наконец после томительных переговоров император получил приглашение от собрания, отличавшегося новым характером, — от независимых базельских прелатов, называвших себя представителями и судьями католической церкви.

Римский первосвященник вступился за свободу церкви и отстоял ее; но одержавшее эту победу духовенство скоро подверглось тирании своего избавителя, который благодаря своему священному характеру был недосягаем для того оружия, которое оказалось таким острым и так хорошо достигавшим своей цели в борьбе со светскою властью. Право избрания, служившее для духовенства великой хартией свободы, папа уничтожал при помощи апелляций; он парализовал это право путем временного назначения на церковные должности, или так называемых комменд, путем назначения на должности с правом передачи их по наследству и при помощи предварительных и произвольных оговорок. При римском дворе был заведен публичный аукцион; кардиналы и папские любимцы обогащались добычей, которая собиралась со всех наций, и каждая страна имела основание жаловаться на то, что самые важные и самые доходные бенефиции раздавались чужеземцам и людям, проживавшим вне государства. Во время пребывания пап в Авиньоне их честолюбие уступило место более низким страстям — корыстолюбию и сладострастию: они строго взыскивали с духовенства аннаты и десятины, но открыто допускали безнаказанность пороков, бесчинств и разврата. Эти скандалы всякого рода казались еще более возмутительными вследствие великого раскола, длившегося на Западе более пятидесяти лет. Во время яростной борьбы между папами римским и авиньонским каждый из них старался огласить пороки своего противника; непрочность их положения уменьшало их авторитет, ослабляло обязательность правил их церковного благочиния и увеличивало как их нужды, так и их вымогательства. Чтоб залечить раны церкви и восстановить ее могущество, были созваны один вслед за другим соборы в Пизе и в Констанце, но эти многолюдные собрания сознали свою силу и решились отстоять привилегии христианской аристократии. Святые отцы, участвовавшие в Констанцком соборе, начали с того, что постановили приговор над личностью двух первосвященников, которых не хотели признавать, и низложили третьего первосвященника, которого прежде признавали своим главой; за тем они перешли к установлению характера и пределов папской власти и разъехались только тогда, когда подчинили пап верховенству вселенского собора. Было решено, что для управления церковью и для введения в ней реформ такие соборы будут созываться по прошествии положенного промежутка времени и что каждый собор, прежде чем закрыть свои заседания, должен назначать время и место будущего съезда. Римскому двору удалось отклонить открытие следующего собора в Сиене, но смелый и решительный образ действий Базельского собора едва не оказался гибельным для царствовавшего в то время папы Евгения Четвертого. Предвидевшие его намерения отцы церкви поспешили обнародовать свой первый декрет, в котором было сказано, что на представителей воинствующей церкви на земле возложена божественная и духовная юрисдикция над всеми христианами, не исключая и папы, и что вселенский собор не может быть ни распущен, ни отсрочен, ни перенесен в другое место иначе, как по свободному решению и согласию его членов. Узнав, что Евгений издал буллу о закрытии собора, они осмелились призывать непокорного преемника св. Петра к ответу, делать ему выговоры и угрожать наказанием. Они несколько раз отсрочивали свое решение для того, чтоб дать ему время одуматься, и наконец объявили ему, что если он не подчинится по прошествии шестидесяти дней, он будет лишен права пользоваться какою-либо светскою и церковною властью. А чтоб заявить о своем верховенстве над папой и как над монархом, и как над духовной особой, они взяли в свои руки управление Авиньоном, признали недействительным отчуждение церковных владений и запретили облагать Рим новыми налогами. Для их смелости служили оправданием не только общее одобрение со стороны духовенства, но также могущественная поддержка со стороны главных христианских монархов; император Сигизмунд объявил себя слугою и покровителем собора; Германия и Франция приняли их сторону; герцог Миланский был личным врагом Евгения, а восстание римского населения принудило папу удалиться из Ватикана. Так как его власти не хотели признавать ни его светские, ни его духовные подданные, то ему не оставалось ничего другого, как покориться; крайне унизительной для него буллой он отменил свои собственные постановления, утвердил постановления собора, включил своих легатов и кардиналов в состав этого почтенного собрания и с виду подчинился декретам верховной законодательной власти. Слава членов Базельского собора распространилась по восточным странам, и в их присутствии Сигизмунд принимал послов турецкого султана, которые поставили к его стопам двенадцать больших сосудов, наполненных шелковыми материями и золотыми монетами. Святых отцов воодушевляло желание привлечь как греков, так и богемцев в лоно католической церкви, и они через своих депутатов приглашали греческого императора и Константинопольского Патриарха присоединиться к собранию, пользовавшемуся доверием западных народов. Палеолог был готов согласиться на это предложение, и его послы были приняты католическим сенатом с надлежащим почетом. Но выбор места, по-видимому, был непреодолимым препятствием, так как император отказывался и от переезда через Альпы, и от переезда через сицилийское море и положительно требовал, чтоб собор был созван в каком-нибудь итальянском городе или, по меньшей мере, неподалеку от Дуная. Другие статьи договора были установлены с меньшим трудом: было условлено, что все путевые издержки императора и его свиты из семисот человек будут уплачены, что ему немедленно будет выдана сумма в восемь тысяч дукатовдля оказания пособий его духовенству и что на время его отсутствия из Константинополя будет доставлено для охраны столицы десять тысяч дукатов, триста стрелков и несколько галер. Город Авиньон доставил нужные для предварительных расходов суммы, а в Марселе начались приготовления к морскому переезду, хотя и делались не без затруднений и не без мешкотности.

Несмотря на то что положение самого Палеолога было крайне бедственное, его дружбы искали обе западные церковные власти, а изворотливая предприимчивость монарха одержала верх над свойственными республикам нерешительностью и упорством. Базельские декреты постоянно стремились к ограничению папского деспотизма и к учреждению верховного и постоянного церковного трибунала. Евгений тяготился этим игом, а желание удовлетворить греков могло служить благовидным предлогом для перенесения мятежного собора с берегов Рейна на берега По. Отцы церкви утратили бы свою независимость, переехав на другую сторону Альп; они неохотно соглашались на перенесение собора в Савойю или в Авиньон, но в Константинополе воображали, что эта страна и этот город находятся далеко за Геркулесовыми Столбами; император и его духовенство боялись длинного морского переезда и были оскорблены высокомерным заявлением собора, что после уничтожения новой ереси богемцев он искоренит и старую ересь греков. Со стороны Евгения все отзывалось кротостью, уступчивостью и уважением, и он приглашал византийского монарха исцелить своим присутствием еретические заблуждения и латинской церкви, и восточной. Находящаяся вблизи от берегов Адриатического моря Феррара была предложена местом их дружеского свидания, и при помощи обмана и кражи был добыт подложный декрет собора, одобрявший перенесение его заседаний в этот итальянский город. В Венеции и на острове Кандия были снаряжены для переезда девять галер; они были готовы прежде базельских кораблей; римскому адмиралу было приказано жечь, топить и уничтожать корабли соперников, так что эти священнические эскадры могли столкнуться в тех самых морях, где Афины и Спарта когда-то оспаривали одна у другой славу первенства. Палеологу докучали две политические партии, постоянно готовые вступить между собою в открытую борьбу из-за обладания его особой, и он не решался покинуть свой дворец и свои владения для такого опасного предприятия. У него были свежи в памяти отцовские советы, а здравый смысл должен был внушить ему убеждение, что раздираемые внутренними раздорами латины никогда не будут заодно отстаивать интересы чужеземца. Сигизмунд не советовал пускаться на это несвоевременное предприятие, и его нельзя было подозревать в пристрастии, так как сам он желал созвания собора, а его предостережениям придавал вес распространившийся странный слух, будто германский цезарь назначит грека своим наследником и преемником в обладании западною империей. Он получил советы даже от турецкого султана, на которого нельзя было полагаться, но которого было бы опасно обидеть. Мурад ничего не понимал в спорах между христианами, но опасался их соглашения. Он предложил удовлетворить денежные нужды византийского двора из своей собственной казны и с притворным великодушием заявил, что безопасность Константинополя будет ненарушима во время отсутствия его государя. Палеолог принял окончательное решение под влиянием великолепных подарков и самых положительных обещаний; он желал на время удалиться от театра опасностей и несчастий и, отпустив посланцев собора с двусмысленным ответом, объявил о своем намерении отплыть на римских галерах. Патриарх Иосиф был так стар, что был доступен для страха более, чем для надежды; он дрожал при мысли об опасностях морского переезда и высказывал опасение, что его слабый голос, поддержанный голосами трех десятков его православных собратьев, будет заглушен в чужой стране влиятельными и многочисленными членами латинского собора. Он подчинился воле императора, лестным уверениям, что его будут слушаться как оракула всех народов, и тайному желанию научиться от своего западного собрата, каким способом можно освободить церковь от императорского ига. При нем было назначено состоять пятерым хоругвеносцам, или архиереям, Софийского собора, а один из них — великий эклесиарх, или проповедник, Сильвестр Сиропул написал правдивую и интересную историю мнимой унии. Духовенство неохотно подчинилось требованиям императора и Патриарха, но покорность была его первым долгом, а терпеливость — его самой полезной добродетелью. В списке отборных двадцати епископов мы находим митрополитов Гераклеи и Кизика, Никеи и Никомедии, Эфеса и Трапезунда и двух новых епископов Марка и Виссариона, возведенных в это звание из расчета на их ученость и красноречие. В этот список также было внесено несколько монахов и философов с целью выказать ученость и святость греческой церкви, а хор императорской капеллы был составлен из отборных певчих и музыкантов. Патриархи Александрийский, Антиохийский и Иерусалимский послали от себя настоящих или мнимых депутатов; русский примас был представителем русской национальной церкви, и греки могли соперничать с латинами объемом своего духовного владычества. Драгоценные сосуды Софийского собора были предоставлены на произвол морским бурям и волнам для того, чтобы Патриарх мог совершать богослужение с приличной пышностью; все золото, какое мог добыть император, было употреблено на массивные украшения его кровати и его колесницы, а между тем как греки старались с виду не изменять своей прежней роскоши, они ссорились между собой из-за раздела тех пятнадцати тысяч дукатов, которые были первой милостыней, полученной от римского первосвященника. Когда все приготовления были окончены, Иоана Палеолога сопровождали до гавани его брат Димитрий и самые знатные церковные и государственные сановники; оттуда он отплыл со своей многочисленной свитой на восьми парусных и весельных судах через находившийся во власти турок Галлиполийский пролив в направлении к архипелагу, к Морее и, наконец, к Адриатическому морю.