26 июня 1522 г. на остров Родос высадилось турецкое войско. Верховным главнокомандующим турок был Мустафа-паша, зять султана и второй визирь. Его сопровождал и первый (Великий) визирь, Пири Мехмет-паша. Под стенами города Родос снова засверкали турецкие бунчуки, увенчанные серебряными полумесяцами. Сухопутные силы турок состояли из 100 000 бойцов, включая 10 000 янычар и более 60 000 саперов, специально обученных искусству минных работ и разрушения фортификационных сооружений. На первом этапе осады Родос был блокирован с моря 280 турецкими кораблями разной величины. По мере продвижения турецких осадных работ, количество османских кораблей постепенно увеличилось до 400. Гарнизон города Родос состоял из 290 рыцарей ордена Св. Иоанна и (по разным источникам) от 6000 до 7500 сержантов и наемных солдат. Сельское греческое население, для которого не нашлось места в орденских крепостях Линдос, Фараклос и Монолитос, с семьями и домашней скотиной укрылось за стенами Родоса. Во время осады крестьяне-греки привлекались иоаннитами к вспомогательным работам.

По сравнению с осадой 1480 г. турки изменили свою тактику. Теперь их главные удары были направлены на орденские укрепления не со стороны моря, значительно усиленные родосскими рыцарями за прошедшие со времен прежней осады десятилетия, а со стороны суши. Со стороны моря османы ограничились блокадой обоих орденских портов силами своего гигантского флота.

Тяжелая осадная артиллерия османов подвергла жесточайшей бомбардировке крепостные бастионы, оборонявшиеся иоаннитами «языков» Испании, Англии и Прованса. В промежутках между обстрелами турецкие сухопутные силы нескончаемыми волнами атаковывали город. Но рыцарям Родоса удавалось отбивать один турецкий приступ за другим. Турки несли огромные потери от смертоносного артиллерийского и аркебузного огня защитников города и в рукопашных боях с гарнизоном Родоса, совершавшим постоянные вылазки. Турецкое войско, славившееся до сих пор своей высокой боеспособностью и образцовой воинской дисциплиной, стало проявлять первые признаки упадка боевого духа и разложения.

С учетом сложившегося положения первый визирь, Пири Мехмет-паша, отправил султану донесение об обстановке с настоятельной просьбой ускорить свое личное прибытие в лагерь осаждающих. 28 июля Сулейман высадился на острове во главе дополнительного стотысячного турецкого контингента, что подняло боевой дух турецкого воинства. Бои шли днем и ночью, обе стороны сражались, проявляя чудеса воинской доблести. В ходе второй осады Родоса важнейшую роль играли артиллерия и минные работы. Турки постоянно рыли подкопы с целью проникновения в осажденный город или же подрыва стен, расчистив тем самым путь в город колоннам штурмующих. Однако родосским рыцарям почти во всех случаях удавалось при помощи контрмин срывать турецкие попытки.

Генеральный штурм турками бастиона, оборонявшегося Английским «языком», вылился в форменное избиение османов, потерявших за один день более 2000 человек только убитыми. Наряду с атаками сухопутных сил турки продолжали артиллерийский обстрел орденской столицы. Турецкой артиллерией были разрушены башня Св. Николая и колокольня родосского собора Св. Иоанна. При второй попытке штурмом овладеть бастионом Английского «языка» турки потеряли еще 3000 человек. Тем временем стены участка, оборонявшегося Итальянским «языком», были обращены огнем пушек Пири-паши в бесформенную груду камней.

Чем дольше длилась осада, тем больше осажденные страдали от недостатка продовольствия и, в еще большей степени, от недостатка боеприпасов. Горожане, а в особенности укрывшееся за городскими стенами местное население, совсем пали духом. В начале сентября в лагерь Сулеймана Кануни неожиданно явилась депутация жителей Нисироса и Тилоса, передавших туркам ключи от своих крепостей.

Воодушевленные этим успехом, турки 24 сентября пошли на штурм бастионов, оборонявшихся «языком» Испании (в который на время осады была сведена воедино часть рыцарей Кастилии и Арагона, хотя имелись и отдельные бастионы Арагона и Кастилии), «языками» Англии, Прованса и Италии. Один приступ следовал за другим. Бастион Испанского «языка» за один день дважды переходил из рук в руки. Рыцари Родоса овладели 40 турецкими штандартами. Вокруг бастиона громоздились горы трупов. Как и при осаде Родоса войском ренегата Мануила Палеолога в 1480 г., море перед бастионом Итальянского «языка» окрасилось кровью убитых и раненых. Турки потеряли от 15 000 до 20 000 человек, а христиане — всего 200 человек убитыми и около 500 ранеными. В отражении этого приступа принимали участие не только иоанниты и наемники, но и все жители города — вплоть до женщин, детей и стариков. И приступ, наконец, был отражен.

Эта неудача настолько потрясла султана, что он стал помышлять о снятии осады и отплытии с Родоса. Но сообщение перебежчика-арнаута (так тогда называли албанцев) о тяжелом положении осажденных и измена Великого канцлера родосских рыцарей Андре д’Амараля заставили падишаха османлисов изменить свои планы. И тот, и другой подтвердили огромный недостаток, испытываемый защитниками Родоса в съестных припасах, военных материалах, но самое главное — в живой силе.

Укрепления родосских рыцарей были превращены в груды развалин, и не хватало рук для проведения восстановительных работ. Хотя по приказанию Великого Магистра гарнизон Родоса был усилен за счет переброски части гарнизонов других крепостей, расположенных на о. Родос и Кос, и даже из малоазиатского Бодрума, живая сила катастрофически таяла.

27 октября открылась измена Великого канцлера д’Амараля. Был схвачен его слуга Диас (или Диец), пускавший в турецкий лагерь стрелы с привязанными к ним записками, содержавшими сообщения его господина туркам о положении в осажденном городе. На допросе «с пристрастием» выяснилось, что изменник намеревался 1 ноября, в День Всех Святых, открыть туркам тайную дверцу в стене и впустить их в город. Именно проникнув в подобную дверцу, турки в 1453 г. овладели Константинополем. 5 ноября предатели д’Амараль и Диас были казнены. Их изрешетили стрелами, на манер св. Себастиана.

В конце ноября турки вновь пошли на штурм бастионов «лангов» Испании и Италии. И снова приступ удалось отразить. На стенах и под стенами остались лежать 3000 турецких трупов.

Хотя положение защитников Родоса все больше осложнялось, не многим лучше было и положение осаждающих. Осада длилась уже более четырех месяцев. Ряды турецкой армии редели, да и воины, остававшиеся в строю, были крайне изнурены. Приближалась зима, ощущалась нехватка съестных припасов, да и вести, поступавшие с Запада, были неутешительными для турок. Намечалось заключение договоренности между императором Карлом V и папой с целью оказания помощи рыцарям Родоса.

И тогда турки решили пойти на хитрость. Они в обход орденского руководства обратились напрямую к жителям Родоса. Зная о падении духа населения вследствие голода, болезней, непрерывной канонады и страха смерти, турки осыпали город градом стрел с записками, в которых призывали жителей сдать город, обещая им в этом случае жизнь, мир, свободу, возможность беспрепятственного отправления культа и т. д. В случае отказа они угрожали родосцам всеми ужасами штурма, резни, грабежей и поголовной продажи всех уцелевших жителей в рабство.

Поначалу рыцари Родоса не желали и думать о капитуляции. Но под давлением греческого населения, направившего к Филиппу Вилье де л’Иль-Адану депутацию во главе с православным митрополитом Родоса Климом (Климисом), иоанниты были вынуждены вступить с османами в переговоры. Было объявлено трехдневное перемирие (с 11 по 13 декабря), но родосцы требовали гарантий, что им будет сохранена жизнь. Разъяренный их дерзостью султан приказал возобновить бомбардировку и штурм города. 17 декабря туркам удалось захватить бастион Испанского «языка». Штурм шел, не прекращаясь, три дня подряд. Турки захватили весь так называемый Внешний Город. Остатки гарнизона отчаянно защищались в полуразрушенной турецкой артиллерией внутренней цитадели, но их силы были уже на исходе. Родосу угрожал окончательный захват турками, что означало бы поголовную резню и обращение в рабство всех уцелевших.