Несмотря на срочность, для передачи радиограммы потребовалось один час пятьдесят восемь минут. Командир 2-й флотилии подводных лодок Шмидт получил радиограмму «Скайларка» только в 13.02. Позже он заявил, что радиограмма не показалась ему тревожной, поскольку сообщения о потере связи кораблями он получает в среднем по одной в неделю. Шмидт, однако, немедленно передал содержание радиограммы по прямому проводу командующему подводными силами Атлантического флота Гренфеллу в Норфолк. В 13.32 Гренфелл доложил радиограмму заместителю командующего Атлантическим флотом Биклею. Биклей приказал атомной подводной лодке «Сивулф», дизель-аккумуляторной лодке «Си Аул», спасательному судну «Санбёрд» и самолету направиться в район поиска «Трешера». Несколько позднее туда же направили спасательное судно «Рикавери» и еще один самолет. Через некоторое время в тот же район вышел фрегат «Норфолк», на борту которого находился командир 2-й группы опытовых подводных лодок Эндрюс, который должен был руководить действиями всех высланных кораблей.

В 15.40 сообщение о случившемся было доложено начальнику штаба ВМС адмиралу Андерсону, который немедленно доложил его министру ВМС Корту. Корт сообщил о случившемся военно-морскому адъютанту президента капитану 1 ранга Шепарду. Через пятнадцать минут Шепард доложил о происшедшем президенту Кеннеди.

Приблизительно в это же время направили просьбу командованию ВМС Канады в Галифаксе об оказании в случае необходимости помощи. В ответ на эту просьбу в Галифаксе привели в готовность к выходу одну из английских подводных лодок. Когда командир лодки приказал собрать экипаж, стал распространяться слух о том, что с американской подводной лодкой произошло несчастье. Таким образом, то, что, считалось секретом, очень быстро стало многим известно.

Тем временем «Скайларк», не прекращая вызовов «Трешера» по телефону, продолжал пересекать район поиска во всех направлениях. К концу второй половины дня в район поиска прибыли высланные туда самолет и корабли. Самолет, специально оборудованный для охоты на подводные лодки, начал поиск «Трешера», используя свои электронные и магнитные приборы. Корабли приступили к прочесыванию района гидролокационной аппаратурой. На исходе дня с «Рикавери» заметили масляное пятно на воде. Затем «Рикавери» и «Скайларк» подобрали несколько кусков пробки и желтой пластмассы — то и другое используется на атомных подводных лодках.

Теперь для тех, кто был занят поиском «Трешера», не оставалось сомнений в его гибели. Командование флота приступило к выполнению тяжелой задачи: оповещению родственников погибших на «Трешере» 129 человек. Оповещение родственников началось в 19.00 10 апреля с таким расчетом, чтобы публичное заявление о случившемся сделать в 20.00 того же дня. В 20.00 министерство обороны опубликовало подписанное адмиралом Андерсоном сообщение, в котором говорилось, что «родственникам экипажа атомной подводной лодки «Трешер» сообщено, что связь с лодкой потеряна и она, предположительно, пропала без вести». Одновременно в сообщении указывалось на возможность того, что лодка не доносит о своем местонахождении по причине выхода из строя средств связи и что командование флотом приняло все необходимые меры для поиска лодки.

Через полтора часа после опубликования сообщения министерства обороны адмирал Андерсон выступил перед представителями прессы. Он сообщил об обнаружении на месте последнего погружения «Трешера» масляного пятна и добавил, что если лодка затонула на глубине 2560 метров, то ни о каком спасении людей с нее не может быть и речи. Он сказал также, что назначена комиссия для расследования причин и обстоятельств гибели «Трешера», которую возглавит вице-адмирал Остин.

Тем временем фрегат «Норфолк», эсминцы «Линд» и «Ярнолл», спасательные суда «Скайларк» и «Рикавери», а также подводные лодки «Сивулф» и «Си Аул» продолжали маневрировать в районе поиска, все еще надеясь обнаружить на поверхности или под водой какие-нибудь новые признаки пропавшего корабля.

Во время поисков «Сивулф» принял гидроакустический сигнал, который, как он полагал, мог быть дан «Трешером». Донесение с «Сивулфа» было немедленно передано командованию. Однако после тщательного анализа установили, что полученный сигнал не мог быть послан «Трешером».

В 09.30 11 апреля на эсминце «Блэнди» в район поиска прибыл заместитель командующего подводными силами Атлантического флота контр-адмирал Рэмидж, который принял на себя командование силами поиска. Сюда же дополнительно были направлены эсминцы «С. Робертс», «Уоррингтон» и «Салливанс», спасательное судно подводных лодок «Санберд», океанографическое судно «Атлантис» и танкер «Уэккамо». Утром 11 апреля министр ВМС Корт и адмирал Гренфелл вылетели в Нью-Лондон и Портсмут для обстоятельной беседы с командованием военно-морских баз. На обратном пути в Вашингтон они пролетали над районом поиска и переговорили по радио с адмиралом Рэмиджем. В 10.30 адмирал Андерсон провел вторую пресс-конференцию, на которой сообщил, что «Трешер», которого считали до этого пропавшим без вести, теперь должен считаться погибшим.

Утром 11 апреля в район поиска было дано штормовое предупреждение. Погода ухудшилась, поиск затруднялся. Около полудня поисковые корабли подобрали еще несколько предметов, которые, как полагали, были с «Трешера». Среди них были две резиновые перчатки и тюбик с ванилином. Все подобранное в море: перчатки, тюбик, куски пробки и пластмассы, а также образцы обнаруженного ранее масляного пятна — было передано на эсминец «С. Робертс», который направился в Ньюпорт, где заседала комиссия по расследованию причин гибели «Трешера». Тем временем в район поиска шел эсминец «Хейзелвуд», на борту которого находились специалисты океанографического института и новейшая аппаратура для измерения глубин моря, которую намеревались использовать с «Атлантиса».

В полдень 12 апреля «Хейзелвуд» прибыл в район поиска, и аппаратура была передана на океанографическое судно. На рассвете 13 апреля, когда несколько уменьшилось волнение моря, на океанографическое судно перешли и специалисты. Предусматривалось, что «Атлантис» произведет не только промер глубин, но и возьмет образцы грунта со дна океана — были опасения по поводу возможного появления радиоактивности от ядерного реактора затонувшей подводной лодки. Правда, еще раньше адмирал Риковер сделал публичное заявление, в котором утверждалось, что никакой опасности радиоактивного заражения воды в результате гибели лодки нет. Он подчеркнул, что ядерный реактор «Трешера», так же как и реакторы всех других атомных подводных лодок и надводных кораблей, могут находиться под водой неограниченное время, не вызывая радиоактивного заражения окружающей среды.

Исследование проб грунта, взятых со дна океана, и предметов, подобранных с поверхности, подтвердило отсутствие радиоактивности.

Кроме «Атлантиса» в прощупывании дна океана эхолотами с целью обнаружения «неровностей», которые могли бы быть останками «Трешера», приняли участие гидрографические суда «Оллени», «Чейн», «Конрад», «Джиллис», «Мишн Кэпистрано», «Привейл», «Рекуизит» и «Роквилл». Предполагалось, что обнаруженные «неровности» будут сфотографированы специальными глубоководными камерами, а фотографии тщательно исследованы, с тем чтобы опознать останки «Трешера».

К 22 апреля в районе гибели лодки на дне океана на площади 100 квадратных миль было обнаружено около десятка «неровностей», причем наиболее похожими на останки «Трешера» казались шесть из них. Однако сфотографировать эти шесть «неровностей» на глубине 2560 метров с качающегося на волнах судна было очень трудно. Место «неровностей» удалось определить в пределах окружности диаметром не менее 100 метров. Затем для фотографирования этой площади требовалось опустить камеру, снабженную синхронно действующими осветительными лампами. Сильные течения отклоняли камеру в разные стороны, поэтому полной уверенности в том, что сфотографирован именно тот участок дна, который намечался, никогда не было.