Очередной серией испытаний предусматривалось определить степень физического воздействия подводных взрывов на корабль в целом и на изменение его шумности. Для решения второй задачи необходимо было произвести замеры шумности «Трешера» до испытаний, в ходе испытаний и после них. Испытания проводились в районе Ки-Веста в течение двух недель. После серии взрывов глубинных бомб на постепенно уменьшавшейся дистанции от лодки она возвращалась в Ки-Вест для замера шумности. «Трешер» подвергся серьезным испытаниям и имел повреждения, которые, однако, не повлияли на его боеспособность, — все они исправлялись силами экипажа.

4 июля «Трешер» снова направился в залив Тонг-оф-Ошен для замера шумности, чтобы выяснить, как подействовала двухнедельная «бомбежка» на степень шумности его механизмов, а также установить, не появились ли «скрипы и стоны», увеличивающие шумность лодки. Замеры показали, что корабль отлично выдержал испытания.

Выполнив программу испытаний, «Трешер» возвратился в Портсмут для прохождения ремонта. В ходе ремонтных работ в прочном корпусе лодки пришлось вырезать много горловин для подъема механизмов и монтажа новых трубопроводов, электропроводов и другого оборудования. Всего было выполнено 875 ремонтных операций. Проверка показала, что все эти операции, за исключением пяти несущественных, были выполнены вполне удовлетворительно. После монтажа поднятых механизмов горловины в корпусе лодки были заделаны, а качество сварки тщательно проверено рентгеном. Ремонтные работы продолжались девять месяцев. В январе 1963 года на «Трешер» прибыл его новый командир капитан-лейтенант Джон Харвей.

В 07.30 9 апреля 1963 года «Трешер» вышел из Портсмута. На лодке было 129 человек: 108 человек — экипаж и 21 — офицеры штаба подводных сил и представители заводов и фирм. Поскольку корпус «Трешера» рассчитан главным образом на плавание на большой скорости в подводном положении, в надводном положении его сильно раскачивало даже на сравнительно невысокой волне. В море «Трешер» провел серию испытаний в надводном положении с целью проверки работы навигационных приборов и средств связи. В 09.45 восточнее Бостона «Трешер» встретился со спасательным судном «Скайларк», которое должно было обеспечивать подводную лодку во время проведения ею глубоководных погружений. В задачу «Скайларка» входило поддерживать связь с берегом и в случае необходимости оказать «Трешеру» посильную помощь. Однако командир «Скайларка» не знал ни программы испытаний «Трешера», ни его основных тактико-технических данных: скорости хода, глубины погружения и дальности плавания. Единственное, что было известно командиру «Скайларка», — это возможности аппаратуры своего корабля по поддержанию гидроакустической телефонной связи с лодкой, находящейся в подводном положении. Первые пробные погружения на небольшую глубину «Трешер» совершил для проверки корпуса на течь и испытаний различного оборудования. Во время этих погружений между «Трешером» и «Скайларком» поддерживалась непрерывная телефонная связь. Известно, что качество и надежность этого вида связи зависит от температуры и плотности воды и расстояния между кораблями. С изменением этих величин часто наблюдаются отклонения и искажения звуковых волн.

Следующую серию испытаний на глубоководное погружение намечалось провести в районе, расположенном в 200 милях восточнее мыса Код. Глубина моря в этом районе доходила до 2560 метров. В 06.35 утра 10 апреля «Трешер» пришел в район испытаний, сюда прибыло и спасательное судно «Скайларк».

В 07.47 с «Трешера» сообщили на «Скайларк», что он готовится к погружению на предельную глубину. В данном случае термин «предельная глубина» не давал ясного представления о действительной глубине, на которую намеревался погрузиться «Трешер». Предельная глубина погружения для атомной подводной лодки — это та максимальная глубина, на которой она будет действовать в боевой обстановке. Еще до капитального ремонта в 1962 году «Трешер» совершил около сорока погружений на такую глубину. Командиры подводных лодок имеют строгий приказ никогда не погружаться ниже предельной глубины, за исключением крайних случаев в боевой обстановке. Выполняя программу испытаний в условиях глубоководных погружений, «Трешер» должен был поддерживать телефонную связь со спасательным судном «Скайларк». На «Скайларк» должны были сообщать обо всех изменениях курса, скорости и глубины погружения; наличие связи предписывалось проверять каждые 15 минут, а содержание переговоров — фиксировать в вахтенных журналах обоих кораблей.

В 07.47 «Трешер» сообщил на «Скайларк», что он начинает погружение на предельную глубину. В 07.52 с «Трешера» сообщили, что лодка находится на глубине 120 метров и производится проверка корпуса на течь.

В 07.54 «Трешер» сообщил на «Скайларк», что все последующие данные о глубине погружения будут передаваться в кодированном виде, без указания действительных величин, так как считалось, что переговоры по телефону могут быть перехвачены любым кораблем, случайно или намеренно оказавшимся в районе испытаний.

В 08.09 «Трешер» сообщил, что находится на половине предельной глубины. В 08.35 на «Скайларк» поступило сообщение, что подводная лодка находится на глубине «минус 90 метров». В 08.53 «Трешер» сообщил, что идет на предельную глубину.

В 09.02 с «Трешера» попросили повторить отсчет курса. Как утверждает штурман «Скайларка», разговаривавший с «Трешером», слышимость в это время была хорошая. В 09.12 корабли произвели очередную проверку связи.

Затем, как показал штурман «Скайларка», примерно минутой позже «Трешер» сообщил: «Имею положительный дифферент на корму… Пытаюсь продуть цистерны».[4] Другие лица, находившиеся на борту «Скайларка» и слышавшие это сообщение, излагают его иначе. Так, командир «Скайларка» утверждает, что он слышал следующее: «Испытываю незначительную трудность… Имею положительный дифферент… Пытаюсь продуть цистерны».[5] Младший рулевой показывает, что последнее сообщение «Трешера» было таким: «Испытываю незначительные трудности… Имею положительный дифферент на корму… Пытаюсь продуть цистерны… Буду информировать вас».[6]

В вахтенном журнале «Скайларка» записано, что в 09.12 связь с «Трешером» была удовлетворительной. Дальше идет запись: «Имею положение дифферент на корму… Пытаюсь продуть цистерны»,[7] но время не проставлено. Таким образом, можно предположить, что сразу же после 09.12 «Трешер» сообщил о том, что испытывает какое-то затруднение. Затем находившиеся на «Скайларке» услышали шум стравливаемого сжатого воздуха.

В 09.14 «Скайларк» передал на «Трешер», что он не слышит его, и попросил сообщить курс лодки и пеленг на себя. Ответа не последовало. Командир «Скайларка» несколько раз повторил в микрофон один и тот же вопрос: «У вас все в порядке?» Ответа не последовало.

В 09.17 командир «Скайларка», по его утверждению, услышал по телефону что-то нечленораздельное. Однако, по мнению штурмана, в последнем сообщении с «Трешера» он совершенно ясно разобрал слова «предельная глубина». Несколько секунд спустя штурман услышал «треск разламывающегося корабля».

Определив тщательно свое место в момент последнего сообщения с «Трешера», «Скайларк» начал патрулировать район, непрерывно вызывая лодку и внимательно слушая ее, в надежде получить ответ. В 10.58 «Скайларк» начал бросать в воду подрывные патроны, как это предусматривалось указаниями на случай потери связи. Почти одновременно командир «Скайларка» приказал передать радиограмму командованию в Нью-Лондоне. Радиограмма гласила: «Не могу установить связь с «Трешером» с 09.17. Вызываю по подводному телефону и радио каждую минуту. Даю сигналы подводным взрывом каждые 10 минут. Безуспешно. Последнее сообщение с лодки искажено, но указывает, что она погружалась на предельную глубину. Мое место 41 градус 43 минуты северной широты, 64 градуса 57 минут западной долготы. Продолжаю поиск».