Комиссия заслушала также показания специалистов портсмутской судостроительной верфи. По вопросу сварки стыков труб на глубоководных подводных лодках первым дал показания начальник отдела исследований и проверки качества Пелтон. Он заявил, что «маловероятно», чтобы какой-либо стык на «Трешере», сваренный на судоверфи, сдал при глубоководном погружении. Пелтон не смог дать никаких разъяснений по поводу неправильной установки на «Трешере» забортных клапанов, о чем говорили Маккул и Дестефано. Выступивший затем инспектор Файт заявил, что, по его мнению, качество работ, в частности по монтажу гибких соединительных шлангов на лодках типа «Трешер», оставляет желать лучшего. Однако, указал он, выход из строя гибких шлангов на «Трешере» маловероятен, учитывая нагрузку, которой они проверяются. Это же суждение высказал и инженер верфи Френч, который указал, что гибкие соединения на «Трешере» проверялись самым надежным способом из всех существующих. Мастер производственного отдела Пуур заявил, что из-за недостатка времени на «Трешере» не было установлено несколько гибких шлангов. Но, подчеркнул Пуур, команда до выхода «Трешера» в море самым тщательным образом проверила качество всех ремонтных работ.
23 апреля комиссия не заседала. На базе Нью-Лондон состоялась церемония вступления в строй вооруженной ракетами «Поларис» атомной подводной лодки «Лафайетт», которая по своей конструкции и оборудованию близка к «Трешеру». «Лафайетт» является первой лодкой в этой серии. Кораблестроительной программой предусматривалось построить более тридцати подводных лодок этого типа. Вступление в строй «Лафайетта» как бы подчеркивало всю важность и необходимость установления причин гибели «Трешера».
24 апреля комиссия продолжила свою работу. В этот день свои замечания высказал помощник начальника отдела проверки качества Роджерс. Он указал, что «неисправность в системе трубопроводов — это самое опасное, что могло бы произойти на лодке», что несчастье с лодкой могло произойти по «многим причинам», но отказ трубопровода является «наиболее вероятной» из них. Роджерс рассказал о различного рода испытаниях систем лодки, проведенных до ее выхода в море. Он заявил, что вся программа испытаний, кроме 10–12 пунктов, была выполнена до выхода лодки в море; невыполненными остались только те пункты программы, которые не имели существенного значения, и те, которые надлежало выполнить в море. Роджерс подчеркнул, что все, что оставалось невыполненным, ни в коей мере не влияло на безопасность «Трешера» и не препятствовало выходу корабля в море.
В период с 24 по 27 апреля комиссия провела несколько закрытых заседаний, на которых заслушала показания, касавшиеся вопросов проектирования строительства и ремонта «Трешера». Были опрошены конструкторы Люис и Дюрэм. Первый сообщил, что подобранные в районе поиска предметы «могли принадлежать «Трешеру». Показания второго, присутствовавшего на испытаниях влияния подводных взрывов на прочный корпус «Трешера», проводившихся в свое время в Ки-Весте, не были оглашены. Но представитель командования ВМС сообщил, что гибель «Трешера» «никоим образом не связана с этими испытаниями». Возможность пожара на лодке исключалась. Выступивший в комиссии капитан 1 ранга Хинчи, под руководством которого устанавливался на лодке ядерный реактор, сообщил, что он провел различные испытания над куском желтой пластмассы, найденным в районе гибели лодки, и установил, что образовавшаяся на нем чернота — не что иное, как «высокая концентрация графита или углерода, а не результат воздействия пламени, как это предполагали раньше». Он пояснил, что чернота могла образоваться от смазки в дрели, использовавшейся во время монтажа для сверления в пластмассе отверстий.
На одном из заседаний комиссии выступил вице-адмирал Риковер. Он дал высокую оценку подготовленности экипажа «Трешера». Адмирал указал, что ядерные реакторы, установленные на подводных лодках и надводных кораблях ВМС США, имеют такую конструкцию, которая сводит до минимума какую бы то ни было опасность. Он заявил, что «взрыв ядерного реактора наподобие взрыва бомбы физически невозможен». Кроме того, добавил адмирал, ядерный реактор надежно защищен от коррозии в морской воде, а его «топливные элементы останутся нетронутыми, и ни один из них не будет высвобожден». Опасность появления радиоактивности, заявил Риковер, могла бы возникнуть только в том случае, если бы «топливные элементы расплавились или же была бы разрушена защита реактора». Риковер подчеркнул, что «нет никакого основания считать, что гибель «Трешера» может повлечь за собой появление радиоактивности». Отсутствие радиоактивности подтверждается, заявил адмирал, анализом проб грунта, взятых со дна океана в районе гибели «Трешера».
После ряда открытых и закрытых заседаний комиссии были проведены испытания, которые должны были показать характер воздействия напора струи воды на макет пульта управления лодкой. Напор струи должен был быть таким же, как и при прорыве в подводную лодку забортной воды при ее нахождении на большой глубине. При первом действии струи, продолжавшемся 3,5 секунды, пульт получил вмятины, вверх поднялась струйка дыма. Затем время увеличили до 7 секунд. Результаты испытаний обсуждались на закрытом заседании.
7 мая на пресс-конференции выступил капитан 1 ранга Гюри из производственного отдела верфи, который отрицал ранее высказанные утверждения о неправильном монтаже клапанов на «Трешере». Он заявил, что все системы корабля были своевременно проверены. Гюри доложил, что для проведения некоторых испытаний клапаны иногда намеренно устанавливаются отлично от нормального положения, но это делается главным образом при нахождении подводной лодки на базе.
Начальник главного управления кораблестроения контр-адмирал Броккит заявил в комиссии, что конструкция «Трешера» в своей основе не имеет никаких изъянов. Но, указал адмирал, из случившегося «следует извлечь определенные уроки». Его предшественник на этом посту контр-адмирал Джеймс сообщил комиссии, что по просьбе министра ВМС он созвал совет из восьми экспертов для рассмотрения в деталях проекта, по которому строился «Трешер». Возглавил совет известный конструктор подводных лодок контр-адмирал в отставке Макки. Джеймс заявил, что «Трешер» представлял собой значительное достижение в строительстве подводных лодок. Он обладал минимальной шумностью и мог погружаться на большую, чем все остальные лодки, глубину. «Трешер», заявил адмирал, по своим тактико-техническим данным был самым совершенным подводным кораблем, и строительство лодок такого типа будет продолжаться.
13 мая вновь выступил Хеккер. Он указал, что до обнаружения на поверхности моря масляного пятна он не думал, что с «Трешером» могло что-нибудь случиться.
Комиссия по расследованию работала почти два месяца. В течение этого периода были заслушаны показания 120 свидетелей, как военных, так и гражданских, и рассмотрено большое число морских карт, чертежей, писем, фотографий, инструкций, а также предметов, подобранных на поверхности и поднятых со дна океана во время поиска лодки. 6 июня было объявлено об окончании расследования. Доклад, составленный на 1700 страницах, комиссия представила командованию. В настоящее время доклад изучается инженерами, конструкторами и опытными подводниками. 12 июня министерство обороны опубликовало выводы и рекомендации комиссии, содержание которых приводится ниже.
«Комиссия считает, что «наиболее вероятной» причиной гибели атомной подводной лодки «Трешер» со 129 человеками на борту, затонувшей 10 апреля 1963 года в 220 милях восточнее мыса Код, является авария в машинном отсеке, приведшая к его затоплению. По мнению комиссии, вероятнее всего, в машинном отсеке имела место авария трубопровода одной из водяных систем забортной воды.
Прорвавшись под огромным давлением в отсек, забортная вода быстро затопила его. Вероятно также, что заполнившая отсек вода вызвала короткое замыкание, приведшее к выходу из строя главных двигателей. В результате «Трешер» потерял ход и начал погружаться. Очень скоро подводная лодка оказалась ниже расчетной глубины погружения, заполнилась водой и затонула на глубине 2560 метров».