Греческое и итальянское население острова ликовало — Ионические острова, долго принадлежавшие Венецианской республике, не знали сильных притеснений и межконфессиональной резни. Все это началось с появлением французов 27 июля 1797 года, когда генерал Жантильи захватил эти острова. Грабежи, вымогательство, контрибуции — вот неполный перечень деяний тех, кто нес на знаменах слова «Свобода. Равенство. Братство». Ситуация вскоре еще более ухудшилась — французы решили поддержать стремление к самостоятельности паши Али Янинского, правителя Эпира и Албании, и этот мусульманский изверг устроил грекам и итальянцам настоящую резню: 6000 человек были замучены, обезглавлены, уничтожены за полгода. Православных и католиков сжигали живьем, вешали, отрезали носы и уши, выкалывали глаза, раздробляли руки, ноги, половые органы, женщин насиловали и отрезали груди… Поэтому не стоит удивляться, что Ушаков, установивший на занятой территории подлинно республиканский строй и прекративший насилие над христианами, по сравнению с французами и турками казался островитянам чуть ли не богом.

6 октября русская эскадра взяла курс на следующий большой остров — Занте. Вперед были высланы все те же два фрегата под командованием Шостака, которые вступили в перестрелку с береговыми укреплениями французов. 13 октября к острову подошел Ушаков. Вечером был высажен десант из 350 русских и турецких солдат, небольшая крепость, в которой засели французы (500 человек), была блокирована. Шостак послал парламентера к начальнику гарнизона полковнику Люкасу с предложением сдаться, но оно было отклонено. Ушаков наметил штурм на 10 утра 14 октября, однако в 11 часов ночи 13 октября появился парламентер от французов с предложением обсудить условия сдачи. Русские дали согласие на почетную капитуляцию, и в 8 часов утра гарнизон вышел из крепости с развевающимися знаменами, оружием и личными вещами. По условию договора все награбленные французами ценности были оставлены в крепости. Солдатам и матросам Ушакова пришлось защищать французов, на которых очень хотели наброситься разъяренные жители острова. Не повезло тем пленникам, кто попал на суда Кадыр-бея: их сразу же заковали в кандалы и поставили гребцами на галеры, однако по просьбе русского вице-адмирала их вскоре отправили в Константинополь.

15 октября Ушаков высадился на Занте и объявил, что на этом острове подобно Цериго он предлагает всем гражданам избрать себе совет из самых достопочтенных и уважаемых островитян, который бы управлял ими. В ответ толпа начала кричать, что не хочет никакою иного правителя, кроме русского царя. Распоряжение вице-адмирала частично выплатить островитянам долги французов лишь усилило подобные настроения. С одной стороны, это, конечно, очень порадовало Ушакова, но с другой — такой поворот событий мог вбить большой клин между русскими и турками, поэтому «Ушак-паша» настоял на скорейшем формировании правительства Занте по образцу Цериго.

Победы союзников вызвали цепную реакцию — 13 октября восстали жители Кефалонии. На помощь им был отправлен отряд капитана второго ранга Ивана Степановича Поскочина в составе 72-пушечного корабля «Святая Троица», фрегатов «Сошествие Святого Духа» (46 орудий), «Счастливый» (36 орудий) и одного 44-пушечного турецкого фрегата. 15 октября Поскочин подошел к острову и высадил десант из 56 солдат для овладения городом Аргостолион. Малое количество высаженных не должно вводить в заблуждение — крепость эту уже осаждали около 6000 восставших островитян. На следующий день с кораблей на берег отправили еще 164 человека, на этот раз к крепости Ликсурион. Уже 16 октября французы оставили эти укрепленные позиции и отошли к городам Ассос и Сталамье. Возглавивший оборону Кефалонии полковник Ройе понимал, что его силы в 350 человек просто смехотворны, поэтому 17 октября сдался инсургентам. Обезумевшая толпа хотела разорвать француза заживо, но русские отбили пленных и отправили их на корабли. В Кефалонии черноморцы захватили богатые трофеи, Ушаков писал, что комендант острова «не заклепал ни одной пушки».

Несмотря на резвый старт, русский адмирал понимал, что основные бои еще впереди. Острова Святая Мавра (Санта-Маура) и Корфу были очень сильно укреплены, имели большое количество орудий и сильные гарнизоны. Кроме того, на Корфу присутствовали корабли французов.

Тем временем из Севастополя на помощь Ушакову была послана эскадра капитана 1-го ранга Павла Васильевича Пустошкина в составе 2 линейных кораблей (74-пушечные «Святой Михаил» и «Симеон и Анна»), бригантины «Феникс», использовавшейся как войсковой транспорт, и шхуны № 1, но к Ионическим островам соединение подошло только в конце января.

Перед штурмом Корфу Ушаков решил выбить французов с острова Святой Мавры, обладавшего довольно сильными укреплениями. Там засели 500 французских гренадеров при 70 пушках, которые решили сражаться, пока не исчерпают для этого все возможности. Еще 16 октября отряд из 74-пушечного корабля «Святой Петр», 46-пушечного фрегата «Навархия Вознесение Господне», а также турецкого линкора и фрегата под общим руководством капитана 1-го ранга Дмитрия Николаевича Сенявина отправился к Санта-Мауре, но вскоре возникли очень опасные обстоятельства. Дело в том, что Али-паша Янинский (формально — союзник России в войне с Францией) вошел в тайный сговор с комендантом острова полковником Миоллетом, предлагая сдать крепость за 30 000 золотых червонцев и свободный выход гарнизона из города в любой порт, принадлежащий Франции. Али просто хотел присоединить этот остров к своему пашалыку и получить стратегическую крепость, ограждавшую его владения от десантов с моря. Это помогло бы ему отделиться от турецкого султана и завоевать самостоятельность, но подобное развитие событий не входило в планы Ушакова.

21 октября на материке, отделенном от острова узким и мелководным проливом, были высажен десант в 160 человек при 12 орудиях, который сразу же начал бомбардировку цитадели. К концу октября количество свезенных на берег орудий достигло 30, а солдат было высажено 674 человека. Ушаков, отрядив большую часть сил на блокаду Корфу, с 4 линейными кораблями («Святой Павел», «Мария Магдалина» и два турецких) и 3 фрегатами («Сошествие Святого Духа», «Счастливый» и турецкий фрегат) поспешил к Святой Мавре. Миоллет, узнавший о столь значительных подкреплениях, пришедших к осаждающим, сообщил, что согласен на почетную сдачу, но Федор Федорович отказал ему в этой просьбе. На 1 ноября был назначен штурм крепости, однако утром над цитаделью взвился белый флаг. Гарнизон в составе 466 солдат и 46 офицеров сдался на милость победителю, в крепости были захвачены 2 знамени, 59 пушек и провианта на 2 месяца. 3 ноября была подписана капитуляция, пленных погрузили на фрегат «Сошествие Святого Духа», который отплыл к Константинополю. Ушаков же поспешил к Корфу.

24 октября эскадра Нельсона появилась у берегов Мальты. Он обнаружил, что инсургенты полностью блокировали Ла-Валетту, захватили форты Рикасоли, Коррадина, Самра, Заббар, Зейтун и Мануэль. Таким образом, крепости (Валетта, Флориана, Биргу, Санта-Анжело, Сенглея, Сент-Эльмо и Санта-Маргарита), в которых укрылись французы, оказались полностью окружены. Однако в военном деле восставшие были полные младенцы — они даже не смогли сообщить англичанам, пушками каких калибров они располагают. Нельсон отмечал, что мальтийцы, кроме всего прочего, не располагали мортирами и тяжелыми орудиями, столь необходимыми для осады таких сильных укреплений, какими являлись форты Ла-Валетты. В отличие от своего русского коллеги английский адмирал не решился на прямой штурм крепости, вместо этого он решил снабдить восставших боеприпасами и провиантом. Инсургентам были переданы 20 бочек пороха и большой запас провизии. К Вобуа были еще раз посланы парламентеры с предложением сдаться, в чем им повторно было отказано. 28 октября мальтийцы атаковали крепость на острове Гоцо, где в плен были взяты 200 французов, а также захвачены 15 пушек и немного пороха. Однако это был частный успех. Самое примечательное, что инсургенты взяли Гоцо без помощи английской эскадры, которая за все время штурма не истратила ни единого ядра. Вместо этого Нельсон начал писать письма неаполитанскому королю, призывая его прислать войска, оснащенные осадной техникой.