Работные люди и заводские крестьяне выбирали из своей среды атаманов, есаулов, урядников и прочих «выбранных». На заводах возникали станичные избы, сносившиеся с другими заводами, ведавшие казной и продовольствием, снабжавшие всем необходимым войско пугачевских полковников, собиравшие и вооружавшие отряды, направлявшиеся либо в Берду к самому Пугачеву, либо под Уфу в Чесноковку к Зарубину-Чике, либо под Челябинск к Грязнову. Заводские отряды нередко были весьма многочисленными. Часть обслуживавших заводы рабочих, особенно заводские крестьяне и наемные люди, покидали заводы и расходились по домам, выступая в роли зачинателей восстания в своих краях. Переселенные на завод приписные и крепостные крестьяне, а нередко и мастеровые были самыми активными участниками восстания. Заводские крестьяне «всем миром» переходили на сторону пугачевцев. Уничтожались конторские книги и бумаги, конфисковывались деньги и хозяйственное имущество, выбирались «править заводами» новые власти, все заводские крестьяне и работные люди становились пугачевскими «казаками». Восстали работные люди Кыштымского, Каслинского, Златоустовского, Уткинского, Каменского, Саткинского и других заводов.

Восстание охватило и Пермский край. Поднимались работные люди, заводские, дворцовые и экономические крестьяне, пахотные солдаты, казаки, татары, башкиры под Кунгуром, на Тулве, у Красноуфимска. Центром восстания становится Осинская волость. Работные люди выделывали ядра и картечь, ковали копья и сабли. Всюду на заводах набирали в «казаки», в повстанческое войско. Как правиле, рабочие не уходили с заводов, считая, что заводы прекратили работу только «до указу», до особого распоряжения «Петра Федоровича». Восставшие не раз подходили к Кунгуру и вступали в переговоры о сдаче города. В январе 1774 г. в село Троицкое под Кунгуром вошел со своим отрядом «главный российского войска предводитель» Иван Степанович Кузнецов, который тоже обращался с увещеваниями к жителям Кунгура, обещая, им всякие милости, одновременно стягивая войска повстанцев.

23 января Кузнецов и Салават Юлаев пытались взять Кунгур штурмом, но боеприпасов было мало, а правительственные войска ожесточенно сопротивлялись. Пришлось отойти. Но прошло немного времени, и в феврале пугачевские отряды овладели Кунгуром и Челябинском, блокировали Шадринск. Крестьянская война охватила Западную Сибирь: Верхотурский, Тюменский, Ялуторовский, Туринский и другие уезды. В Казанском крае и на Каме действовали отряды восставших русских, татарских, удмуртских крестьян, среди которых выделялся отряд татарина Мясогуга Гумерова. Восстание охватило Поволжье, Самарский и Ставропольский края. Отряд беглого крестьянина Ильи Арапова занял Бузулук и Самару, а православные калмыки, предводительствуемые Федором Дербетевым, овладели Ставрополем.

Крестьянская война охватила обширный край от Гурьева на берегу Каспийского моря до Екатеринбурга и Ирбита, от Шадринска до Самары и Ставрополя.

«Чернь бедная» разных языков и вероисповедания с оружием в руках добывала себе землю и волю. А сам «Третий император», чьи манифесты и указы поднимали трудовой люд на великую войну, успешно отбивал вылазки войск Оренбургского гарнизона, сколачивал свою Главную, или Большую, армию, создавал Государственную военную коллегию.

Главная армия Пугачева имела довольно стройную структуру. Она делилась на полки во главе с полковниками, но полки эти были построены по принципу не регулярных, а казацких войск. Командиров — сотников, есаулов, хорунжих — выбирали на казачьем сходе (круге) или назначали «с общего согласия». Во всем войске вводились казацкие порядки, и все считались казаками.

6 ноября 1773 г. в Берде была учреждена Государственная военная коллегия. Во главе ее стоял яицкий казак Андрей Витошнов, «судьи» — казаки Максим Шигаев и Иван Творогов, «секретарь» Максим Горшков, «думный дьяк» Иван Почиталин. Казалось бы, Государственная военная коллегия восставших так же копировала Петербургскую государственную военную коллегию, как Пугачев копировал подлинного императора. Однако на самом деле это было не так. Функции пугачевской Государственной военной коллегии были необъятны. Она ведала судом и расправой, поддерживала связь с отдельными отрядами восставших, стремилась направлять их боевую деятельность, вводила казацкое самоуправление, устанавливала связь с заводами, ведала комплектованием Главной армии и отдельных отрядов, обеспечивала их оружием, боеприпасами, продовольствием и фуражом, награждала отличившихся, ведала казной и трофеями, присваивала воинские звания и назначала на командные должности, налаживала письменное делопроизводство и распространение именных манифестов и указов, пыталась претворить в жизнь лозунги и призывы восставших. Пугачев учредил и возглавленную Андреем Овчинниковым Походную канцелярию, непосредственно руководившую боевыми действиями Главной армии. Чтобы придать всем действиям законный, государственный характер, указы и манифесты скреплялись подписями и специальными печатями, изготовленными из серебра и меди.

Государственная военная коллегия, Походная канцелярия, Главное войско вносили в крестьянскую войну, возглавленную Пугачевым, известные элементы организованности. Так выглядела пугачевская Берда.

Осада Оренбурга затянулась. Пугачев не раз предпринимал всевозможные попытки овладеть городом: ворваться темной ночью, забросать ядрами и гранатами, натравить горожан на власти и т. д., но все было безуспешно. В городе начался голод. Пугачев искренне переживал несчастье горожан и говорил: «Жаль мне очень бедного простого народа, он голод великий терпит и напрасно пропадает…», — и в письме к Рейнсдорпу, «сатанину внуку, дьявольскому сыну, мошеннику, бестии» требовал сдать город и положить конец мучениям его жителей. Однако Рейнсдорп и не думал прекратить сопротивление. Он знал, что правительство готовит новый удар по Пугачеву. В районы крестьянской войны направлялись многочисленные войска, местное дворянство организовывало ополчения, помогало властям и купечество. Подчеркнув, что горести поволжского дворянства — это и ее горе, Екатерина II приняла на себя звание «почетной казанской помещицы». За поимку Пугачева обещала награду 10 000 руб.

В это время внимание Пугачева было отвлечено Яицким городком. 30 декабря отряд Михаила Толкачева занял городок, и только крепость продолжала обороняться. 7 января 1774 г. в Яицкий городок прибыл Пугачев.

И тут произошло событие, которое вызвало различные толки в рядах повстанцев. Яицкие казаки, желая крепче привязать к себе Пугачева, надумали женить его. «Ты как женишься, — говорили казаки, — так войско яицкое все к тебе прилежно будет». Пугачев торопился. Выбор его пал на молодую казачку Устинью Петровну Кузнецову. В доме Толкачева сыграли свадьбу и поздравили молодых — «императора» и «благоверную императрицу», весьма сомневавшуюся в царственном происхождении своего супруга. Женитьба Пугачева вызвала большое брожение умов. Во-первых, многие сомневались: «Как-де этому статься, чтобы царь мог жениться на казачке». Кроме того, «народ тут весь как бы руки опустил и роптал: для чего он, не окончив своего дела, т. е. не получа престола, женился».

Между тем взять укрепленную цитадель Яицкого городка не удалось, и 19 февраля Пугачев уехал из Яицкого городка — тревожные вести о наступлении правительственных войск заставили его поспешить к своей Главной армии.

22 марта в бою с войсками генерала Голицына под Татищевой крепостью Пугачев был разбит. Потери восставших были очень велики. В плен попали видные соратники Пугачева: Хлопуша, Подуров, Мясников, Почиталин, Толкачевы и другие. Под Уфой потерпел поражение и попал в плен Иван Зарубин-Чика.

Приехав в Берду с несколькими казаками, Пугачев сразу же покинул ее, а через несколько дней войска Голицына вступили в Оренбург. Бой под Сакмарским городком 1 апреля закончился новым поражением Пугачева. С отрядом в 500 человек казаков, работных людей, башкир и татар Пугачев ушел на Урал.

Начался второй этап крестьянской войны. Пугачев не унывал: «Народу у меня как песку, — говорил он — и я знаю, что чернь меня с радостью примет».