Между тем тучи над Москвой сгущались. Полководцы тушинской рати начали долговременную осаду Троице-Сергиевской лавры. Иногда отвлекаясь от осады, они совершали опустошительные набеги на ближайшие и отдаленные местности. Жители ряда городов, устрашенные этими вражескими нашествиями, покорно открывали городские ворота и целовали крест самозванцу. Сдались Суздаль, Переяславль, Ростов. Митрополит ростовский Филарет (отец будущего царя) был взят в плен и с нахлобученной на голову татарской шапкой, обутый в простые казацкие сапоги доставлен был в таком позорном виде на простых дровнях в Тушино. Вслед за этими городами сдались Ярославль, Вологда, Тотьма. Всюду, куда проникали свирепые тушинцы, царили ужас, голод, отчаяние. Особенно неистовствовали отряды атамана Лисовского и во Владимирской области — простого казака Наливайки. Они совершали невероятные жестокости: сажали на кол, вешали, четвертовали мужчин, убивали детей, зверски издевались над женщинами. Царил полный развал: государство разрушалось, семья, церковь подвергались поруганию. Люди забывали все святое и, униженные, оскорбленные, развращенные врагами, сами становились ими для ближних и домашних своих. Опустошенные города, села и деревни пылали. Жители их разбегались в леса, где, подобно зверям, питались травой и корнями диких растений. Наступали голод, болезни, мор. Смута разгоралась.
А Московскому государству грозили уже новые беды. Время для завоевания его наступало благоприятное. Исконный враг Москвы Сигизмунд не мог не учесть все выгоды похода на Москву. В известной мере сами бояре ускорили этот поход: те из них, которые были недовольны Василием Ивановичем и завидовали возвеличению этого равного им по происхождению, но не отличавшегося действительными достоинствами сановника, давно уже с помощью московского посла при краковском дворе намекали Сигизмунду, что они долго не потерпят Шуйского, что Москве нужен царь хотя бы иноземного, но царского происхождения. Смысл этих намеков был ясен: приходи и властвуй! Следовательно, при общих благоприятных условиях Смутного времени у Сигизмунда была еще твердая уверенность в поддержке бояр. При таком стечении обстоятельств поход на Москву не казался риском. И хотя после долгой внутренней междоусобицы Польша не была подготовлена для завоевательной войны, Сигизмунд тем не менее решился на поход. У него было мало денег и недостаточно войска. Сейм был настроен враждебно к завоевательным планам своего короля, поэтому обращаться к нему за согласием на отпуск денежных средств и на повсеместный сбор в королевстве ратных людей было бесполезно. И Сигизмунд решил обойтись без согласия сейма. С просьбой о денежной помощи он обратился к папе Павлу V Тот ограничился только присылкой шпаги, правда торжественно освященной в праздник Рождества Христова. Тем не менее, собрав незначительное войско, в составе которого было мало и пехоты, и артиллерии, Сигизмунд пошел на Московскую землю. Он решил осадить и взять Смоленск, чтобы путем этой первой победы, с одной стороны, узнать настроение москвитян, а с другой — задобрить Польшу и расположить сейм к щедрости. Великий канцлер и коронный гетман польский Жолкевский, человек выдающегося ума и неподкупной честности, рыцарь и в словах, и в поступках, единственная действительно благородная личность и то печальное для Польши время, неохотно последовал за своим королем: он не разделял планов Сигизмунда и был против похода на Смоленск, сознавая его бесцельность. Жолкевский оказался прав. Изнурительная для поляков осада Смоленска, начатая с сентября 1609 года, грозила затянуться надолго.
Итак, в двенадцати верстах от Москвы находилась столица «тушинского вора». Троице-Сергиевская лавра осаждалась воровской ратью во главе с Сапегой и Лисовским, Сигизмунд окружил Смоленск, а с севера вступали новые лихие гости — шведы, оказавшиеся впоследствии волками, одетыми в овечьи шкуры.
Король шведский Карл IX давно уже приглядывался к постепенному разрушению Московского царства. Он тоже, подобно Сигизмунду, находил, что наступило время поживиться при разделе этого лакомого пирога. И чтобы примазаться под видом званого гостя, Карл еще раньше предлагал свои союзнические услуги Годунову, затем первому «вору», которого величал царем, и, наконец, Василию Ивановичу. Убеждал и новгородцев добровольно признать его королем, суля богатые милости. Но шведские услуги отклонялись, и проникнуть в Россию честью не удавалось. Тогда Карл, которому надоело упорство Москвы, собрал войско и повел его в пределы Московского государства. Делать было нечего, и Василий Иванович послал племянника Михаила Васильевича Скопина-Шуйского в Новгород, чтобы договориться с незваными гостями. Было заключено выгодное для шведов соглашение: за пятитысячное войско, поступавшее на службу Москве, Василий Иванович отдавал Карлу город Кексгольм, и не только отказывался в пользу Швеции от всяких прав на Ливонию, а, напротив, обещал союзному королю помочь в ее завоевании. Немало бед принесли потом шведы Московскому государству, и было бы их еще больше, если бы во главе наемного войска не стоял благородный полководец, юный двадцатисемилетний генерал Яков Понтус Делагарди, который честно отнесся к принятой на себя шведами обязанности помогать России вопреки тайным замыслам короля, смотревшего на миролюбивую сделку как на способ дальнейших корыстных захватов. Делагарди быстро договорился и подружился со своим сверстником московским славным витязем Скопиным-Шуйским. Этот доблестный юный вождь недаром носил данное предками прозвище Скопа, что обозначало птицу из породы орлов, и Михаил казался могучим орлом, символом грядущего возрождения России. Оба полководца выработали план действий и дружно приступили к его выполнению.
Осада Троице-Сергиевской лавры все еще продолжалась. Мужественная братия среди тяжких лишений нравственно изнывала и уже численно уменьшалась от вражеских ядер, цинги и других болезней — следствия голода, и тщетно молила Василия Ивановича прислать подкрепление. Вняв мольбам осажденных, царь московский ограничился присылкой… шестидесяти человек. Но приближались Скопин и Делагарди. Уже в июле 1609 года они при Калягине разбили пришедшего сюда Яна Сапегу, послали монастырской братии сильную подмогу в количестве тысячи ратников, а в январе следующего года заставили Сапегу снять осаду и освободили лавру С каждым днем рать доблестного князя Скопина-Шуйского усиливалась; народ, изнуренный насилием и грабежами тушинских воровских шаек и поляков, готовился уже воспрянуть духом и дать врагам отпор. Со всех сторон под стяг молодого вождя собирались толпы вооруженных людей.
Это начавшееся среди простонародья и крестьян брожение передалось московскому простому люду в Тушине, и возникло недовольство против «вора». Народ, присягнувший ему, приходил в смущение, то же испытывали и тушинские поляки. Осада Смоленска польским королем привела их в величайшее недоумение. Выходило, что вся их упорная работа должна пойти насмарку: не они, а король воспользуется плодами их стараний. И, негодуя на Сигизмунда, тушинские поляки во главе с Рожинским составили, следуя обычаю, господствовавшему в древней Польше, союз-конфедерацию против короля. Конфедерация предъявила ему требование, чтобы он отправился обратно и предоставил тушинцам самим воспользоваться плодами своих подвигов. Король предлагал конфедератам свое войско и помощь. Вместе с тем он забрасывал удочку всюду, где могло клюнуть: писал Василию Ивановичу, уверяя его в своей дружбе, патриарху Гермогену и московским боярам, убеждая признать его царем, поручил своим сенаторам написать и «тушинскому вору». Получалась полная неразбериха. Хитрый и ловкий Ян Сапега, не желая явно ссориться с королем, первый вошел с ним в переговоры. Другие польские вожди из тушинского лагеря последовали его примеру. Положение «вора» стало незавидным: поляки тайно от него сговаривались с королем, московские «перелеты» выражали ему уже явное неуважение. И «вор», рассчитав, что в тушинской столице оставаться больше небезопасно, решил бежать в Калугу, которая была хорошо укреплена. За ним следом вскоре туда прибыла и Марина.