Палий зажег факел. На Правобережье началось антипольское восстание.
Незадолго перед этим польский сейм вынес решение об уничтожении казачества. Полковникам приказали распустить казаков. Когда чиновники польского гетмана Яблоновского явились в Фастов с приказом, Палий отказался его выполнять: «Я поселился в вольной Украине, и Речи Посполитой нет никакого дела до этого края. Только я, настоящий казак и вождь казацкого народа, имею право командовать тут».
В сентябре 1700 года казаки Палия разгромили пятитысячную польскую армию, попробовавшую осадить Фастов. Палий создавал армию Правобережья, советовался с запорожцами, посылал гонцов на Левобережье. По всему правому берегу Днепра начались крестьянские восстания. Палия полностью поддержал и выбранный, назначенный поляками гетман С. Самусь, Во главе восстания встал С. Палий. Казаки Палия и Самуся двинулись на Белую Церковь, польскую опору на Правобережье. Разбив польский арьергард под Бердичевом, казаки за неделю взяли Белую Церковь, потом Немиров. В это время разгоралась Русско-шведская война. На территорию Польши вошел шведский король Карл XII, преследуя саксонского курфюрста Августа, бывшего и королем Польши, московской союзницы. Петр I дважды вызывал к себе полки Мазепы. Оказать помощь Палию на Правобережье стало невозможным по дипломатическим причинам, хотя к Палию с левого берега Днепра шли казаки-добровольцы. К 1702 году шведы взяли Варшаву и Краков и выдвинули своего кандидата на польский престол — познанского воеводу Станислава Лещинского. Польша разделилась на два лагеря. Поляки отступали под напором шведов — на Правобережье. Положение Палия стало почти критическим. Весной 1704 года пятьдесят тысяч казаков Мазепы перешли на правый берег Днепра. Задача гетмана — воевать против шведов, поставленная Петром, была дополнена самим Мазепой, решившим присоединить Правобережье к Гетманщине. В Белой Церкви держался Палий.
Мазепа быстро занял Киевщину и Волынь и стал в Бердичеве. Гетман-аристократ и полковник-демократ не смогли договориться, и люди Мазепы арестовали Палия, который был выслан в Батурин, оттуда в Москву, и затем в Сибирь. Иван Мазепа окончательно потерял доверие народа, что и привело его к падению в 1709 году. Семен Палий стал героем народных песен и баллад, поэм и романов. Карл XII прогнал Августа из Польши, Мазепа пошел в Галичину. Сам гетман стал кавалером ордена Андрея Первозванного, князем Священной Римской империи, владельцем обширных имений. В рамках реорганизации армии Петр I требовал от казаков биться за интересы России со шведами в Ливонии, Литве, Центральной Польше. Потери казацких полков в боях с лучшей европейской армией доходили до 70%. Правда, Петр I ставил во главе казаков немецких и русских командиров, часто использовавших казаков как пушечное мясо.
К 1706 году Россия осталась без союзников, разбитых шведами. Мазепа получил приказ строить укрепления на Днепре. Москвичи строили новую крепость в Киеве, украинское население нищало, отдавая на нужды войны продукты, фураж, коней, скот. До гетмана дошел слух
о том, что Петр собирается отменить казачество и подарить Украину Меншикову. Казацкие полковники Горленко и Апостол писали Мазепе: «Все мы за душу Хмельницкого Бога молим, за то, чтобы он вызволил Украину из-под польского ярма, а твою душу и кости дети наши проклянут, если ты оставишь казаков в такой неволе».
Украина очутилась между двух огней. При победе Петра I и Августа II Украину делили бы между Польшей и Россией. При победе Карла XII и Лещинского — Украина была бы под Польшей. Весной 1707 года в Жолкове на тайное собрание в доме генерального обозного Ломиковского собралась старшина для поиска выхода из политического тупика. Возникли две концепции: первая — создание Великого княжества Русского в федерации с Речью Посполитой, вторая — союз с Крымским ханством и Турцией для борьбы за независимость Украины. Сам гетман Мазепа решил создать независимое княжество.
Когда Мазепа начал переговоры со шведами и с Лещинским, точно неизвестно. Бывший генеральным писарем при Мазепе Филипп Орлик вспоминал: «Связи эти начались еще в 1705 году, когда Мазепа был с войском в Польше. В 1707 году мысль Мазепы про разрыв с Москвой уже выкристаллизовалась. Семидесятилетний старец, проживший 20 лет на гетманстве, среди богатства и роскоши, которых не знал никто из его предшественников, в уважении и доверии царя, который награждал его титулами и орденами, поклялся передо мной:
«Призываю всемогущего Бога в свидетели и клянусь, что не для почестей, не для богатства или каких-то иных целей, а для всех вас, которые находитесь под моей властью, для жен и детей ваших, для добра Матери нашей, несчастной Украины, для добра всего украинского народа, для умножения его прав и возвращения вольностей хочу я при Божьей помощи так сделать, чтобы вы с женами вашими и край наш родной не погибли ни под москалями, ни под шведами. Если же я это делаю ради каких-нибудь личных целей, то пусть покарает мое тело и душу Бог и Святая Троица».
О. Субтельный писал: «Неудовлетворение, что в итоге толкнуло Мазепу искать другого покровителя, было связано с вопросом защиты Украины. Когда польский союзник Карла XII, Станислав Лещинский, стал угрожать нападением на Украину, Мазепа обратился за помощью к Петру I. Царь, ожидая наступления шведов, ответил: «Я не могу дать и десяти человек, защищайся, как знаешь». Это было для гетмана последней каплей. Петр I нарушил обязательство оборонять Украину от ненавистных поляков, что являлось основой договора 1654 года, и украинский гетман перестал считать себя обязанным соблюдать верность царю».
Очевидно, в 1707 году был подписан украино-шведский договор, о котором в своих воспоминаниях писал П. Орлик: «Украина должна быть независимым государством, Украинским княжеством, Мазепа — пожизненным князем или гетманом. После его смерти должен быть выбран новый правитель; король шведский должен защищать Украину от врагов».
Тогда же Мазепа заключил договор с Лещинским, по которому признавал Мазепу князем Черниговским, вассалом Польши. Гетман вел переговоры с Крымом, Турцией, Молдавией, Валахией. Все переговоры велись в тайне ото всех, даже от старшины.
Доносы на Мазепу в Москву шли часто. Летом 1708 года генеральный судья Кочубей и полтавский полковник Искра написали Петру I о тайных делах гетмана. В вину Мазепе ставилась, в частности, даже песня, сочиненная самим гетманом:
Самопали набивайте,
Острих сабель добувайте,
А за віру хоч умріте
I вольностей бороніте!
Нехай вічна буде слава,
Мы чрез саблю маем права.
Обвинение Мазепы было изложено Кочубеем и Искрой в 26 пунктах и сохранилось в записи московских дьяков:
«1. В 1706 году гетман Мазепа говорил ему, Кочубею, наедине, в Минске, что княгиня Дольская, мать Вишневецких, с согласия близкого родственника его, короля Станислава, обещала доставить ему княжество Черниговское, а войску малороссийскому всякие вольности и выгоды. Сия княгиня находится в великой дружбе с Мазепой; подарила ему богатую кровать и прислала музыкантов, которые доселе у него поживают.
2. Мазепа поносил польского гетмана Огинского за преданность его к царю.
3. Радовался при получении известия о вероломстве короля Августа.
4. Оказал равнодушие, в 1707 году, при объявлении ему Кочубеем о произведенных Синицким опустошениях около Пропойска.
5. По отъезде, мая 11-го, боярина Ивана Алексеевича Мусина-Пушкина из Батурина, говорил Кочубею и Скоропадскому, что и царь известен о поступке Синицкого; в доказательство же своей радости начал пить и подносить им вино, причем пил за здоровье княгини Дольской.
6. Сказывал Кочубею, что король шведский из Саксонии пойдет прямо через Польшу в Москву, где намерен низложить царя и на место его возвесть другого; под Киев же подступит король Лещинский, с польским войском и генерал Рейнишильдт с шведским. Когда же, прибавил Мазепа, ведая сие, я просил у царя вспомогательное войско, он ответствовал мне: довольно у вас войск казацких и московских, находящихся в Киеве; и так, заключил гетман, придется нам соединиться с армией короля Станислава.