Весной 1689 года стотысячное московское войско под командой князя В. Голицына двинулось на Крым.
У Коломака к Голицыну присоединились полки Мазепы. Войско вновь дошло до Перекопа и, постояв у перешейка, вернулось домой. Некоторые современники писали о том, что будто бы крымские татары подкупили Голицына, который попытался представить свой поход победой над татарами. В Москву приехал и Иван Мазепа со свитой из 300 человек. Именно тогда к власти в Москве пришел Петр I, сваливший Софью и Голицына. После короткого разговора с Петром Ивану Мазепе вернули из конфискованного имущества Голицына деньги, которые гетман заплатил ему за свое избрание, дали пожалования на поместья для старшины. У Петра I и Ивана Мазепы сложилась как бы «дружба», современники писали, что «царь скорее не поверит ангелу, чем Мазепе». Гетман Мазепа вернулся домой с триумфом, с благосклонностью и доверием Петра I.
Мазепа опирался только на старшину, увеличивая народное недовольство. Рядовые казаки и посполитые были раздражены действиями гетмана, не понимали его, время от времени восставали. Во главе оппозиции стояли запорожские казаки и фастовский полковник Семен Палий. Казаки Мазепы и полк Палия участвовали в походах на Очаков и Гади-Керман в 1690 и 1692 годах, на Аккерман в 1691 году.
В 1691 году старший канцелярист Генеральной Войсковой канцелярии Петр Иваненко-Петрик, родственник генерального писаря Василия Кочубея, ушел на Запорожскую Сечь, был выбран войсковым писарем и стал вести агитацию против гетмана, старшины и Москвы. Петрик говорил запорожцам: «Я стою за посполитый народ, за бедных и простых. Богдан Хмельницкий освободил украинский народ из ляшской неволи, а я хочу освободить его из новой неволи — от москалей и своих панов. Я, пан кошевой, ставлю свою голову — прикажите меня на части рассечь, если вся Украина, начиная с самой Полтавы, не поклонится тебе!» Слухи о походе пошли по Украине, посполитые говорили — «когда придет Петрик с Запорожским войском, пристанем к нему, побьем старшину, арендарей и сделаем по-старому, чтобы все были казаками, панов не было». Но запорожцы не поддержали Петрика, не пошли на Мазепу. Петрик отправился в Крым с немногими единомышленниками и 26 мая 1692 года подписал с крымским ханом договор между Крымским ханством и «Удельным Княжеством Киевским, Черниговским и всего войска Запорожского, Городового и Народу Украинского». На основании этого договора между Петриком и Крымом заключался «вечный мир» для взаимных действий против Москвы и Польши.
Петрик писал в одном из своих универсалов в июне 1692 года: «Хватит удивляться, что нашим врагом есть польский король. Когда-то мы ему подчинялись, а с Божией помощью, при Богдане Хмельницком, освободились от его власти и столько навредили польскому государству, что оно до сих пор не может прийти в себя. Не удивительно, что враждует с нами крымский хан — с давних времен боролись мы с крымским государством и до сих пор боремся. Но зато удивительны действия московских царей — не саблями же они нас завоевали, но прадеды наши, ради веры христианской, поддались им по вольной воле. Они перевели наших людей с правого бока Днепра на левый, они защитились нами от всех своих врагов так, что, откуда бы враги ни пришли, жечь будут сначала наши города и села, наших людей брать в полон, а Москва будет сидеть за нами, как за стеной. Но и этого мало Московщине, всех нас хочет превратить в своих невольников и холопов. Сначала забрали в неволю гетмана Многогрешного, потом Самойловича, которые обороняли нас, а теперь хотят ввергнуть нас в вечную неволю. Нынешнему гетману позволили раздавать имения старшине Запорожского войска, а старшина разделила наших братьев между собой, записала их за собой и своими детьми в вечную панщину и только того не делает, что в плуг не запрягает. А Москва потакает старшине во всем, так как знает, что когда наши люди помужичатся, то она завладеет Днепром, Самарою и везде построят крепости, из-за которых нельзя будет и пошевелиться!
Я бросил отца, мать, жену, семью и немало добра, и теперь призываю вас к борьбе за целостность нашей Отчизны и воли. Не для того мы начинали дело, чтоб разрушить собственную Родину, ведь плохи те птицы, что собственное гнездо рушат; плох тот хозяин, что собственное имение рушит. Мы идем на Украину с тем, чтобы освободить наших братьев и себя от разбоя Москвы и ее холуев. Сами вы, разумные люди, подумайте: лучше ли страдать в неволе, быть батраком или хозяином своей земли? И пусть вам, Панове, будет ведомо, что сам гетман, после рады со всеми полковниками, послал ко мне тайного человека сообщить, что, как только мы с ордой дойдем до Самары, — все они откажутся от Москвы и вместе с нами станут сражаться с душителями.
Если вы теперь не встанете за свои вольности, то знайте, что потеряете навсегда и будете вечными московскими невольниками, и никто уже потом не заступится за вас».
В июле 1692 года выступили крымские татары и Петрик в поход на Украину. У Каменного Затона он опять обратился к запорожцам с призывом о совместных действиях. Но кошевой Гусак вновь отказался идти против гетмана. Около 500 запорожцев-добровольцев во главе с Василием Бужским пошли под его знамена — на собственный риск.
У Каменного Затона прошла Черная рада, избравшая Петрика своим гетманом. Калга крымского хана вручил ему гетманские клейноды — булаву, бунчук, знамя.
Мазепа выслал против Петрика четыре казацких полка и один компанейский, а сам с пятью сердюцкими полками стал под Гадячем и рассылал по Украине универсалы против Петрика — «гибельного сына», несущего на Украину новую Руину. Петрик дошел до Маяка, где его встретила армия Мазепы. Татары сразу ушли, грабя округу, а за ними и сам Петрик, которого население не поддержало — никто не хотел союза с убийцами и грабителями, давнишними врагами народа. Выждав, когда в Крыму воцарился новый хан Селим-Гирей, Петрик поехал к нему, показав две настоящие или поддельные грамоты — от Мазепы и генерального писаря Кочубея. Крымский хан дал ему орду, Петрик снова выступил в поход на Украину, у Полтавы был встречен гетманским войском, покинут татарами, опять занявшимися грабежом, и вернулся в Перекоп. Запорожцы не верили в успех Петрика, не хотели действовать в союзе с «басурманами», хорошо их зная, и не поддерживали Петрика.
Петрик писал запорожцам: «Не искушайтесь, братья, что московские цари присылают вам червонцы. Не прижимайтесь к Москве, как судак-рыба к неводу, еще не пойманная, но дергающая за нитки невода, и рыбак ловит ее. Так и вы по доброй воле прислонились к Москве, а она делает с вами то же самое, что перед этим сделала с теми, которых раньше прибрала к своим рукам».
Запорожцы ответили ему: «Ты вдался в мятеж, забыл Бога. Пошел ты в Крым без нашего ведома, без нас и поход делай, а нас не морочь!»
В 1695 году Петрик снова с татарами был в походе на украинской земле и был убит казаком с Правобережья.
В 1695—1696 годах в результате Азовских походов Петра I, в которых активно участвовали украинские казаки, Азов был взят, а в 1700 году было подписано российско-турецкое перемирие, по которому за Москвой остался Азов с северным побережьем Азовского моря. Шестидесятилетний Мазепа был советником Петра I в польских и турецких делах. Войска постоянно проходили по украинским землям. В 1699 году Мазепа писал царю, что за двенадцать лет своей власти он совершил одиннадцать походов, в которых Украина ничего не получила для себя. Мазепу называли «отчимом Украины».
В 1699 году по Карловицкому миру Польша получила обратно Подолию. Стоявший во главе местного казачества полковник Семен Палий не раз обращался к царскому правительству с просьбой о помощи и подданстве. Его поддерживали богуславский полковник Самойло Самусь, корсунский полковник Захар Искра, брацлавский полковник Андрей Абазин. Запорожцы писали: «Как станет Палий гетманом, то сможет управиться со всей начальной старшиной, и будет при нем, как при Хмельницком». Палий для Мазепы, как кандидат в гетманы, был более чем реальной угрозой. Он опирался на рядовых казаков, на крестьян, которых переводил в казаки, на мещан, был тесно связан с православным духовенством и финансово поддерживал его. Коронный гетман Польши Потоцкий предупреждал шляхту, что Палий «пытается идти следами Хмельницкого и зажигает факел хлопской войны».
