В 1961 году бывший следователь Суровницких показал, что в ходе допросов по делу о военном заговоре следователи подсказывали арестованным фамилии их «соучастников», чтобы закрепить «нужную Ежову „солидность и серьёзность“ заговора» [1016].

О применении к арестованным зверских истязаний свидетельствуют не только показания следователей, но и обнаруженные на протоколе допроса Тухачевского пятна крови.

В последней декаде мая Сталин почти ежедневно принимал Ежова и знакомился с протоколами допросов. 30 мая по его инициативе Политбюро приняло решение об отстранении от работы в Наркомате обороны Гамарника, как работника, находившегося «в тесной групповой связи с Якиром, исключённым ныне из партии за участие в военно-фашистском заговоре» [1017]. На следующий день Ворошилов направил двух ответственных работников Наркомата обороны на квартиру к больному Гамарнику для объявления приказа о его увольнении из РККА. Сразу же после их ухода Гамарник застрелился. Причины этого поступка в официальном сообщении были разъяснены следующим образом: «Бывший член ЦК ВКП(б) Я. Б. Гамарник, запутавшись в своих связях с антисоветскими элементами и, видимо, боясь разоблачения, 31 мая покончил жизнь самоубийством» [1018].

В атмосфере ошеломления, вызванного всеми этими сообщениями, 1 июня открылось расширенное заседание Военного Совета при наркоме обороны с участием его членов, членов Политбюро и 116 приглашённых военных работников из центрального аппарата НКО и с мест. К этому времени четверть состава Военного Совета (20 человек) была арестована.

В тот же день было принято постановление Политбюро о лишении двадцати шести человек полученных ими орденов «за предательство и контрреволюционную деятельность». В этом списке, в частности, значились имена пяти военачальников (Горбачёв, Петерсон, Гарькавый, Корк и Эйдеман), одиннадцати бывших руководящих работников НКВД (Ягода, Молчанов, Волович, Гай, Прокофьев, Погребинский, Бокий, Буланов, Фирин, Паукер, Черток) и пяти «штатских» (Рыков, Енукидзе, Кабаков, Уханов, Гвахария) [1019]. Основная часть этих лиц была арестована за несколько дней до принятия данного решения.

Перед открытием заседания Военного Совета его участники были ознакомлены с показаниями Тухачевского и других «заговорщиков». Эти показания были широко использованы в докладе Ворошилова «О раскрытом органами НКВД контрреволюционном заговоре в РККА». Ворошилов признал свою «огромную вину», заключавшуюся в том, что он «не только не замечал подлых предателей, но даже когда некоторых из них (Горбачёва, Фельдмана и др.) уже начали разоблачать, не хотел верить, что эти люди, как казалось, безукоризненно работавшие, способны были на столь чудовищные преступления». Одновременно Ворошилов упрекнул собравшихся командиров в том, что ни разу не получил от них «предупредительного сигнала» о существовании в Красной Армии «контрреволюционных конспираторов». Призывая «проверить и очистить армию буквально до самых щёлочек», Ворошилов предупреждал, что в результате этой чистки, «может быть, в количественном выражении мы понесем большой урон» [1020].

На следующий день с большой речью на Военном Совете выступил Сталин. Трудно назвать другую сталинскую речь, которая была бы столь сумбурной, как это его выступление. Сталин часто допускал повторы, перескакивал с одного сюжета на другой, уклонялся в сторону от темы и т. д. Вместе с тем стенограмма свидетельствует о его большом самообладании, способности построить своё выступление в спокойных и уверенных тонах, с заметной иронией по отношению к «заговорщикам». Самое жуткое состояло в том, что, как и на февральско-мартовском пленуме, в ходе сталинского выступления не раз возникало «весёлое оживление в зале».

Сталин объявил, что органами НКВД раскрыт «военно-политический заговор против Советской власти, стимулировавшийся и финансировавшийся немецкими фашистами». Политическими руководителями заговора он назвал Троцкого, Бухарина, Рыкова, Рудзутака, Карахана и Енукидзе, а главарями заговора «по военной линии» — Ягоду, Тухачевского, Якира, Уборевича, Корка, Эйдемана и Гамарника. Из этих тринадцати человек десять были названы Сталиным немецкими шпионами, а трое остальных (Рыков, Бухарин и Гамарник) — «организаторами и потакателями шпионажа в пользу германского Рейхсвера» [1021].

Сталин несколько раз повторил, что заговор не был вызван внутриполитическими причинами, поскольку успехи во всех областях внутренней политики «необычайны», «сельское хозяйство процветало и будет процветать» и т. д. По словам Сталина, заговор имел «не столько внутреннюю почву, сколько внешние условия, не столько политику по внутренней линии в нашей стране, сколько политику германского Рейхсвера» [1022]. На протяжении своей речи Сталин неоднократно упоминал о том, что заговорщики собирались «арестовать правительство в Кремле», но всякий раз сопровождал своё сообщение оговоркой, что это готовилось по заданию «германского Рейхсвера».

Ставя вопрос: почему люди, занимавшие столь высокие посты, добровольно превратились в «рабов» и «невольников» Рейхсвера, Сталин объяснял это недовольством некоторых лиц тем, что их «не выдвигают», а также деятельностью находившейся в Германии «опытной разведчицы и красивой женщины» Жозефины Гензи, которая «на базе бабской части» завербовала Карахана, Енукидзе, Тухачевского и Рудзутака [1023].

Сообщив, что «мы человек 300—400 по военной линии арестовали», Сталин призвал к дальнейшим «сигналам», в которых, «если будет правда, хотя бы на 5 %, то и это хлеб» [1024]. Тем самым он убеждал собравшихся, что их «сигналы», даже основанные на сомнительных подозрениях и содержащие 95 % клеветы, будут поощряться. В заключение Сталин подчеркнул, что «среди наших людей есть ещё такие товарищи, которые случайно задеты… Хорошо внедрить такую практику, чтобы, если такие люди придут и сами расскажут обо всём — простить их» [1025]. Как и на февральско-мартовском пленуме, Сталин заявил о своей готовности дать индульгенцию бывшим троцкистам, которые «отошли от троцкизма, отошли крепко и дерутся с ним очень хорошо». Сказав, что он бы «мог сосчитать десятка два-три» таких людей, Сталин назвал в качестве примера члена Политбюро Андреева, который «был очень активным троцкистом в 1921 году», а теперь «дерётся очень хорошо» [1026].

Разумеется, речь Сталина была далеко не убедительной, особенно при объяснении причин превращения крупных государственных деятелей и военачальников в «марионеток и кукол в руках Рейхсвера». Однако участники заседания хорошо понимали, что в царившей на Военном Совете атмосфере тоталитарной истерии никаких вопросов Сталину задавать не следует.

В прениях по докладу Ворошилова выступили 42 человека, из которых 32 были арестованы в 1937—1938 годах, двое (Кулик и Мерецков) — в последующие годы. Из числа выступавших восемь человек, особенно злобно клеймивших «изменников», были отобраны Сталиным в придуманный им новый судебный орган — Специальное судебное присутствие Верховного Суда СССР. Из этих людей, судивших своих былых товарищей, четверо (Алкснис, Белов, Дыбенко, Горячев) были расстреляны в ближайшие два года, один (Блюхер) погиб на допросе и один (Каширин) в ожидании ареста покончил жизнь самоубийством. В своей постели довелось умереть только Будённому и Шапошникову.

После назначения состава военного суда от окончательно сломленного Примакова были получены порочащие показания на трёх его будущих судей: Каширина, Дыбенко и Шапошникова. Отлично знавший цену этим показаниям, Сталин не только отложил на год расправу над Дыбенко и Кашириным, но и сохранил жизнь Шапошникову, пользовавшемуся его особым расположением. Шапошников, бывший полковник царской армии, вступивший в партию только в 1930 году, был избран на XVIII съезде ВКП(б) членом ЦК и провёл почти всю войну на посту начальника Генерального штаба.

5 июня Сталин, Молотов, Каганович и Ежов из большой группы арестованных военачальников отобрали восемь подсудимых будущего процесса, вслед за чем заведённые на этих лиц индивидуальные следственные дела были объединены в одно групповое дело.