Состав подсудимых был подобран таким образом, чтобы процесс внёс свою лепту в создание атмосферы недоверия к «инородцам», насаждавшейся в те годы Сталиным. Уборевич и Путна были литовцами, Якир, Гамарник (названный в приговоре суда участником заговора) и Фельдман — евреями, Корк — эстонцем, Эйдеман — латышом.
О ходе скоропалительного следствия над главными подсудимыми опубликовано сравнительно мало данных. Известно, например, что Якир 7 июня направил Ежову письмо, в котором сообщал о фальсификации ряда дел на Украине, когда материалы «готовились по следующему принципу: мало пяти последних сводок и показаний — пошлём ещё пять, а их окажется мало — ещё добавим. Говорилось это тогда, когда неизвестно было: будут ли ещё и откуда такие сводки» [1027].
Наиболее загадочным выглядит поведение на следствии Тухачевского, который был арестован 22 мая, привезён в Москву 24 мая и впервые допрошен 25 мая. На следующий день после первого допроса он написал заявление Ежову, в котором признавал существование «военно-троцкистского заговора» и обещал «самостоятельно изложить следствию всё, касающееся заговора, не утаивая никого из его участников, ни одного факта и документа». «Основание заговора,— писал Тухачевский,— относится к 1932 году. Участие в нём принимали: Фельдман, Алафузо, Примаков, Путна и др., о чём я подробно покажу дополнительно» [1028].
Через несколько дней после этого Тухачевский направил Сталину письмо, озаглавленное «План поражения». Анализ содержания этого документа полностью исключает предположение, что он был продиктован Тухачевскому следователями. Документ обнаруживает глубокую осведомлённость автора в международной политической обстановке того времени, высокий профессионализм и эрудицию в военных вопросах. Он написан языком военно-научной литературы, заведомо недоступным для некомпетентных следователей НКВД. Письмо, выдержанное в спокойном, деловом тоне, включает многочисленные ссылки на германских военных теоретиков и на опыт предшествующих войн. Основные соображения письма пояснялись приложенными к нему картами.
Из содержания письма видно, что к моменту его написания Тухачевский был ознакомлен с показаниями других военачальников о «вредительской деятельности» в армии. Однако встречавшиеся в нём отдельные фрагменты о «вредительстве» (без которых, следователи, очевидно, не соглашались на передачу письма по назначению) изложены таким образом, что фактически дезавуируют показания других обвиняемых.
В начале письма Тухачевский указывал, что «центр антисоветского военно-троцкистского заговора тщательно изучил материалы и источники, могущие ответить на вопрос: каковы оперативные планы Гитлера, имеющие целью обеспечение господства германского фашизма в Европе» [1029]. Всё дальнейшее содержание письма включает тщательный анализ возможных направлений военных действий Германии против СССР и стратегических операций, которые могут возникнуть на первых этапах войны.
Тухачевский считал «совершенно фантастическим», что Гитлер поставит перед собой задачу полного разгрома СССР с походом на Москву. Он утверждал, что Гитлер сможет преследовать в войне с Советским Союзом лишь ограниченные цели, надеясь в самом удачном для себя случае лишь на отторжение от СССР отдельных территорий. Такие соображения соответствовали реальному соотношению советских и германских вооружённых сил в то время, намного более благоприятному для СССР, чем в 1941 году, когда военные и экономические ресурсы Германии значительно возросли, а Красная Армия была предельно обескровлена предшествующими чистками.
Исходя из тогдашней политической обстановки, Тухачевский полагал, что Германия сможет выступить в военно-политическом союзе с Польшей и что она до нападения до СССР попытается захватить Чехословакию. Считая возможным осуществление такого захвата в ближайшее время и в кратчайшие сроки, Тухачевский подчёркивал: «Не исключена такая обстановка в Европе, когда ни одна из сторон не сможет вовремя поддержать Чехословакию против Германии… Франция может оказаться к началу войны в таком состоянии, что не сможет выполнить своих договорных обязательств и не выступит против Германии» [1030].
Подробно анализируя возможные театры военных действий Германии против СССР с экономической точки зрения, Тухачевский приходил к выводу, что наиболее вероятно направление гитлеровского военного удара на Украину. Нелишне заметить, что этот вывод, соответствующий расстановке сил в 1937 году, Сталин механически перенёс на оценку военно-стратегической ситуации, сложившейся в 1941 году. В результате этого к моменту начала войны Западный фронт по оснащенности личным составом и техникой уступал Юго-Западному и Южному фронтам. Лишь 27 июня 1941 года маршалу Шапошникову на основе анализа захваченных нашими войсками немецких документов, свидетельствующих, что на Западном направлении действуют две из четырёх танковых групп вермахта, удалось убедить Сталина: мнение о нанесении главного удара гитлеровских войск на юго-западном направлении является грубым стратегическим просчётом [1031].
Рассматривая различные варианты отпора Красной Армии совместному выступлению Германии и Польши, Тухачевский раскрывал выгоды и уязвимые стороны каждого варианта. При этом он указывал, что Советский Союз обладает превосходством над возможными агрессорами в авиации и коннице (последнее преимущество являлось, по его мнению, иллюзорным, так как конница будет нести очень тяжёлые потери от авиации противника). Наряду с этим, Тухачевский отмечал слабость артиллерийского, танкового и пулемётного резерва Главного командования Красной Армии и отсутствие у Красной Армии мотодивизий и крупных автомобильных соединений. Главную опасность он усматривал в том, что оперативный план генштаба построен так, как если бы ожидалась война с одной Польшей. Называя возможное количество дивизий, которые будут выставлены Германией и Польшей, вместе взятыми, он критиковал оперативный план за то, что в нём предполагается выставить значительно меньшее число дивизий, и указывал, сколько требуется дивизий для активного отпора агрессорам. Описывая условия, при которых Красная Армия «может потерпеть серьёзное поражение в первых операциях», Тухачевский вновь обращался к просчётам авторов оперативного плана, в котором действия Белорусского фронта не были обеспечены необходимыми силами и средствами. Вследствие этого, по его словам, «поражение не исключено даже без наличия какого бы то ни было вредительства». Для того, чтобы подчеркнуть уязвимые стороны оперативного плана, одобренного Политбюро, Тухачевский заявлял, что «вредительские мероприятия», разработанные «центром», сводились к решению «оставить в силе действующий план, который заведомо не был обеспечен необходимыми силами» [1032].
Такой же приём Тухачевский использовал и при упоминании об учёте «заговорщиками» пораженческих директив Троцкого и «указаний генерала Рунштедта». Он фактически показывал, что в своей деятельности он пытался свести на нет последствия этих мнимых «директив» и «указаний». В этой связи он ссылался на то, что во время стратегической военной игры в апреле 1936 года он предложил Якиру «облегчить немцам работу путём диверсионно-вредительской сдачи Леплевского укреплённого района» (такая акция, согласно показаниям других обвиняемых, входила в планы «заговорщиков»), а Уборевичу (выступавшему от «немцев») — «иметь в своих железнодорожных частях диверсионные группы подрывников». Вслед за этим Тухачевский переходил к изложению того, что следует делать, чтобы свести к минимуму последствия возможного подрыва противником железнодорожных мостов [1033].
Для усиления давления на обвиняемых Сталин приказал провести их очные ставки в присутствии членов Политбюро (скорее всего, всё тех же Молотова, Ворошилова и Кагановича). Эти очные ставки, по-видимому, были призваны убедить будущих подсудимых в бесполезности отвержения обвинений на суде. Как рассказал на допросе в 1938 году бывший начальник охраны НКВД Дагин, «об очных ставках заранее предупреждали всех следователей, которые не переставали „накачивать“ арестованных вплоть до самого момента очной ставки. Больше всех волновался всегда Ежов, он вызывал к себе следователей, выяснял, не сдадут ли арестованные на очной ставке, интересовался не существом самого дела, а только тем, чтобы следствие не ударило лицом в грязь в присутствии членов Политбюро, а арестованные не отказались бы от своих показаний… Накануне очных ставок срочно заготовлялись новые протоколы, подкреплявшие те показания, которые должны были дать арестованные на самой очной ставке» [1034].