В начале мая Сталин провёл через Политбюро решение о ликвидации единоначалия в Красной Армии, учреждении Военных советов (в составе командующего и двух членов Совета) в округах, флотах, армиях и института военных комиссаров во всех воинских частях, начиная с полка и выше. Данная мера лишала командиров всех рангов права принимать решения и отдавать приказы без санкции Военных советов или политработников.

До этого Военные советы и комиссары существовали лишь в годы гражданской войны, когда они были созданы для обеспечения контроля коммунистов за деятельностью командного состава, в значительной части состоявшего из бывших офицеров царской армии. В 1937 году члены партии составляли 90 % командного состава. Комментируя возрождение в армии двоевластия, Троцкий писал: «Военные советы 1937 года имеют задачей помочь олигархии, поднявшейся над революционным классом, оградить узурпированную ею власть от покушений со стороны её собственных маршалов и генералов» [1001].

6 мая был арестован бывший начальник Управления ПВО Медведев, исключённый в 1934 году из партии и работавший перед арестом заместителем начальника строительства больницы. Его арест, как сообщил в 1939 году следователь по делу Медведева Радзивиловский [1002], был осуществлён по распоряжению Ежова «с расчётом начать от него раздувание дела о военном заговоре в РККА» [1003].

Согласно показаниям Радзивиловского, заместитель наркома внутренних дел Фриновский потребовал от него «развернуть картину о большом и глубоком заговоре в Красной Армии… с раскрытием которого была бы ясна огромная роль и заслуга Ежова и Фриновского перед лицом ЦК» [1004].

В начале мая начал давать признательные показания Примаков. Это произошло после его вызова на заседание Политбюро, где, по его словам, он «продолжал запираться и всячески уменьшать свою вину». Тогда Сталин заявил: «Примаков — трус, запираться в таком деле — трусость». После этого Примаков написал заявление Ежову, в котором заявил о готовности дать показания о своей «троцкистской работе». Вначале он ограничился признанием своих преступных «связей» с уже арестованными Шмидтом и Путной и расстрелянными Мрачковским и Дрейцером. 14 мая Примаков назвал в качестве «соучастника» Якира, которого «троцкистская организация» якобы намечала на пост наркома обороны. Спустя ещё неделю Примаков дал показания о том, что во главе заговора стоял Тухачевский, который был связан с Троцким. На том же допросе Примаков назвал имена ещё 40 видных военных работников, принимавших участие в «военно-троцкистском заговоре» [1005].

Как явствует из материалов следственного дела Примакова, в мае — июне 1937 года он, наряду с фантастическими сведениями о «фашистском заговоре», сообщил на следствии о действительных настроениях многих командиров, связанных с недовольством, во-первых, насильственной коллективизацией и её последствиями (уничтожение скота, разорение деревни, отсутствие «хозяйской руки» в крестьянском хозяйстве) и, во-вторых, деятельностью Ворошилова в армии. Так, по словам Примакова, комкор Н. В. Куйбышев говорил: «Ворошилову нужны либо холуи, вроде Хмельницкого, либо дураки, вроде Кулика, либо на всё согласные старики-исполнители, вроде Шапошникова» [1006].

В эти же дни были получены показания Путны о передаче им в 1935 году Тухачевскому письма от Троцкого, после чего Тухачевский якобы сказал Путне, что «Троцкий может на него рассчитывать». Путна назвал большое число участников «военной троцкистской организации», которые немедленно были арестованы. В их числе находились будущие подсудимые процесса генералов Эйдеман, Фельдман и Корк. Двое последних, по-видимому, проявили наибольшую готовность к сотрудничеству со следствием и судом. Об этом свидетельствует тот факт, что их выступления на процессе заняли соответственно 12 и 20 листов стенограммы, тогда как допросы остальных подсудимых проходили в вопросно-ответной форме [1007].

14 мая было принято постановление Политбюро о снятии Корка с его поста (без обозначения мотивов этого решения), а 15 мая — отменено принятое месяцем раньше постановление о назначении Фельдмана заместителем командующего войсками Московского военного округа. 20 мая было отменено назначение на новый пост Якира, Уборевич был переведён на пост командующего войсками Среднеазиатского военного округа, а Гамарник — на пост члена Военного совета того же округа. 22 мая Эйдеман был освобождён от обязанностей председателя Осоавиахима. В тот же день из состава Военного Совета при наркоме обороны было выведено 8 человек (в том числе Корк и Фельдман) в связи с их увольнением из РККА или же с освобождением от занимаемых должностей. Решение об исключении из Военного Совета ещё пяти человек, в том числе Тухачевского и Эйдемана, было принято после их ареста — 26 мая. 3 июня такое же решение было принято в отношении ещё пяти арестованных, в том числе Якира и Уборевича [1008].

После получения протоколов допросов Корка и Фельдмана о подготовке военного переворота Сталин, Молотов, Каганович и Ворошилов (только этих трёх членов Политбюро Сталин допускал к ознакомлению с материалами следствия) дали санкцию на арест Тухачевского, который произошёл 22 мая.

О последних днях пребывания Тухачевского на свободе рассказывается в воспоминаниях генерал-лейтенанта П. А. Ермолина, который встретил Тухачевского на партийной конференции Приволжского военного округа. «Чувствовалось, что Михаилу Николаевичу не по себе,— вспоминал Ермолин.— Сидя неподалеку от него за столом президиума, я украдкой приглядывался к нему. Виски поседели, глаза припухли. Иногда он опускал веки, словно от растущего света. Голова опущена, пальцы непроизвольно перебирают карандаши, лежащие на скатерти. Мне доводилось наблюдать Тухачевского в различных обстоятельствах… но таким я не видел его никогда» [1009].

На следующий день утром Тухачевский снова появился в президиуме конференции. На вечернем заседании, где он должен был выступать, он уже не присутствовал.

24 мая было принято постановление Политбюро о «заговоре в РККА». В нём упоминалось о послании Бенеша Сталину и указывалось, что заговорщики планировали «во взаимодействии с германским генеральным штабом и гестапо в результате военного переворота свергнуть Сталина и советское правительство, а также все органы партии и советской власти, установить… военную диктатуру» [1010].

Политбюро постановило вынести на голосование членов и кандидатов в члены ЦК предложение об исключении из партии Тухачевского и Рудзутака и передаче их дел в НКВД. Это предложение мотивировалось тем, что ЦК «получил данные, изобличающие члена ЦК ВКП Рудзутака и кандидата в члены ЦК ВКП Тухачевского в участии в антисоветском троцкистско-правом заговорщическом блоке и шпионской работе против СССР в пользу фашистской Германии» [1011]. Соответствующее решение было оформлено опросом членов и кандидатов в члены ЦК 25—26 мая. Особую рьяность при голосовании проявил Будённый, сделавший на своём бланке надпись: «Безусловно „за“. Нужно этих мерзавцев казнить» [1012].

28 мая был арестован Якир, а 29 мая — Уборевич. Решение ЦК об их исключении из партии было принято также после их ареста — 30 мая — 1 июня. В этом решении Якир и Уборевич обвинялись «в участии в военно-фашистском троцкистско-правом заговоре» и в шпионской деятельности в пользу уже не только Германии, но также Японии и Польши [1013].

В ходе расследований, проведённых в середине 50-х — начале 60-х годов, лица, участвовавшие в подготовке процесса генералов, сообщили, что к военачальникам применялись «зверские, жестокие методы допроса». О том же говорили следователи, арестованные в 1938 году. Так, например, Ушаков после применения к нему тех же методов, какие он применял к генералам, заявил: «Мне самому приходилось в Лефортовской (и не только там) бить врагов партии и Советской власти, но у меня не было никогда такого представления об испытываемых избиваемым муках и чувствах» [1014]. Тот же Ушаков сообщил: «Фельдман Б. М. у меня сознался в участии в антисоветском военном заговоре… 25 мая мне дали допрашивать Тухачевского, который сознался 26-го, а 30 я получил Якира. Ведя один, без помощников (или „напарников“), эту тройку и имея указание, что через несколько дней дело должно быть закончено для слушания, я, почти не ложась спать, вытаскивал от них побольше фактов, побольше заговорщиков. Даже в день процесса, рано утром, я отобрал от Тухачевского дополнительное показание об Апанасенко и некоторых др.». Среди «других» значился, например, Тимошенко [1015].