Тем временем система обороны Севастополя постепенно распадалась. Днем 30–го июня был свернут командный пункт ПВО Черноморского флота. Оборудование двух радиолокационных станций РУС–2 было сброшено в море у мыса Фиолент. К вечеру все исправные самолеты СОРа (6 Як–1, 7 Ил–2, 1 И–15бис, 2 И–153, 1 ЛаГГ–3) перелетели с Херсонесского аэродрома в Анапу.

Покидание командующим обреченного гарнизона является сложной морально-этической проблемой. В истории войны мы можем найти немало примеров, когда командующие армиями и фронтами оставались со своими войсками и разделяли судьбу своих подчиненных. Так поступали И.Н. Музыченко, П.Г. Понеделин, М.П. Кирпонос, М.И. Потапов, М.Ф. Лукин, М.Г. Ефремов. Однако следует заметить, что любой командующий армией или фронтом не является хозяином своей судьбы. Он является высококвалифицированным госслужащим, за обучение которого страна платит большие деньги, а иногда — человеческие жизни. С этой точки зрения И.Е. Петров был обязан сесть в подводную лодку и уйти из Севастополя. Как справедливо заметил процитированный выше И.В. Сталин, «у нас нет в резерве Гинденбургов». Если бы И.Е. Петров остался в Севастополе и попал бы в плен или погиб, то во главе 2–го Белорусского и 4–го Украинского фронтов в 1944 г. пришлось бы поставить кого-либо другого, в частности показавшего себя «не — Гинденбургом» Д.Т. Козлова.

Однако не следует думать, что в последние дни и часы обороны Севастополя имело место некое тайное бегство с переодеванием. Процесс эвакуации проходил публично, на глазах сотен людей, и собственно получение посадочного талона в самолет не гарантировало спасения. Вечером 30 июня на аэродроме Херсонес стали приземляться транспортные ПС–84 («Дугласы»). На аэродроме к тому моменту находилась масса неорганизованных солдат и командиров с оружием и без него. Самолеты брали штурмом, часто оттесняя тех, для кого они предназначались. Всего 30 июня вылетели 13 ПС–84, которые вывезли 232 человека и 349 кг важного груза. На 14–м самолете вылетел адмирал Ф.С. Октябрьский.

Посадка на подводные лодки Л–23 и Щ–209 командования Приморской армии, штабов СОРа и армии проходила более организованно, но также не обошлась без эксцессов. Из толпы прозвучали не только ругательства в адрес командования, но и автоматная очередь, попавшая в шедшего перед И.Е. Петровым начальника отдела укомплектования Приморской армии. Не выдержав взгляда сотен людей, начальник штаба береговой обороны И.Ф. Кобалюк вернулся назад и передал, что никуда не пойдет и погибнет вместе с батареей. Подводная лодка Щ–209 приняла на борт 63 человека из состава Военного совета Приморской армии и штаба армии и в 2.59 вышла в Новороссийск. Утром вышла в Новороссийск подводная лодка Л–23, имея на борту 117 человек руководящего состава СОРа и города. Эвакуация командования произвела тяжелое впечатление на оставшихся защитников Севастополя. Люди почувствовали себя не только обреченными, но и преданными. Впереди их ждали смерть или плен.

Страшнее всего была судьба раненых. По данным послевоенного отчета по обороне Севастополя, потери ранеными с 21 мая по 3 июля составили 55 289 человек. Эвакуировано за тот же период было 18 734 человека. Таким образом, в городе находилось более 35 тысяч раненых. Те, кто мог передвигаться самостоятельно, собрались вечером 30 июня в бухтах Камышовой и Казачьей в тщетной надежде на эвакуацию.

Самолеты и подводные лодки были, разумеется, самым надежным средством эвакуации. Но помимо них вывозом людей занимались тральщики, сторожевые корабли и торпедные катера. Попытка эвакуировать этими средствами 2000 человек командного состава армии и флота в ночь на 2 июля в целом провалилась: на подошедшие к берегу корабли попали те, кто смог до них добраться. На Кавказ в итоге прибыли 559 человек комсостава и 1116 человек младшего начсостава и рядовых. Также в ночь на 2 июля 1942 года была подорвана 35–я батарея. Первая башня была взорвана в 0.35, вторая в 1.13 ночи.

Предоставленные себе люди искали выход из создавшегося положения самостоятельно. В ход шли рыбацкие лодки, катера, импровизированные плоты из покрышек и кузовов машин и другие плавсредства. Среди неисправных кораблей в Стрелецкой бухте был обнаружен буксир «Таймыр» с исправными двигателями. На буксир были установлены два пулемета ДШК, и он прорвался на Кавказ. На сбор людей с плотов из Новороссийска до 5–7 июля выходили сторожевые корабли.

На море советские корабли и плоты поджидали удары с воздуха и торпедные катера немцев. Уже в море 2 июля 1942 г. «Шнельботами» были перехвачены сторожевики СКА–0112 и СКА–0124. Их экипажи и эвакуировавшиеся на борту солдаты и командиры попали в плен. Часть защитников Севастополя прорвалась в горы и присоединилась к партизанам. Последний командующий обороны Севастополя генерал П.Г. Новиков был взят в плен и погиб в 1944 г. в лагере Флессенбург.

4 июля 1942 г. разыгрался последний акт севастопольской драмы: после артиллерийской подготовки на мыс Херсонес ворвались поддержанные танками немецкие пехотинцы, и началось массовое пленение оставшихся в живых защитников Севастополя. К 14.15 основная масса наших бойцов и командиров была пленена. Город оборонялся 250 дней и ночей.

Штурм Севастополя Э. фон Манштейном показал, что статичная оборона не может служить надежной защитой от подготовленной армии XX столетия. Поставленная Гитлером в директиве ОКВ № 41 задача захвата Севастополя была решена «в лоб» концентрацией против города-крепости крупной массы артиллерии с соответствующими запасами боеприпасов. Шквал артиллерийских снарядов постепенно разрушил систему обороны Приморской армии. О мощи артиллерийского огня свидетельствует такой факт: 22–й артиллерийский полк 22–й пехотной дивизии 29 июня выпустил свой стотысячный снаряд за время штурма. Сыграли определенную роль доставленные под Севастополь немецкие орудия-монстры. Несколькими прямыми попаданиями из 600–мм мортир была, в конце концов, выведена из строя батарея № 30 в 4–м секторе обороны.

Помимо тяжелых орудий навесного огня были широко использованы зенитные орудия, прежде всего 88–мм калибра. Показательный факт: на дюжину 88–мм зениток боевой группой зенитной артиллерии в ходе июньского сражения за Севастополь было израсходовано 18 тыс. гранат с дистанционной трубкой, 27 тыс. с ударным взрывателем и 3500 бронебойных снарядов. Для сравнения: 20–мм снарядов из зенитных автоматов (!!!) той же группой было израсходовано 21 500 штук. Под такими ударами Севастополь в итоге пал, несмотря на то что в январе-мае получил в качестве усиления две свежие стрелковые дивизии, стрелковую бригаду, а в ходе штурма были доставлены кораблями еще две стрелковые бригады с вооружением и боеприпасами. Единственное, что могло дать мастерство обороняющегося, — это увеличение сроков взлома обороны крепости. Упорная оборона Севастополя не позволяла немцам начать раньше запланированное еще в апреле наступление на Волгу и Кавказ.

Немцами было заявлено о захвате 97 тыс. пленных, 631 неисправного орудия и 26 танков. Собственные потери в ходе штурма города составили 4337 человек убитыми, 1591 пропавшими без вести и 18 183 человека ранеными. Согласно советским данным, потери Приморской армии с 1 января 1942 г. до падения Севастополя составили 5139 человек убитыми, 62 871 пропавшими без вести (в данном случае это автоматически означает плен; в это же число попали оставшиеся в Севастополе раненые) и 1108 человек небоевых потерь. Об учтенных санитарных потерях было сказано выше.

Много споров вызывает вопрос эвакуации Приморской армии. Объективно предпосылки для принятия решения об эвакуации сложились примерно к 20 июня. Однако к тому моменту VIII авиакорпус Рихтгоффена настолько плотно контролировал подходы к Севастополю, что эвакуация неизбежно превратилась бы в избиение кораблей всех классов и размеров. В отличие от операции «Динамо» (эвакуации союзников из Дюнкерка в 1940 г.), эвакуируемый Севастополь отделяло от Новороссийска значительное расстояние. Это расстояние было невозможно покрыть на мелких судах, как это часто делалось в ходе эвакуации из Дюнкерка. Также вследствие больших расстояний было невозможно прикрыть с воздуха истребителями боевые и транспортные корабли у Севастополя. Флот и армия также не располагали достаточным количеством транспортных самолетов для эвакуации по воздуху. Все это привело к тому, что после разрушения системы обороны города защитники Севастополя были обречены на гибель и плен.