В результате столь интенсивных "артиллерийских упражнений" стволы 203-мм орудий оказались сильно расстреляными, и в начале декабря тяжелый крейсер вновь отправился на завод для замены лейнеров. Казалось, представился удобный случай и для усиления его зенитного вооружения, однако работы велись медленно, как из-за постоянных авианалетов, так и вследствие недостатка рабочей силы. Только в конце января 1945 года «Принц» вновь приобрел достаточную для выхода в море боеспособность. Теперь его задачи, как и задачи всего 2-го боевого соединения, оказались совсем простыми: прикрыть линии массового отхода всевозможных судов из отрезанной советскими войсками Восточной Пруссии и по возможности — поддержать свои сухопутные войска.

В полночь на 29 января 1945 года отряд вице-адмирала Тиле, «усохший» до «Ойгена», одного эсминца — Z-25 и одного миноносца — Т-33, покинул Готенхафен. О дальних походах уже не было никакой речи; уже спустя 8,5 часов он находился на исходной позиции. 203-мм орудия тяжелого крейсера открыли огонь — впервые по территории Германии в районе Данцига. В течение последующих 10 часов он и другие корабли 2-й боевой группы вели стрельбу по различным целям в соответствии с заявками войск.

На ночь они отошли к полуострову Хела, а с 8.00 30 января вновь продолжили обстрел, прервать который пришлось около полудня в связи с плохой видимостью. За два дня «Ойген» выпустил 850 снарядов главного калибра. На третий день огонь корректировал корабельный «Арадо». Последний день января стал последним днем операции для «Принца». Он израсходовал большую часть своего боезапаса, пополнять который становилось все труднее и труднее, поскольку производство восьмидюймовых снарядов прекратилось еще в 1942 году. Только в марте он снова открыл огонь по своей территории. Советская Армия подошла уже близко к Готенхафену, и крейсеру пришлось обстреливать предместья своей базы, а также окрестности Данцига. Германский укрепрайон был обречен: 30 марта «Ойген» прикрывал отход последних судов с эвакуирующимися из Оксхёфта. Условия становились все более неблагоприятными: советская авиация практически каждый день, а иногда и по несколько раз на дню атаковала немецкие корабли. Хотя прямых попаданий бомб в тяжелые корабли не было, прислуга легких зениток несла потери от пушечно-пулеметного обстрела. 1 апреля «Ойген» получил несколько самолетных НУРСов, потеряв 9 человек убитыми. К вечеру 4 апреля количество израсходованных снарядов главного калибра всего за месяц достигло 4871, и оставалось их не более 40. 105-мм зенитки также выпустили по берегу свыше 2,5 тысяч снарядов. Карьера самой большой «канонерки» Балтики подошла к концу. Двигаясь небольшими переходами, «Принц» достиг 20 апреля Копенгагена вместе с «Нюрнбергом». Они оставались теперь самыми крупными из боеспособных германских кораблей.

Капитуляция застала "Принц Ойген" в столице Дании. 8 мая на обоих крейсерах состоялась церемония спуска флага Третьего рейха, и они поступили в распоряжение британского Королевского флота. После сдачи на берег остатка боезапаса их отправили в конвое английских крейсеров «Девоншир» и «Дидо» в Вильгельмсхафен, куда те и прибыли 26 мая 1945 года. «Принц» ввели в большой плавучий док, хотя никаких работ уже не предусматривалось. 2 июня после парадной церемонии с участием командира на берег проследовала большая часть команды, однако сам капитан цур зее Ганс-Юрген Рейнеке остался на борту. Его служба еще не окончилась, хотя роль изменилась кардинально. Боевой командир стал своего рода экскурсоводом для многочисленных офицеров высоких рангов из состава флотов Англии и США, в особенности из технических служб.

"Принц" как единственный сохранившийся в практически боеспособном состоянии тяжелый корабль германского флота, тем более, хронологически последний и технически весьма интересный, стал предметом повышенного интересов всех союзных стран. СССР претендовал на него, как на «свой» — ведь в 1939 году велись переговоры о продаже крейсера Советскому Союзу. Плюс к тому, по мнению Сталина, передача «Ойгена» послужила бы частичной компенсацией за тот ущерб, который он нанес своими орудиями советским войскам за последние годы войны. Однако и англичане говорили о «компенсации» — за «Худ», потопленный с участием «Ойгена». США пусть и не имели «боевых» претензий, тем не менее, проявляли повышенный интерес к механической установке тяжелого крейсера: ведь германская техника с использованием пара высоких параметров являлась единственным конкурентом американской. Как известно, остатки германского флота разделили на 3 примерно равные части и распределили их по жребию.

В результате «Принц» попал в «набор», отходящий к Соединенным Штатам. 14 декабря 1945 года его перевели в Бремерхафен, являвшийся небольшим американским анклавом в британской зоне оккупации Германии. В принципе, его, как и другие большие корабли, предполагалось отдать на слом или затопить на большой глубине до 15 августа 1946 года.

Однако пока американцы имели на тяжелый крейсер другие виды. 5 января 1946 года он официально поступил в состав флота США, хотя не как боевой корабль, а в качестве "испытательного судна IX-300". Любопытно, что одновременно сохранялось и его имя "Принц Ойген". В командование «Ойгеном» вступил последний его командир, капитан 1 ранга флота США А. Граубарт, по иронии судьбы, происходивший из семьи немецких эмигрантов. При этом Г.-Ю. Рейнеке все еще оставался на борту некогда своего корабля. В состав команды входило 134 немецких моряков, а также 11 американских офицеров и 275 матросов, специально прибывших для приемки корабля. Предполагалось перегнать крейсер в Соединенные Штаты своим ходом.

13 января «Принц» вышел в Бостон, куда и прибыл спустя 10 дней. Затем полтора месяца специалисты и инженеры обследовали и изучали крейсер, составив подробное его описание и сделав огромное количество фотографий. На берег свезли все артиллерийское, радарное и гидроакустическое оборудование, а также 2 орудия главного калибра из носовой башни, две спаренных 105-мм установки и несколько легких зениток. После завершения обследования 11 февраля он отправился в Панамский канал, куда и прибыл 15 февраля. Самое протяженное путешествие «Ойгена» завершилось 24 марта в базе американских ВМС Сан-Диего на тихоокеанском побережье. На переходе в дело неоднократно вводилась гидропеленгационная аппаратура, привлекшая значительное внимание новых хозяев. Впереди ему предстоял последний путь: как и многие трофейные японские корабли и устаревшие собственные, американцы предполагали использовать этот образчик германской военной техники при испытаниях атомного оружия.

Предварительно крейсер поставили в док, поскольку ему предстояло пересечь Тихий океан. 1 мая борт "Принца Ойгена" покинул наконец Г. Ю. Райнике и последние немецкие моряки, а 11 мая он своим ходом вышел в Пёрл-Харбор. Там он вместе с американскими тяжелыми крейсерами «Пенсакола» и «Солт-Лейк-Сити» составил 23-ю дивизию крейсеров — отряд, которому предстояло испытать действие самого страшного оружия XX века.

3 июня IX-300 вышел в свой последний переход — на атолл Бикини.

Бывший крейсер на всякий случай сопровождал большой океанский буксир «Сиу», который, впрочем, практически не понадобился. 9 июня оба корабля прибыли на атолл, благополучно преодолев 2100 миль пути.

По диспозиции первого испытания (надводный взрыв ядерной бомбы, сброшенной с самолета; условное обозначение "Эйбл"), состоявшегося 1 июля 1946 года, германский тяжелый крейсер находился в 8—10 кабельтовых от эпицентра. Его повреждения оказались незначительными, только с борта, обращенного к взрыву, ударной волной полностью содрало краску. Второй, подводный взрыв ("Бейкер") нанес более существенный ущерб. Часть листов обшивки оказалась вдавленной, и корабль принял некоторое количество воды, но не затонул и не имел никакого крена. Удивленные американцы отбуксировали его на Кваджелейн, предполагая использовать для дальнейших испытаний. Однако к этому времени стальной корпус стал настолько радиоактивным, что его дезактивация в течение нескольких месяцев представлялась невозможной. Многострадальный крейсер вновь поставили в качестве "мальчика для битья" при третьем атомном взрыве ("Чарли"). Хотя и на этот раз он остался на плаву, отсутствие команды и какой-либо борьбы за живучесть привело к постепенному затоплению одного помещения за другим. 21 декабря оставшиеся насосы перестали справляться с поступающей водой, корпус накренился, и иллюминаторы оказались ниже поверхности моря. Американцы попытались спасти корабль, выбросив его на берег острова Карлос, но на следующий день последний из германских тяжелых крейсеров опрокинулся и затонул на рифах о. Кваджелейн, где и остается в настоящее время.