Так же мирно прошла для «Ойгена» первая половина 1944 года. К тому времени отчетливо выявился перелом в войне на суше. Советские войска, в частности, усилили нажим на союзников немцев — финнов в районе Выборг—Койвисто. Поддержки легких сил оказалось явно недостаточно, и командование Кригсмарине решило использовать для обстрела берега самый боеспособный из находящихся на Балтике тяжелых кораблей. 19 июня 1944 года в Готенхафене на борт «Принца» поднялся командующий вновь сформированной 2-й боевой группы вице-адмирал Тиле и его штаб. Рано утром следующего дня крейсер в сопровождении двух миноносцев и сторожевого корабля направился на восток. Ситуация в районе Койвисто становилась все более тяжелой, но Тиле считал неразумным использовать «Ойген» без достаточного зенитного и противолодочного прикрытия, и отряд крейсировал в восточной Балтике в течение нескольких дней. 25 июня к нему присоединился «Лютцов», 3 эсминца и 3 миноносца. Колебания командования продолжались; после высадки советского десанта ситуация на берегу стала настолько неясной, что оказалось трудно найти достойные и легко распознаваемые цели для 8-дюймовок. 27-го "Принц Ойген" отправился обратно в Готенхафен.
Между тем обстановка для немцев становилась все более тяжелой и на южном берегу Финского залива. В конце июля войска 1-го Прибалтийского фронта генерала Баграмяна отрезали часть германских сил в Риге и западной Эстонии. В попытке восстановить разорванные коммуникации немцы вновь решили применить тяжелую артиллерию кораблей. Утром 19 июля «Ойген» вышел в море в сопровождении 2-й флотилии миноносцев. В Ирбенском проливе к нему присоединились еще 4 эсминца, и вечером отряд вошел в Рижский залив. Его целью был город Туккумс, находившийся вблизи от побережья и являвшийся важным транспортным центром. «Ойген» поднял в воздух все 3 гидросамолета, и в утреннем тумане 20 июля открыл огонь из орудий главного калибра. Всего за этот день он выполнил три заявки армии, выпустив 265 снарядов. По немецкой версии, он привел к молчанию советскую армейскую батарею к северу от Туккумса. Вице-адмирал Тиле, командовавший операцией, решил прервать поддержку войск ввиду неясной обстановки и отсутствия дальнейших запросов о поддержке с суши. На следующий день крейсер вернулся в Готенхафен.
Вновь ему пришлось посетить восточную Балтику в сентябре. На сей раз предусматривалась комбинированная операция в духе действий немцев против своих бывших союзников. Пользуясь расстроенным состоянием дел капитулировавших итальянцев, германские силы захватили в 1943 году ряд островов в Эгейском море, создав на них сильный укрепрайон и значительно осложнив жизнь союзникам. Теперь настала очередь финнов. После их выхода из войны в начале сентября 1944 года Гитлер отдал приказ занять остров Гогланд — ключевую позицию в Финском заливе, «сменив» финский гарнизон. «Ойген» огнем своих 203-мм орудий должен был в случае необходимости поддержать высадку.
Вечером 12 сентября 2-я боевая группа в составе «Ойгена» (под флагом вице-адмирала Тиле), «Лютцова» и 6-й флотилии эсминцев вышла в море в сопровождении 4 миноносцев. Осторожный адмирал приказал не пересекать 22-й меридиан, оставаясь к западу от него. Это означало, что отряд останется в 200 милях от места действия и не сможет быстро среагировать в случае необходимости. Обеспечение действий осуществлял танкер "Лиза Эссбергер", обосновавшийся между островами Эзель и Даго. Вторжение намечалось на раннее утро 15 сентября, и 14-го отряд Тиле начал выдвижение в Финский залив. Однако с суши поступали неутешительные сообщения: финны оказали серьезное сопротивление, а десант попал под непрерывные атаки советской авиации. Она обнаружила также и отряд «Ойгена», и в ожидании нападения крейсер взял курс на Моонзунд, отправив миноносцы к северу от островов. Весь день 16 сентября «Принц» простоял на якоре в заливе Тагалахт, тогда как искавшие его самолеты обрушили удары на бывший эскорт. На следующий день он отправился обратно в Готенхафен, как обычно избежав неприятностей и еще раз подтвердив репутацию счастливого корабля, но и сам не нанес противнику никакого ущерба.
Но уже 21 сентября ему снова пришлось выйти к финским берегам. Ставки в этот раз повысились: необходимо было прикрыть вывод немецких войск из Финляндии, отошедших к Кеми и погруженных там на транспорты. Задача тяжелых кораблей 2-й боевой группы состояла в борьбе с береговыми батареями на Аландских островах — в том случае, если они начнут стрельбу по отходящим судам. Силы Тиле включали «Ойген», "Лютцов", 4 эсминца и 3 миноносца. Утром 23-го они уже вышли в заданную точку, однако вмешательство не понадобилось: все суда и военные корабли из Кеми благополучно миновали финские батареи уже к 10 утра. Боевая группа вернулась в Готенхафен 25 сентября, вновь не сделав ни единого выстрела из тяжелых орудий.
Зато в следующем походе артиллеристам «Ойгена» пришлось потрудиться. Наступающие советские войска достигли Мемеля (Клайпеды), и 2-я боевая группа в полном составе подошла 11 октября к побережью, открыв огонь по наземным целям. С берега ответили полевые батареи, не добившиеся успеха, а с воздуха атаковала авиация. В результате обстрела из бортового оружия крейсер получил легкие повреждения, а персонал зениток понес небольшие потери. За этот и следующий день «Принц» выпустил 633 тяжелых снаряда, получил благодарность от командования дивизии "Великая Германия", но реальный эффект его огня остался неизвестным.
Заправившись и пополнив боезапас, «Ойген» через день вновь стрелял по берегу, выпустив еще 246 203-мм снарядов. Снова он испытывал затруднения с корректировкой, но тем не менее, на следующее утро крейсер вновь находился у берега (на ночь он отходил в открытое море). К нему присоединился «Лютцов». Расход 8-дюймовых снарядов достиг 368 штук; всего было обстреляно 18 целей. Долго не выпускавший ни одного снаряда корабль менее чем за неделю лишился свыше половины всех отпущенных для него снарядов, израсходовав 1196 штук. Пришлось срочно организовать доставку боезапаса из баз западной Германии и даже из Норвегии.
При возвращении домой ночью 15 октября шедший большим ходом в густом тумане «Принц» нашел неожиданную жертву. Легкий крейсер «Лейпциг», только что выпущенный из дока и шедший в Скагеррак для постановки мин против ожидавшегося немцами вторжения союзников через датские проливы, оказался прямо перед носом «Ойгена». Причем в совершенно беспомощном состоянии, поскольку как раз в это время на нем осуществлялась непростая процедура подсоединения главных турбин через редуктор. Как обычно в таких случаях, приказ: "Полный назад!" оказался запоздалым, и «Лейпциг» получил удар форштевнем тяжелого крейсера почти под прямым углом в самую середину корпуса, между мостиком и трубой. Повреждения "Принца Ойгена" оказались на удивление легкими. Правда, не нулевыми: форштевень на всем протяжении от 3 м ниже верхней палубы до киля был смят, форпик до броневой палубы залила вода. Плюс к тому, прибывшие буксиры долго не могли расцепить оба корабля. В конце концов пришлось удерживать «Лейпциг» всеми имеющимися буксирами, тогда как «Ойген» дал полный задний ход и освободил-таки свой нос. «Операция» заняла полдня, но тяжелый крейсер смог без всяких затруднений достичь Готенхафена — в отличие от «Лейпцига», которому понадобилась серьезная помощь.
Необходимый ремонт оценивался сроком в месяц. На борту «Принца» 17 октября собралось много берегового начальства, соображавшего, как поскорее ввести в строй нужный на Востоке корабль. Профессор Буркхардт, автор проекта крейсеров типа «Хиппер», возглавил работы и добился, чтобы срок ремонта был сокращен почти вдвое. 7 ноября крейсер покинул док "Дойче Верке" в Готенхафене, а 19-го уже вышел в море в сопровождении миноносцев Т-13, Т-15, Т-19 и Т-21 для обстрела мыса Сворбе. На следующее утро на Балтике разыгрался настоящий шторм; видимость не превышала 20 кбт при сильном волнении. Только во второй половине суток начался обстрел, в ходе которого «Ойген» сделал 255 выстрелов из орудий главного калибра. На следующий день огонь возобновился. Всего за 20–21 октября было израсходовано 514 203-мм и около 200 105-мм снарядов. Боезапас подходил к концу, и «Принц» отправился в Готенхафен, а его сменил "Адмирал Шеер".
