Главная интрига возникшей острой дискуссии по проблеме озера заключалась в определении его координат. Ф. П. В. Рихтгофен, отдавая дань проведенным исследованиям, отмечал, что исторический Лобнор должен находиться в другом месте, а не там, где его обнаружил русский ученый. При этом он ссылался на указания древних авторов и сведения, почерпнутые из китайских карт и трактатов по географии.

Кроме того, у немца серьезные сомнения вызвало утверждение о наличии в странном озере пресной воды: «Вопреки теоретическим и историческим известиям, мы узнаем от первого европейца, посетившего Лобнор и отличающегося редкой наблюдательностью, что это озеро пресное, а не соленое». Он полагал, что Н. М. Пржевальский описал, видимо, иное озеро, поскольку подлинный Лобнор должен находиться севернее. На его взгляд, река Тарим изменила направление течения, в результате чего один из ее рукавов течет в сторону древнего водоема, а основная вода ушла на юг, где образовала новое озеро.

Путешественник ответил на высказанные замечания публикацией в «Известиях Русского географического общества за 1879 год». В ней он очень деликатно обратил внимание своего оппонента на несовершенство китайских карт, которые «часто грешат крупнейшими ошибками». По его мнению, незаметно никаких протоков, идущих от Тарима на восток и питающих древний Лобнор; местное население ничего не знает о северном озере и не использует в разговоре таких названий, как Тарим и Лобнор. Что же касается минерализации воды, то она становится соленой, уходя в бескрайние солончаки и болота. Позднее сподвижник Н. М. Пржевальского П. К. Козлов утверждал, что вода в озере пресная лишь у устья Тарима, «далее она постепенно засолоняется».

Лобнорская проблема вызвала широкий резонанс в научном мире. К озеру устремились специалисты из европейских стран, в том числе из Англии, России и Швеции. Топографы, сопровождавшие англичанина А. Стейна, определили район древнего Лобнора, который прежде, как выяснилось, занимал значительно большую территорию. В ряде работ была высказана точка зрения, что одной из важнейших причин изменения контуров озера является миграция основного русла Кончедарьи.

В 1923 году эта река неожиданно вернулась в старое русло. В конце XIX века П. К. Козлов поделился своими наблюдениями: «…мы скоро достигли древнего ложа… Кончедарьи. Оно мертво; вид его печальный; уцелевшие берега наполовину низменные, наполовину возвышенные. По всему бывшему течению разбросаны сухие стволы тополей; многие еще продолжают стоять, будучи наполовину занесены песком, залегающим по обоим берегам древнего русла, в виде невысоких (10–15 футов) барханов».

Спустя двадцать с лишним лет картина стремительно поменялась. Вот что писал в 1928 году о том же самом месте в бассейне Кончедарьи другой исследователь: «Мы увидели реку с руслом до 200 шагов ширины, с довольно быстрым течением… Интересно было наблюдать, как новая растительная жизнь пробуждалась в мертвой долине, тишину которой нарушали шум волн, разрушение берегов, падение песчаных дюн в воду, движение сухих тополей… Все это было словно в сказке».

В результате произошедших в 20-е годы XX века природных изменений Тарим уже не нес свои воды на юг, где некогда находился Лобнор Н. М. Пржевальского. В 1930–1931 годах оно превратилось в многокилометровые солончаки с изолированными редкими участками чистой воды, остатками некогда крупного водоема, описанного отечественными путешественниками.

Одновременно возродилось озеро, указанное на китайских картах. Блуждающие реки — Тарим и Кончедарья — с их песчаными и глинистыми отложениями, а также постоянно обрушающимися под воздействием воды берегами в очередной раз напомнили о своей непредсказуемости и изрядно запутали авторитетных исследователей.

Свен Гедин, опиравшийся на данные Н. М. Пржевальского и других специалистов, на свои обширные познания и громадный опыт, в начале прошлого века выдвинул идею цикличной миграции Лобнора («кочующее озеро»). Он полагал, что к изменениям высот в почти совершенно горизонтальной местности «озеро, образующее собой конечный резервуар системы Тарима, относится весьма чутко».

Водоем постепенно мелеет из-за увеличения в нем растительности, а также ила и песка, оседающих на дне. Одновременно идет процесс выветривания сухой поверхности пустыни (швед указывал на северную ее часть), которая с годами «вытачивается… все глубже и глубже». В результате вода в действующем озере как бы переливается через край и течет в более низкие места. Растительный и животный мир, а также «рабочее население с их хижинами передвигаются с водой», озеро пересыхает.

По мнению путешественника, со временем «повторится то же самое в обратную сторону и можно будет определить величину периода». В качестве ориентира, не вызывавшего у него сомнений, он называл 625 год н. э., когда «Лоб-нор находился в северной части пустыни», и был убежден, что «мы через несколько лет найдем озеро на том же месте, где оно находилось по китайским данным и по остроумному теоретическому доказательству Рихтгофена».

Вначале 80-х годов XX века в районе Лобнора интенсивно работали китайские ученые. Они считают, что озеро является самым низким в бассейне Тарима местом, где в теории должны собираться воды всех рек, текущих по территории прилегающей части впадины. При половодье в отдельные годы его площадь превышала 5300 кв. км. Поскольку на протяжении довольно длительного времени река Тарим блуждала в песках и, не доходя до Лобнора, отклонялась на юг, то количество воды в нем постоянно сокращалось.

В 1921 году Тарим вновь повернул на восток и устремился непосредственно в озеро, что позволило ему существенно пополнить свои водные ресурсы и в значительной степени восстановить прежний вид. Вскоре заметно оживилась Кончедарья. К середине века площадь Лобнора резко возросла и достигла 2000 кв. км.

Однако курс на экстенсивное земледелие в верхнем и среднем течении реки, взятый во второй половине 50-х — начале 60-х годов, привел к тому, что Тарим вновь потерялся в песках пустыни Такла-Макан. Аналогичная ситуация возникла и с Кончедарьей, ранее попеременно впадавшей в Тарим и Лобнор. Отрезанное от питавших его водных артерий озеро в итоге пересохло, но всех потрясла скорость, с которой ушла вода. На том месте, где раньше было дно, образовалась твердая корка соли.

Ныне ею покрыто 20 тыс. кв. км низины. Это самый засушливый район Китая. В год здесь выпадает менее 10 мм осадков при испаряемости свыше 3000 мм. Летом температура достигает плюс 50 градусов по Цельсию, а зимой свирепствуют морозы, термометр показывает иногда минус 20 и ниже. В царстве ветра и песка более 80 раз в году поднимаются страшные бури.

Между тем несмотря на сложные природные условия здесь немало животных и растений, хорошо к ним приспособившихся. В районе Лобнора насчитывается свыше 30 видов растений и более 100 видов животных (без учета насекомых). По мнению специалистов, у озера обитает несколько сотен диких двугорбых верблюдов, считавшихся еще 150 лет назад полностью исчезнувшим видом, но обнаруженных и подробно описанных Н. М. Пржевальским.

Версия о блуждающем, или кочующем, озере все-таки не подтвердилась. Результаты полевых исследований и химических анализов показали, что на протяжении 20 тысяч лет в нем всегда сохранялись запасы воды, т. е. предложенная С. Гедином гипотеза о 1500-летнем цикле его миграции не соответствует действительности. В то же время интерес к Лобнору не иссяк. Многие китайцы до сих пор считают его таинственным местом.

Связано это не только с первым в КНР испытанием атомной бомбы 16 октября 1964 года, которое было произведено совсем неподалеку. Дело в том, что в ходе лобнорских экспедиций по совершенно непонятным причинам скончались несколько исследователей, а другие исчезли.