Тимур, пользуясь смутным временем, предпринял несколько походов на Моголистан. Во время одного из таких нашествий, имевшего место, согласно «Матла ас-садайн», в 779/1377–1378 г., войско Тимура во главе с Омар-Шейхом и Хитай-бахадуром вошло в Кашгар. Хизр-Ходжа-оглан и эмир Худайдад, оставив город, ушли. «Эмирзаде Омар-Шейх, — пишет далее Абд ар-Раззак Самарканди, — захватив мать Худайдад могола, Амире-ака, и гаремы эмиров, отправили их в Самарканд, а жителей Кашгара переселили в Андуган». По сведениям Муин ад-Дина Натанзи, Мирак-ага скончалась при дворе Тимура спустя три года после пленения. В 1390 г. Тимур снова отправил войско против Джете, на войну с Камар ад-Дином. Последний бежал на Иртыш, оттуда на север, в страну Тюлес. Как полагает В. В. Бартольд, Камар ад-Дин после этого, вероятно, уже не возвращался в Моголистан.

Хизр-Ходжа и воспользовался этим благоприятным моментом; он, по словам Натанзи, тут же «распростер руку захвата на весь улус, приведя к повиновению непокорных» ( Натанзи, изд., с. 131). Занятый войнами на западе, Тимур не мешал Хизр-Ходжа-хану утвердить свою власть в Моголистане. «Укрепив основы ханства, разрушенные господством эмира Камар ад-Дина и засильем эмира Тимура», Хизр-Ходжа, согласно «Тарих-и Рашиди», предпринял поход против «Кара-Ходжи и Турфана, двух очень важных городов на границе Китая, и принудил их жителей принять ислам, и оба города с тех пор рассматриваются как дар ал-ислам(т. е. как часть мусульманского мира)».

По словам Мирзы Хайдара Дуглата, Хизр-Ходжа-хан пережил эмира Тимура (ум. в феврале 1405 г.). Однако это утверждение автора «Тарих-и Рашиди» никак не согласуется с известиями более ранних и информированных тимуридских источников. Согласно Муин ад-Дину Натанзи, Хизр-Ходжа-хан умер в 799/1396–1397 г. после тридцати лет правления; У Шараф ад-Дина Али Йазди и Абд ар-Раззака Самарканди известие о его смерти помещено в описании событий 802/1399–1400 г. В науке датой смерти Хизр-Ходжа-хана принято считать 1399 г.

В дальнейшем история сложилась таким образом, что все последующие ханы Моголистана и Моголийе были из потомков Хизр-Ходжи, действительного или мнимого сына Туглук-Тимур-хана.

История войн эмира Тимура с владетелями Моголистана изложена в «Очерке истории Семиречья» В. В. Бартольда, в монографии К. А. Пищулиной и книге Беатрис Ф. Мэнз. Тимур предпринял более десяти грабительских походов на Моголистан, но так и не подчинил моголов своей власти. В год смерти Тимура (1405), как и в год начала его правления (1370), крайним пунктом владений чагатаев на северо-востоке оставалась р. Ашпара, а на юго-востоке — Фергана. Правда, в 818/1415–1416 г. Тимуриды захватили Кашгар и утвердились там; но около 838/1434–1435 г. внук эмира Худайдада эмир Саййид-Али отвоевал город у Тимуридов, и Кашгар оставался под властью дуглатских эмиров до 920/1514 г. Более того, к концу правления внука Тимура Улугбека (ум. в октябре 1449 г.) моголы отняли у Тимуридов все области к востоку от Сайрама.

Экспансия моголов в пределы государства Тимуридов была особенно успешной во второй половине XV в. В годы правления Юнус-хана (1462–1487) и его сына Махмуд-хана (1487–1508) во власть моголов перешли Ташкент, Сайрам, Ахси, Шахрухийе, Ура-Тепе, Дизак, Ош и ряд других западнотуркестанских городов и населенных пунктов.

В начале XVI в. государство Тимуридов пало, но пало не под натиском моголов, а в борьбе с узбеками, тюркскими кочевниками, вышедшими из северных степей Дешт-и Кипчака.

Под власть новой династии, династии Шибанидов, во главе с Мухаммадом Шейбани, потомком Шибана (Сыбана), сына Джучи, сына Чингиз-хана, первоначально находились лишь Бухара и Самарканд с округами; но уже при жизни Мухаммада Шейбани (ум. 1510) в состав государства Шибанидов вошли Хорезм и западнотуркестанские владения моголов.

Верховный предводитель моголов Махмуд-хан отправился в Кашгар осенью 1503 г. и с весны 1504 г. поселился в Джетикенте, у восточной границы Ферганы, по дороге к перевалу Ясы, и в течение четырех последующих лет не предпринимал никаких военных действий. Между тем в стране царила междоусобная вражда. Дуглатский эмир Аба Бакр-мирза еще при жизни Юнус-хана (ум. 1487), отца Махмуд-хана, основал в западной части Кашгарии фактически независимое княжество с центром в Яркенде. В 1504 г. Махмуд-хан передал Аксу и восточную часть Моголистана (Карашар, Турфан и т. д.) своему племяннику Мансур-хану, старшему сыну Ахмад-хана; другой сын Ахмад-хана, Халил-султан, действовал в юго-западных районах Семиречья и стоял во главе тянь-шаньских кыргызов. Халил-султан и находившийся вместе с ним его младший брат Саид-султан в то время открыто враждовали со своим дядей, Махмуд-ханом; отряды эмира Аба Бакра дуглата совершали набеги и в район Джетикента, и на владения Мансур-хана, и на владения Халил-султана.

Махмуд-хан, как было сказано выше, был сугубо мирным человеком со склонностью к литературным занятиям и влечением к тихим радостям жизни. Начисто лишенный военных способностей и отличавшийся нерешительным характером, он не смог справиться с натиском внутренних врагов и в 914/1508 г. вместе со своими сыновьями подался в Мавераннахр, рассчитывая на милость и помощь узбекского хана Шейбани. Встреча двух ханов состоялась на берегу Сырдарьи, у Ходжента. На обращение Махмуд-хана Шейбани сказал: «Однажды я проявил благородство по отношению к вам, повторное милосердие может статься причиной гибели моего царства!». Сказав так, Шейбан-хан приказал своим нукерам предать смерти Махмуд-хана вместе с пятью его малолетними сыновьями; старший сын Махмуд-хана, по имени Султан-Мухаммад, чудом спасся от гибели: он находился в это время в Дешт-и Кипчаке, у политических и династийных противников Шибанидов — у казахского хана Бурундука и могущественного казахского султана Касима.

В том же 1508 г., спустя месяц после гибели Махмуд-хана, Мансур-хан сразился со своими младшими братьями Халил-султаном и Саид-султаном при Алматы, южной столицы нынешней Республики Казахстан, и разбил их. Халил бежал в Фергану, где был убит по приказанию Шибанида Джанибека, узбекского правителя области; Саид-султан провел в казачестве несколько месяцев в лесах около Нарына, а затем с приключениями добрался до Кабула и поступил на службу к Бабуру. В 1511 г. он вместе с Бабуром вернулся в Мавераннахр, а затем покинул Бабура и в 1514 г. решил попытать счастья на поприще войны с давнишним врагом Чагатаидов — дуглатским эмиром Аба Бакром. Собрав под своим знаменем около пяти тысяч воинов, Саид-султан вторгся в Кашгарию из юго-западного Семиречья, через перевал Торугарт, что у озера Чатыр-Куль. Предприятие молодого Саида (он родился около 1490 г.) оказалось успешным, и он, завоевав Кашгар и Яркенд, заложил основу нового могольского государства, которое получило у местных историографов Кашгарии XVII–XVIII вв. название Мамлакат-и Моголийе. В письме Бернье (1625–1688) господину де Мервейлью от 1664 г. из Кашмира Монголийе назван в одном случае «Кашгарским государством», а в другом — просто «Кашгаром», по имени крупного города Восточного Туркестана — Кашгара. В исследовательской литературе нашего времени государство, основанное Султаном Саидом в Восточном Туркестане, иногда называют «Яркендским ханством», по имени столицы ханства, города Яркенда.

Итак, в середине сороковых годов XIV в. Чагатайская держава разделилась на два отдельных государства — западное и восточное. В западном государстве — Мавераннахре (междуречье Амударьи и Сырдарьи) фактическая власть в стране находилась в руках тюрко-монгольских эмиров (беков), которые поделили между собой области Западного Туркестана. Источники называют таких эмиров: эмир племени сулдуз — Байан, эмир племени джалаир — Байазид, эмир племени барлас — Хаджжи-бек, глава йасавуров — эмир Хизр, эмир племени найман — Хамид, который стал также вождем андхойцев и шубурганцев и др. ( Натанзи, изд., с. 117; Шаджарат ал-атрак, с. 378).