Решениями задворного королевского суда только начиналось торжество Потея, находившегося тогда в Вильне. К 25 июля съехалось сюда множество униатского духовенства из Городни, Минска, Новогрудка, Жировиц и других мест, где оно отпало было от Потея: видно, воевода Скумин-Тышкевич очень поусердствовал при исполнении королевского приказа. Собравшиеся составили приговор, в котором объявляли, что хотя некоторые из них увлеклись было заверениями Сенчила, Жашковского и членов Свято-Духовского братства, будто митрополит Ипатий замыслил вытеснить унию латинскою верою, и потому отступили от подчинения ему, но теперь, достаточно убедившись, что все эти заверения были пустою выдумкою и ложью, они просят Бога не вменить им в грех то их отступничество и обязуются под страхом вечного проклятия оставаться всегда под властию архипастырей, пребывающих в святой унии, и всячески защищать ее. Приговор подписали: три архимандрита, один игумен, шесть протопопов, два иеромонаха, тринадцать священников, пять иеродиаконов и четыре монаха, всего 34 человека, в этом числе из виленского духовенства кроме архимандрита Иосифа Велямина Рутского и иеромонаха Иоасафа Кунцевича один только пятницкий священник Александр Львов, "писарь клиросу собору виленского". А в августе совершилось и отобрание виленских церквей и передача их Потею. Два королевских дворянина, Сенковский и Краевский, с двумя виленскими поветовыми и пятью шляхтичами прежде всего (6 августа) отобрали Пречистенский собор и митрополичий дом во власть и распоряжение короля как "найвышшаго подавцы и оборонцы церквей Божиих", причем будто бы имели с собою несколько сот гайдуков, разбили замки у церкви, забрали весь ее скарб и заключили в темницу двух священнослужителей, совершавших в соборе утреню, хотя Потей решительно это отвергает. Отбирать другие церкви в тот же день поудержались, опасаясь, как бы не возбудить народного возмущения, особенно при отобрании церкви Перенесения мощей святителя Николая, так как священником здесь был сам протопоп Жашковский, и он собрал и припрятал в своей церкви сокровища всех прочих виленских церквей и чудотворную икону Богоматери Остробрамскую, которой не захотел выдать даже панам бурмистрам, объявлявшим, будто сам король с королевою и королевичем Владиславом желает прибыть в Троицкий монастырь и там помолиться пред этою иконою. Но 9 августа Сенковский и Краевский отобрали на имя короля и Перенесенскую церковь, причем также будто бы имея с собою гайдуков, поразбивали церковные замки и двери, позабрали церковный скарб и сделали насилие жене и детям Жашковского, находившегося тогда в отсутствии из Вильны, хотя и это Потей отвергает и этого действительно не могло быть, так как Жашковский жены вовсе не имел. В тот же день отобраны были в распоряжение короля и прочие церкви: Воскресенская, Спасская, Покровская, Пятницкая, святого Юрья, святого Петра, святых Косьмы и Дамиана, Рождества Христова, Успения святителя Николая и Ивановская, т. е. святого Иоанна Предтечи. Таким образом оказывается, что в начале XVII в. русских церквей в Вильне было только двенадцать, тогда как прежде число их восходило до двадцати. Чрез два дня, т. е. 11 августа, все отобранные церкви переданы были по повелению короля с подробною описью их имущества митрополиту Потею, который тотчас приказал бурмистрам переписать и те сокровища этих церквей, которые спрятаны были в церкви Перенесенской. Торжество Потея было полное, но и возбуждение между православными достигало крайних пределов. В тот же день Потей отправился в церковь Перенесения мощей святителя Николая, чтобы поклониться чудотворной иконе Богоматери, и, осматривая храм со вниманием, нашел в приделе, на левой стороне от входа, под алтарем, несколько бочонков пороха. Из церкви Перенесенской он пошел в дом латинского бискупа, чтобы поделиться с ним своею радостию и поблагодарить папского нунция Францеско Симонетту за оказанные им услуги. Оттуда пошел по большой улице в Троицкий монастырь и уже достиг площади у ратуши (где ныне театр), как вдруг бросился на него сзади неизвестный человек (гайдук какого-то пана, приехавшего в Вильну) и, выхватив саблю, ударил ею Потея в шею, рассек несколько колец золотой цепи, воротник у рясы и рубашки, но самой шеи едва коснулся, а когда Потей поднял левую руку для защиты себя, то отсек на руке два пальца и другие два повредил. Потея перенесли в ближайший дом одного сенатора; отсеченные пальцы митрополита Рутский и Кунцевич подобрали и положили на престоле в Свято-Троицком монастыре, а виновный гайдук тотчас же был схвачен и подвергся тяжким побоям, потом вынес страшные пытки и казнен смертию.
С этого времени уния прочно утвердилась в Вильне и получила решительный перевес над православием. У православных осталась во всем городе одна только церковь во имя Святого Духа вместе с монастырем, который в 1611 г. был уже несомненно общежительным. Этой церкви Святого Духа не могли отнять у православных униаты или как-либо ее закрыть и уничтожить, потому что она сооружена была на памяти всех людьми несомненно православными, отказавшимися принять унию, и сооружена на земле частного владельца, а на своей земле по законам страны каждый владелец мог строить всякие здания, какие хотел. Но Потей не думал оставить православных виленцев в покое и при их последней, единственной церкви. В Вильне продолжали еще существовать медовые братства: панское, или радецкое, купецкое, кушнерское и роское, которые часть своих доходов употребляли на свои богадельни при церквах, а часть отсылали по-прежнему православному Троицкому братству, даже после того как оно принуждено было переместиться от Троицкого монастыря к Свято-Духовской церкви. Потей донес об этом королю, а король дал приказ (17 августа 1609 г.) виленским бурмистрам, чтобы впредь медовые братства отнюдь не вносили своих доходов на новую Свято-Духовскую церковь и ее братство, а делали свои взносы в Троицкий монастырь Троицкому униатскому братству. Главным вождем в последней борьбе виленского духовенства и вообще православных против унии был архимандрит Сенчило. Его-то и решились униаты переманить на свою сторону, чтобы более посрамить своих противников. Сам Рутский просил Потея простить Сенчилу и примириться с ним. Потей хотя получал о нем неблагоприятные сведения, как о человеке неискреннем и нераскаянном, но выразил (17 июля 1611 г.) желание "принять его под свою милость, особенно ради врагов; пусть бы они, - писал Потей Рутскому, - устыдились своей клеветы и воочию увидели, что те же люди, которые были защитниками беспокойств, как моих личных, так и всей Церкви Божией, обращаются ко мне, сознавая свои неправды". И вскоре Рутский уже определил Сенчилу наместником Супрасльского, тогда униатского, монастыря с согласия местного архимандрита. Была еще Свято-Духовскому братству скорбь и от виленской ратуши, которая вновь покушалась отнять у него братские домы.
Надобно, однако ж, заметить, что недолго пришлось униатам совершать свои богослужения во всех тех двенадцати виленских церквах, какие они отняли у православных. Во время страшного пожара, истребившего половину Вильны в 1610 г. (1 июля), сгорело или обгорело восемь из этих церквей. И хотя по ходатайству Потея для возобновления их король назначил (1 августа 1611 г.) все доходы с медовых виленских братств и потом (28 августа 1612 г.) три тысячи коп грошей из той пени, какая должна была поступить в королевскую казну с трех главных виленских мещан за их будто бы незаконный позыв, сделанный в 1609 г. Рутскому в трибунальный суд, но возобновлен был униатами только один Пречистенский собор, а прочие семь церквей, Спасская, Покровская, Пятницкая, Рождества Христова, святого Иоанна Предтечи и святого Петра остались в развалинах, одни надолго, другие навсегда. Заботились униаты лишь о Троицком монастыре. При этом монастыре издавна существовал и женский, который доселе содержался на средства мужского Троицкого монастыря. Теперь по ходатайству Потея король пожаловал (8 августа 1609 г.) виленской игуменье Василисе Сапежанке и ее сестрам-черницам на содержание их монастырь Брацлавский со всеми его имениями и доходами навсегда, с тем только чтобы виленские игуменьи постоянно имели при Брацлавском монастыре двух попов и дьякона для отправления служб церковных.
