Троицким монахам король по желанию Потея отдал (1 августа 1611 г.) в вечное владение Пятницкую церковь, вменив им в обязанность возобновить ее, но монахи церковь оставили в запустении, а начали только владеть ее плацом, домами и доходами.
Подобное тому, что происходило в Вильне, совершалось и в других местах Западнорусской митрополии. Мы уже упоминали, что в Киев, пока жив был киевский воевода князь Острожский, не могла проникнуть уния. Случилось так, что чрез несколько месяцев после его смерти какие-то чернецы Киево-Печерского монастыря принесли жалобу королю, будто их архимандрит Елисей Плетенецкий и старшие палатники и застолпники злоупотребляют монастырскими доходами и обижают младшую братию. И король воспользовался этим случаем, чтобы отправить в Киев самого митрополита Потея, и поручил ему (10 сентября 1608 г.) расследовать все по жалобе чернецов и водворить в Киевской лавре порядок, а также обозреть и все прочие киевские монастыри и церкви и учинить в них надлежащий порядок и предписал киевскому духовенству слушаться Потея и исполнять его волю. Как исполнил Потей возложенное на него поручение, неизвестно, но он успел во время своего пребывания в Киеве заключить с православными сделку о передаче ему Киево-Софийского собора (в 1609 г.) и вскоре за тем назначил в Киев своего наместника - протопопа, или официала. Это был известный Антоний Грекович, некогда иеродиакон Свято-Духовского братства, перешедший в унию. Несколько лет он служил диаконом при дворе Потея, потом возведен в сан иеромонаха, а теперь, посылая его в Киев своим наместником-протопопом, Потей назначал его вместе своею грамотою от 22 января 1610 г. игуменом Киево-Выдубицкого монастыря с правом на владение всеми его имениями. Грекович прибыл в Киев к первой неделе Великого поста (9 марта), т. е. к торжеству православия, и явился в Софийский собор, куда по случаю торжества собрались все киевские священники и бесчисленное множество богомольцев не только из Киева, но и из окрестностей; во всеуслышание прочел грамоту митрополита Потея о своем назначении и требовал от священников, чтобы они признали его, Грековича, своим протопопом и совершили вместе с ним богослужение, - священники не согласились. Тогда Грекович объявил, что иначе он запечатает собор и не дозволит им совершить богослужение и что начнет хватать их и заключать в темницу, пока они не покорятся митрополиту. Ввиду таких угроз священники и весь народ, собравшийся для богомолья, пошли из Софийского собора в другую соборную церковь - Пречистенскую и там надлежащим образом отправили службу. Но Грекович на другой день внес в киевские городские книги протестацию, в которой утверждал, будто киевские священники грозили ему бунтом, возбудили против него запорожских казаков и произвели народное волнение. Против этой протестации прежде всего протестовали в том же городском суде (20 марта) казаки Григорий Середа и его товарищи именем всего запорожского войска, а потом (26 марта) и киевские священники вместе со всею православною шляхтою Киевской земли и народом. Между тем Грекович поселился при Софийском соборе и начал совершать в нем церковные службы, не допуская в него киевских священников. Возмущенные этим запорожские казаки писали (29 мая) киевскому подвоеводе Холоневскому и просили его возбранить "оному расстриге и преступнику" такие своевольные действия, а если он не уймется, грозили его, "як пса, убить". Грекович принужден был переселиться в Выдубиций монастырь, но и там один казак выстрелил в него во время его прогулки по двору, хотя и неуспешно. Грекович пожаловался Потею, и Потей 20 августа внес во владимирские гродские книги свой протест против киевских войта, бурмистров и всех жителей русской веры, против киевских священников и запорожских казаков. Желая учредить в Киево-Софийском соборе срою униатскую капитулу. Потей успел выпросить у короля жалованную грамоту (от 15 сентября 1612 г.), которою передавался этой будущей капитуле Киево-Михайловский монастырь со всеми его имениями и доходами. Но киевское православное духовенство и, в частности, Михайловский монастырь вовсе не думали подчиняться власти Потея, так что ему оставалось только протестовать и жаловаться. Ион действительно жаловался сперва (16 октября 1612 г.) лишь на настоятеля и братию Киево-Печерского монастыря, а в следующем году на настоятелей и иноков киевских монастырей: Печерского, Николаевского, Михайловского, Межигорского и Кирилловского - и на всех киевских священников за то, что они не отдавали "послушенства его милости отцу митрополитови", приняли к себе какого-то грека - Софийского митрополита Неофита, прибывшего около Пасхи 1612 г., и позволяют ему у себя рукополагать священников и диаконов и освящать церкви. В марте и апреле 1613 г. всем обвиняемым вручены были позвы явиться на трибунальный суд в Люблине, неизвестно как решивший дело. Что же касается до Софийского митрополита или архиепископа Неофита, то он несомненно находился тогда в Киеве и освятил (21 апреля 1612 г.) в Межигорском монастыре три церкви: Петропавловскую на монастырских воротах. Николаевскую трапезную и Спасскую соборную, воздвигнутые тогдашним игуменом Афанасием, которого назначил сюда еще в 1599 г. князь К. К. Острожский и который в 1609 г. испросил себе королевскую грамоту на пожизненное игуменство в этом монастыре, а в 1610 г. добыл своему монастырю грамоту на ставропигию от Матфея, архиепископа Мирликийского, экзарха патриаршего Константинопольского престола.
В тот самый год, когда скончался князь К. Острожский, Потей прислал новому Львовскому и Галицкому епископу Иеремии Тиссаровскому грамоту (от 27 августа 1608 г.) и требовал его к себе на суд за то, что Иеремия без ведома его. Потея, выпросил себе у короля ту епархию, которая от века принадлежала Киевским и Галицким митрополитам и долго управлялась их наместниками, а потом их викарными и задворными владыками, и за то, что принял посвящение не от своего главного архипастыря, а где-то за границею, вопреки канонов Церкви и законов государства. В заключение грамоты Потей угрожал православному епискому "клятвою неразрешимою", если он не явится на суд. Угроза не подействовала: Тиссаровский не явился на суд и продолжал владычествовать в своей епархии. Он был любим и уважаем своею паствою, постоянно находился в добрых отношениях с Львовским ставропигиальным братством и 3 марта 1609 г. издал грамоту, в которой, благословляя все действия братства и указывая на переносимые им притеснения от поляков-латинян, убеждал православных, и особенно благодетелей, делать пожертвования на постройку братской церкви, школы и госпиталя, все еще не оконченную. А в 1613 г., когда бедствия русского народа в Галиции от поляков достигли, казалось, последней степени, издал пастырское увещание к своим духовным чадам, утешал их, утверждал в вере и взаимной братской любви и призывал всех к денежной складчине, чтобы отстаивать свои права, попираемые врагами латинянами. Не успев вытеснить Тиссаровского из Галицкой епархии и называя его изменником и отступником. Потей вздумал поставить на ту же епархию униатского епископа в качестве своего коадъютора и викария. На эту должность он избрал и по грамоте короля от 16 ноября 1611 г. посвятил своего любимца архимандрита виленского Троицкого монастыря Иосифа Велямина Рутского, придав ему (16 июня 1612 г.) во владение и Лаврашевский монастырь, который дотоле держал сам. Рутский в своей архиерейской присяге, сохранившейся доселе (подписана в июле 1612 г.), произнес Символ веры без прибавления "и от Сына", как произносили и прежде него поставлявшиеся в униатские епископы, и дал обязательство повиноваться во всем митрополиту Потею, как его наместник. По рукоположении своем Рутский оставался в Вильне, в своем монастыре, и в отсутствие митрополита, обыкновенно проживавшего во Владимире Волынском, ставил здесь попов и дьяконов для митрополичьей епархии, судил и исправлял все прочие духовные дела, но, называясь епископом Галицким, удерживал за собою по крайней мере номинальную власть и над епархиею Львовскою и Галицкою.