Еще до окончания сейма он выпросил у Сигизмунда привилегию Рутскому на архимандритство в Троицком монастыре и две грамоты (от 20 февраля) к виленскому магистрату, с которыми новый архимандрит тотчас и отправился в Вильну: одною грамотою король извещал бурмистров о назначении Рутского архимандритом и повелевал им признавать его и отдавать ему надлежащую честь, а другою приказывал тем же бурмистрам отобрать виленские церкви у прежних священников, возмутившихся против Потея, и передать новым, которых он назначит. По первой грамоте русские бурмистры и радцы оказали сопротивление. Ввести Рутского в управление Троицким монастырем король поручил декретом от 2Q февраля дворянину своему Яну Буйвилу. Прибыв в Вильну (7 марта) и взяв с собою четырех свидетелей, Буйвил отправился прямо в Троицкий монастырь, объявил монахам королевский лист и передал Рутскому монастырь со всеми его имениями. Но, выходя из монастырской церкви, он встретил множество православных и между ними Ивана Тупеку и других русских членов магистрата, которые объявили, что присланы своими бурмистрами воспрепятствовать передаче монастыря Рутскому, так как право подаванья этого монастыря принадлежит бурмистрам. Буйвил отвечал, что он свое дело уже окончил и отъезжает, а они, если угодно, могут отстаивать свое право судебным порядком. Радцы действительно и внесли (9 марта) свою жалобу на Буйвила в виленские городские книги. А один член грозил даже застрелить Рутского, о чем тот и принес жалобу. Еще более сопротивления оказали русские бурмистры и радцы по второй грамоте короля. Рутский не прежде передал ее в магистрат, как уже вступив в действительное управление Троицким монастырем, и требовал немедленного по ней исполнения. Русские очередные радцы Иван Тупека и Исаак Кононович отнеслись к грамоте без надлежащего уважения, помыкали ею по столу, клали на нее какие-то свои привилегии, потом читали ее пред народом и порицали короля за его великие неправды. В тот день, когда бурмистры и радцы собирались отвечать Рутскому на эту грамоту, огромная толпа вторглась в магистрат, выломав двери, и кричала, чтобы никто не смел отнимать церкви у православных и отдавать изменнику митрополиту. И члены магистрата не только не приняли никаких мер к обузданию толпы и к отобранию церквей, но не согласились даже вписать королевскую грамоту в свои магистратские книги. Вскоре за тем возвратился с сейма в Вильну Сенчило, его в монастырь Троицкий не впустили, он отправился в ратушу и протестовал; бурмистры также протестовали 19 марта. И в тот же день Сенчило явился в Троицкий монастырь с чернецами Свято-Духовской церкви (при которой, следовательно, продолжал существовать монастырь) и множеством членов Свято-Духовского братства разных сословий, вошел в Троицкий храм, где совершалась литургия, заявил свой протест против Рутского и хотел насильно отнять монастырь и поселить в нем свято-духовских монахов. Рутский на другой же день принес жалобу на Сенчилу королевскому наместнику в Вильне, а Свято-Духовское братство, Сенчило и русские члены виленского магистрата подали (21 марта) свои жалобы на Потея и Рутского за незаконное овладение ими Троицким монастырем в главный трибунальный суд, так как по сеймовому постановлению 1609 г. все споры между православными и униатами о церквах, монастырях, имениях и взаимных обидах должны были решаться этим судом. Наконец, и сам Потей подал жалобу в тот же суд на виленских священников за то, что они отняли у него виленские церкви.
Но прежде нежели трибунальный суд приступил к рассмотрению всех ограждая этих жалоб, Рутский и Потей не бездействовали. Рутский, ограждая свои права, внес (7 апреля) в виленский городской суд ту королевскую грамоту, по которой введен был Буйвилом в управление Троицким монастырем. А к концу того же месяца пожаловался королю, что некоторые знатные мещане Вильны - Иван Тупека, Исаак Кононович, Семен Красовский и другие похваляются против него, угрожают ему самою смертию, и просил себе защиты, и король прислал строгий приказ (от 28 апреля) названным мещанам, чтобы они не делали никаких покушений и похвальбы против Рутского, ни сами, ни чрез своих слуг, и грозил штрафом в несколько тысяч польских грошей. Потей уведомил короля (10 апреля), что Сенчило, хотя еще в октябре прошлого года предан духовным судом проклятию и лишен духовного сана, продолжает, однако ж, своевольно священнодействовать и дерзает еще тягаться с своим архипастырем, и просил короля подвергнуть виновного преследованию светской власти. И король осудил Сенчило своим декретом (22 апреля) на баницию и вытребовал от него (28 апреля) самую грамоту свою, которою некогда пожаловал ему в управление Троицкий монастырь "до его живота". Не упускал Потей из виду и того, что от него отпали с своими церквами и все униатские священники в городах Новогрудке и Гродне по примеру виленских, и просил себе защиты у короля. И король грамотою от 25 апреля приказал новогрудскому воеводе Федору Скумину-Тышкевичу, чтобы он усмирил в обоих названных городах своевольное духовенство, прекратил возмущение его против своего архипастыря и всячески помогал Потею наказывать непокорных и назначать на места их новых священников.
Когда, наконец, открылся главный трибунальный суд и приступил 20 мая к разбирательству жалоб, поданных православными виленцами на Потея и Рутского, то уполномоченный Потея пан Мартин Пядевский и отец Рутский заявили, что жалобы эти должны разбираться не самим трибунальным судом, состоящим из одних светских лиц, а судом смешанным - из нескольких членов трибунального суда и из такого же числа духовных депутатов. Трибунальный суд не согласился, ссылаясь на то, что ему именно предоставлены такого рода дела сеймовою конституциею 1609 г., а противная сторона ссылалась на добавление к означенной конституции, отдававшее эти дела суду смешанному. Потому состоялись два совершенно отдельные разбирательства и два противоположные решения. Трибунальный суд обвинил Потея и Рутского в том, что они совершенно незаконно отняли у православных Троицкий монастырь, и приговорил виновных к уплате десяти тысяч злотых. А духовные депутаты, которые все были из латинского духовенства (чего можно было ожидать от них православным?), действуя в качестве смешанного суда, хотя на нем не было ни одного светского члена, совершенно оправдали Потея и Рутского и обвинили самих жалобщиков, т. е. Свято-Духовское братство, Сенчилу и виленских бурмистров русской лавицы, и, кроме того, положили отослать свое решение на усмотрение самого короля. Король тотчас же отменил решение трибунального суда и передал дело на рассмотрение задворного суда. Ровно через полмесяца, т. е. 5 июня, трибунальный суд приступил к рассмотрению жалобы митрополита Потея на виленских священников, будто бы незаконно отнявших у него виленские церкви. Но и теперь тот же уполномоченный Потея заявил, что дело должно разбираться не на трибунальном, а на смешанном суде, и теперь трибунальный суд не уважил этого заявления, и сам рассмотрел дело во всех подробностях, и решил, что Потей не имеет никакого права на виленские православные церкви, во-первых, потому, что он несправедливо называет себя митрополитом, будучи лишен сана Цареградским патриархом за отпадение в унию, а во-вторых, потому, что право подаванья виленских церквей принадлежит вовсе не митрополиту, а виленским бурмистрам русской веры. Вместе с тем суд признал виленского протопопа Жашковского и священников совершенно оправданными и оставил при их правах и обязанностях. Духовные судьи протестовали, а Потей принес на такое решение трибунального суда жалобу королю, в его задворный, или асессорский, суд. Задворный королевский суд из нескольких сенаторов, под председательством канцлера Льва Сапеги открыл свои заседания в Вильне, куда прибыл король к концу июня; суд этот, во-первых, по жалобе Потея на протопопа Жашковского и виленских священников осудил (8 июля) протопопа как бунтовщика и определил возвратить Потею Пречистенский собор с митрополичьим домом и все виленские церкви; во-вторых, по жалобам Сенчилы и других православных Вильны на Потея и Рутского отменил и кассировал (10 июля) решение трибунального суда и утвердил во всем решение суда смешанного или, вернее, духовного; наконец, признал виновными в бунте и оскорблении величества и присудил к смертной казни двух русских радцев - Ивана Тупеку и Исаака Кононовича, отнесшихся в марте с таким неуважением к королевской грамоте об отобрании виленских церквей и бывших главными виновниками тогдашних беспорядков. Впрочем, король смягчил наказание обвиненным и приказал, чтобы они были только лишены своих должностей и обязаны что-либо соорудить для укрепления или украшения Вильны.
