Здесь, уважаемый читатель, мы отойдем от рассказа митрополита Макария и проясним ситуацию. Родственный, профессиональный, семейный характер сектантства бросается в глаза. По всем признакам все дело принципиально было поставлено как секретный заговор. Десять лет удалось секте сохранять конспирацию. Даже при дворе Ивана III «министр иностранных дел», дьяк Посольского приказа Федор Васильевич Курицын был членом секты жидовствующих.

В число еретиков вошла невестка Ивана III, жена Ивана молодого, Елена Волошанка (Молдаванка). Более того, московским митрополитом становится жидовствующий еретик Зосима.

Первым ратоборцем против жидовствующих, как отмечает митрополит Макарий, выступил архиепископ Геннадий. Как ни скрывали себя еретики, но однажды в пьяном виде некоторые из них начали упрекать друг друга. Услышав об этом, Геннадий немедленно дал знать митрополиту и великому князю и, получив приказ не допускать распространения ереси, начал делать обыск. Во время обыска один из виновных, поп Наум, открыл архиепископу все и всех и принес к нему даже псалмы, по которым правили еретики свою жидовскую службу.

Геннадий велел брать их и отдавать на поруки до окончания следствия. А как четверо из отданных на поруки бежали в Москву, то он отправил туда к князю и митрополиту все обыскное дело в подлиннике вместе со списком открытых уже еретиков и их псалмами. Это было в августе или сентябре 1487 г. Не получая, однако ж, ответа ни от князя, ни от митрополита, Геннадий к концу того же года обратился с просьбою о содействии к Сарскому епископу Прохору, жившему в Москве на Крутицах, и уведомлял его, что в Новгороде открылись еретики, которые мудрствуют по-жидовски.

В январе следующего 1488 г., когда в Москву прибыли епископы Суздальский Нифонт и Пермский Филофей, Геннадий поспешил написать и к ним, и просил обоих этих святителей ходатайствовать пред великим князем и митрополитом, чтобы позаботились «тому делу исправление учинити». Дело приняло быстрый ход: оно рассмотрено на Соборе, трое из еретиков найдены виновными, и великий князь «по правилам царским» подверг их торговой казни, а четвертого признали недостаточно обличенным, так как против него было только одно свидетельство попа Наума.

В феврале того же (1488) года князь и митрополит уже извещали об этом Геннадия и поручали ему, чтобы он продолжал обыск о еретиках с великим прилежанием и тех, которые покаются, отдавал «по царским правилам» для торговой казни двум боярам, Якову и Юрию Захарьевичам. Заметим, что в это время великий князь Иван Васильевич отнюдь не опасался казнить еретиков жидовствующих «по царским правилам». При производстве обыска над жидовствующими оказалось, что вероотступничество распространилось не только в Новгороде, но и по селам. Некоторые отступники нарочно ставились в попы, чтобы удобнее совращать своих духовных детей.

Если замечали кого-либо твердыми в вере и православии, то таились пред ним и старались казаться православными. А встречая людей простых, слабых и преданных тяжким грехам, увлекали таких в свою прелесть и отпускали им все грехи. Когда же кто из православных начинал обличать их самих в ереси, они отрекались от нее с клятвою, величали себя православными и даже проклинали еретиков. Потому-то крайне трудно было производить над ними обыск, но при содействии назначенных великим князем бояр Геннадий удачно окончил дело: всех покаявшихся еретиков осудил на церковную епитимию, а непокаявшихся и продолжавших хвалить жидовскую веру передал боярам для торговой казни и все подлинное дело отослал к митрополиту и великому князю, известив о том же архиепископов и епископов. Но в Москве не обратили теперь на донесение Геннадия никакого внимания.

Услышав, что в Москве еретики живут в ослабе, туда же бежали и все новгородские еретики, уже принесшие было покаяние пред Геннадием, и там не только пользовались полною свободою, но имевшие священный сан даже служили в московских церквах вместе с православными архимандритами, игуменами, протоиереями и нагло издевались над христианскою святынею.

Покровителем их был сильный при дворе великокняжеском дьяк Федор Курицын, незадолго пред тем возвратившийся из посольства в Венгрию. К нему собирались еретики и совещались между собою против православия. Особенной дерзостью из них отличался чернец Захария. Прежде он был настоятелем одного монастырька близ Новгорода, в Немчинове. И когда иноки этого монастыря пожаловались Геннадию, что настоятель уже три года ни сам не причащается, ни им не позволяет причащаться, и Геннадий потребовал у него отчета, то Захар отвечал: «А у кого причащаться? Попы по мзде ставлены, митрополит же и владыки тоже по мзде ставлены». Признав Захара за стригольника, Геннадий сослал его в какую-то пустынь, но вскоре по грамоте великого князя должен был возвратить Захара в его обитель, взяв только с него клятвенную подписку, что впредь и сам он будет причащаться и не будет возбранять того своим инокам. Но Захар не захотел исполнять клятвы, бежал в Москву еще в 1487 г. и там нашел себе защиту в кругу жидовствующих. Более всего он действовал лично против Геннадия и уже три года с лишком рассылал на него по всей России и Новгородской епархии многочисленные хульные грамоты, в которых называл его даже прямо еретиком.

Государь знал про ереси любимцев своих, Федора Курицына и протопопа Алексея, и, однако ж, продолжал к ним свое благоволение. Геннадия совсем не стали приглашать в Москву для соборных совещаний, несмотря на заявленные им желания и просьбы. И когда по кончине Геронтия нужно было избирать нового митрополита, то сам великий князь прислал Геннадию приказание, чтобы он оставался в Новгороде ради каких-то «великих дел» и не приезжал в Москву.

Между тем протопоп Алексей пред своею смертию успел «своим волхованием» склонить государя, чтобы на митрополитскую кафедру избран был не кто другой, а именно симоновский архимандрит Зосима, которого действительно и избрали и поставили митрополитом. Нет сомнения, что ни государь, ни святители не знали еще о еретичестве Зосимы, да и Геннадий ничего не подозревал, потому и прислал свою повольную грамоту на поставление его. Новый митрополит немедленно потребовал от Геннадия исповедания веры, как бы сомневаясь в его православии.

В своем послании к Зосиме (октябрь 1490 г.) Геннадий, кратко изложив весь ход дела о жидовствующих и на чем оно остановилось, умолял первосвятителя рассмотреть это дело на Соборе. Не удовольствовавшись посланием к митрополиту, Геннадий написал еще к Собору владык, находившихся тогда в Москве, именно: к Тихону, архиепископу Ростовскому, и епископам — Нифонту Суздальскому, Вассиану Тверскому, Прохору Сарскому и Филофею Пермскому.

Подробно рассказывал о чернеце Захарии, жаловался на него и просил себе обороны от него. Наконец настоятельно требовал, чтобы составился Собор на еретиков, чтобы их предать проклятию, казнить, жечь, вешать, так как они, дав в Новгороде покаяние и приняв епитимию, изменили клятве, бежали в Москву и снова сделались еретиками. «Да не штошите, — прибавлял Геннадий, — станьте крепко, чтобы гнев на нас не пришел, да некако человекоугодници обрящемся и со Иудою Христа продающе: они иконы щепляют, режут, Христу поругаются, а мы их учреждаем да их воле сходим…»

Геннадия и в этот раз не позвали в Москву, но Собор на еретиков состоялся, и состоялся не более как через двадцать дней после возведения Зосимы на митрополитский престол, именно 17 октября 1490 г. На Соборе кроме самого великого князя присутствовали с митрополитом те же самые святители, которые участвовали в его избрании и поставлении. Еретиков обвиняли пред лицом Собора в том, что они старались погубить православное христианство; отвергали Божество Иисуса Христа, Его Воплощение от Пресвятой Девы и Воскресение; ругались святым иконам, совершали литургию по принятии пищи и пития, считали Тело и Кровь Христовы в таинстве Евхаристии простым хлебом и вином, держались больше Ветхого закона и праздновали Пасху по-иудейски; в среды и пятки ели мясо и молоко, и творили многие другие еретические дела, и многих простых людей прельстили своими ересями. Обвиняемые ни в чем не хотели сознаться пред великим князем, митрополитом и всем Собором, упорно запирались в своих ересях и были как бы в исступлении ума.