Морской Генштаб был организован в апреле 1906 года. В числе первых двенадцати офицеров, выбранных из всего русского флота, туда был назначен капитан-лейтенант Колчак, который стал заведовать Отделением русской статистики. О кружковцах-«младотурках» Колчака, которые сделались костяком Морского Генштаба, член думской Комиссии по государственной обороне Н. В. Савич вспоминал:
«Собралось все то лучшее из молодежи, что смогли выделить уцелевшие остатки боевого флота… И среди этой образованной, знающей свое ремесло молодежи особенно ярко выделялся молодой, невысокого роста офицер. Его сухое, с резкими чертами лицо дышало энергией, его громкий мужественный голос, манера говорить, держаться, вся внешность выявляли отличительные черты его духовного склада, волю, настойчивость в достижении, умение распоряжаться, приказывать, вести за собой других, брать на себя ответственность. Его товарищи по штабу окружали его исключительным уважением, я бы сказал даже — преклонением; его начальство относилось к нему с особым доверием… Колчак был страстным защитником скорейшего возрождения флота, он буквально сгорал от нетерпения увидеть начало этого процесса, он вкладывал в создание морской силы всю свою душу, всего себя целиком, был в этом вопросе фанатиком».
О «младотурках», масонствовавших в офицерской среде того времени, уже рассказано в предыдущем очерке о генерале Алексееве, который был членом «Военной ложи» и своим примером с воинского Олимпа как бы благословил, чтобы «все лучшее из молодежи» в погонах отдалось «полуофициальному» в России движению масонов. В добавление к сказанному стоит процитировать исследователя Русского Зарубежья генерала Н. А. Степанова, писавшего в своем труде «Работа «Военной ложи»:
«Работу «Военной ложи» необходимо сопоставить с возобновлением в начале XX столетия масонских лож в России. Основываясь на статье М. Маргулиеса «Масонство в России за последние 25 лет», опубликованной в № 16 официального органа французского масонства «Акация», можно сказать, что… в Петербурге были организованы три ложи: «Полярная Звезда», «Феникс» и «Военная Ложа»…
Н. Д. Тальберг в статье о Гучкове, основываясь на статье Маргулиеса в «Последних Новостях», описывает встречу Гучкова с тремя русскими в Константинополе, ездившими туда, чтобы познакомиться с техникой младотурецкого переворота. Цели поездки не совсем понятны, если не принять во внимание, что и Гучков, и трое «русских», о которых говорит Маргулиес, ездили в Стамбул в качестве делегатов от русского масонства к турецкому. Маргулиес на страницах указанного нами журнала «Акация» говорит откровенно, что после учреждения в России Высшего Совета была организована миссия, которую послали за границу и которая посетила Цюрих, Берлин, Будапешт, Рим, Венецию, Константинополь, где она «побраталась с младотурками». «Возвратясь в Россию, — говорит Маргулиес, — мы учредили две новых ложи: одну в Одессе и другую в Киеве…»
Собрания «Военной Ложи» были взяты под надзор полиции, в военных кругах Петрограда пошли разговоры «о наших младотурках»… Вследствие этого работа народившихся масонских лож, в том числе и военной, замерла — ложи «заснули». Но это не помешало существованию младотурков среди офицеров, главным образом Генерального штаба».
Как отмечал Савич, «младотурецкое» офицерство действительно хорошо «знало свое ремесло» и было отменно образовано. Но масонство изначально определяет космополитическое мировоззрение, опирается на всемирные «свободу, равенство, братство», а не на национальные, патриотические интересы своей Родины. Талантливых флотских офицеров вроде Колчака, армейцев интеллектуального уровня генерала Алексеева, конечно, больше привлекала в масонстве не его мистическая сторона, а политическая доктрина.
Люди такой выделки почти сплошь возглавили Россию после Февральской революции 1917 года. Встали они и в начальные ряды Белого движения. Печальные итоги тех и других событий мы и изучаем, начиная с их истоков, в данном случае — с совершенно бескорыстных усилий инициативных флотских умов по ренессансу вооруженных сил имперской России. И выходит, что ремесленность, какая особенно стала цениться с подачи Петра Первого, профессионализм, как считается в наши времена, своим рационализмом исключают, «поедают» иррациональное святорусское, когда сердце выше головы И тогда кровавая долгая смута тянется на Руси. Забывают Христа, губят помазанников Божьих.
Морской Генеральный штаб совместно с сухопутным Генштабом изучил общую военно-политическую обстановку и почти точно спрогнозировал, что Германия начнет войну в 1915 году, а России придется выступить против нее. Исходя из этого, Морской Генштаб разработал военно-судостроительную программу. Одним из главных ее составителей был Колчак, который в качестве эксперта пытался пробить это детище в Госдуме.
Усилия Колчака не увенчались успехом, Дума предпочла выделять оборонные средства армии. Большинство высших чинов не доверяли «младотуркам», да и попросту опасались: не пойдут ли ассигнования на кормление береговых и тыловых бюрократических структур морского ведомства? Савич резюмировал в своих мемуарах.
«Весною 1908 года Колчак проиграл бои в Государственной Думе. Но он сделал свое дело. Он внес горячую свежую струю в ведомство, его мысли стали достоянием многих его знания просветили среду его сослуживцев и внесли определенность и ясность в вопрос реорганизации флота».
После того, как не удалось реализовать программу Морского Генштаба, Колчак попросил отчислить его оттуда В мае 1908 года Александр Васильевич в чине капитана 2-го ранга становится командиром спущенного на воду ледокольного транспорта большого радиуса действия «Вайгач». Это военное судно с пушечным и пулеметным вооружением было оборудовано специально для картографических работ.
В октябре 1909 года «Вайгач» вместе с таким же транспортом «Таймыр» вышел из Петербурга, а в июле 1910 года они прибыли во Владивосток — основную базу Гидрографической экспедиции Северного Ледовитого океана Ее задача заключалась в изучении северных и северо-восточных морей для освоения Северного мор-Год плавает Александр Васильевич на «Вайгаче» по Беринговому и Чукотскому морям. С тех пор к нему крепко пристает прозвище Колчак-Полярный. При очередном заходе «Вайгача» во Владивосток его командира находит телеграмма морского министра С. А. Воеводского и начальника Морского Генштаба князя А. А. Ливена с просьбой вернуться в Морской Генеральный штаб. Второй период работы Колчака в Морском Генштабе занял почти полтора года. Тогда же он читал на дополнительном курсе отдела Николаевской морской академии цикл лекций об организации военно-морского командования, вылившийся в книгу «Служба Генерального штаба», вышедшую в 1912 году.
В Морском Генштабе Колчак теперь был главой оперативного отдела, или, другими словами, заведовал Балт-флотом, театр которого был главным в надвигающейся войне. Участвуя во флотских маневрах, Колчак быстро стал специалистом в области боевых стрельб, минного дела, использования торпед. Занимаясь военным судостроением, Колчак разрабатывал детали нового типа крейсеров класса «Кинбурн». В боевой подготовке флота и его моральном состоянии наметился перелом.
О тех временах Колчак вспоминал на допросах в Иркутске: «Главную задачу я выполнил… теперь остается только следить технически, чтобы налаженное дело шло дальше».
С весны 1912 года Колчак уходит в плавсостав Балтийского флота, которым командовал тоже умница Н. О. фон Эссен. Здесь Александр Васильевич служит в минной дивизии капитаном эсминца «Уссуриец», затем на дивизионной базе в Либаве, где живет его семья, в которой уже появились сын Ростислав и дочь Рита. В декабре 1913 года Колчаку присваивается звание капитана 1-го ранга, командующий Эссен назначает его флаг-капитаном по оперативной части у него в штабе на броненосце «Рюрик». В то же время Александр Васильевич командует одним из лучших эскадренных миноносцев «Пограничник» и является посыльным командующего в течение года.
С весны 1914 года Колчак сосредоточен на ускоренной подготовке флота к боевым операциям. Он уточняет и развивает стратегические идеи защиты Балтийского моря, разработанные при нем в Морском Генштабе. Накануне войны Колчак успевает послужить и в отряде подводного плавания Балтфлота. Александр Васильевич дал первое боевое задание флоту — закрыть сильным минным полем вход в Финский залив.
