Отец же Софьи, начальник Казенной палаты Каменец-Подольска Федор Васильевич Омиров происходил из духовного сословия, но ушел из бурсы на юридический факультет Московского университета. Был он учеником и другом известного публициста М. Н. Каткова, отличным юристом, в эпоху реформ Александра Второго называли Омирова «маленьким Сперанским». Софья, закончив в Петербурге Смольный институт благородных девиц, знала семь языков, из них английским, французским, немецким владела в совершенстве.

В дни приполярной встречи Софьи с 29-летним Александром Колчаком, который был на два года ее старше, грянула русско-японская война. Они решили не откладывать свою свадьбу. Тронулись из сибирской глубинки в Иркутск, где 5 марта 1904 года обвенчались. В церкви жениха представляли его отец, генерал-майор В. И. Колчак, и другой поручитель — боцман Русской полярной экспедиции со шхуны «Заря» Никифор Алексеевич Бегичев. Молодые пробыли вместе всего несколько дней, Александр Васильевич уже подал рапорт, чтобы его отправили в район боевых действий.

Разлетелись тогда из Иркутска все они. Старший Колчак и его невестка отправились в Петербург ждать Александра с войны, он — в Порт-Артур. Никто из них не мог себе и представить, что именно в этом, «венчальном» Иркутске вознесут Александра Васильевича расстрелом и под терновый венец.

Сурово сложится судьба и у супруги адмирала. Поживет с мужем, рожая ему детей, Софья Федоровна во время его будущей службы на Балтике, потом в Севастополе. После Февральской революции, отъезда мужа по делам в Петроград союзники англичане, занявшие Севастополь, опасаясь, что жена прославленного русского адмирала может попасть в руки немцев или большевиков, переправят ее за границу. До своей смерти в 1956 году, очень бедствуя поначалу, проживет Софья Федоровна во Франции. Единственный оставшийся в живых из детей Колчаков сын Ростислав умрет в 1965 году. Поныне живет в Париже его сын, внук адмирала Колчака Александр Ростиславович.

Прибыв в Порт-Артур во второй половине марта 1904 года, Колчак явился к командующему флотом вице-адмиралу Макарову. Лейтенант просился на миноносец, но адмирал пожалел измотанного двумя арктическими экспедициями офицера и назначил его на крейсер 1-го ранга «Аскольд».

Адмирала Макарова Колчак считал своим учителем. Ударом в самое сердце явилась для него гибель Макарова прямо на глазах всей эскадры 31 марта. Флагманский эскадренный броненосец «Петропавловск» подорвался на мине и мгновенно затонул.

17 апреля Колчак добился перевода на минный заградитель «Амур». Суденышко было незавидное, но верткое. Его командир, лейтенант Колчак, уводил из порта свой корабль ночью в открытое море. Четыре японских транспорта с грузом и войсками пошло ко дну от вылазок «Амура». Его команда дралась вместе с новым капитаном беспощадно.

В конце апреля Колчак командовал уже эскадренным миноносцем «Сердитый». Однако пришлось сойти на берег в госпиталь из-за тяжелого воспаления легких. С июля Александр Васильевич снова стоял на капитанском мостике «Сердитого», хотя к осени стал добивать лейтенанта острый суставной ревматизм. Его он заработал в Арктике вместе с ослабевшими деснами, из которых выпадали зубы. Но командир успел и здесь досадить врагу: на минной банке «Сердитого» взлетел в воздух японский крейсер «Такасаго». За «сторожевую службу и охрану прохода в Порт-Артур, обстреляние неприятельских позиций» Колчак награждается орденом Св. Анны IV степени с надписью «За храбрость».

В сентябре основные бои развернулись на суше. Командир батареи морских орудий Колчак обороняет Порт-Артур на его северо-восточном участке. С ноября он командует сдвоенной батареей у Скалистых Гор. Все последующее время до падения крепости Колчак сражается в кромешной артиллерийской перестрелке, отбивая японских пехотинцев. Его тут снова ранили, и ревматизм валил с ног.

Из дневника А. В. Колчака с 3 по 21 декабря 1904 года:

«С утра началось… обстреливание Орлиного Гнезда. Подходившие резервы несли огромные потери. После полудня сильный артиллерийский огонь по вновь занятым позициям. На Заредутной батарее, на Скалистом кряже японцы… поставили пулеметы… 120-мм сегментными снарядами я разбил бруствер на Заредутной батарее и заставил японцев очистить гребень — в это время японцы уже выбили нас из окопов Орлиного Гнезда и стали взбираться на вершину…

Рано утром, еще когда была полная тьма, мы получили извещение первыми не открывать огня и стрелять только при наступлении японцев… Когда рассвело, то на вершинах виднелась масса японцев: они не скрывались и просто сидели группами на вершинах и (обращенных) к нам склонах…

За ночь мы кое-что уничтожили, но пушек не подрывали и вообще взрывов никаких не устраивали… Около 11 ч. приказано было сдать все ружья и ружейные патроны в экипаж, что я и сделал… После обеда я получил предписание очистить… и приказал войскам в районе нашего сектора уходить в казармы, оставив только посты… К вечеру я снял посты и оставил только дневальных на батареях и увел команду… в город. Ночь тихая, и эта мертвая тишина как-то кажется чем-то особенным, неестественным».

На этом записи обрываются. Тяжелобольной Колчак оказывается в госпитале. При последующей сдаче Порт-Артура офицеров в таком состоянии не эвакуируют. Александр Васильевич попадает в плен.

До апреля 1905 года Колчак пробыл на больничной койке, потом его вывезли в Японию. Больным и раненым офицерам японцы разрешили вернуться домой. В числе русских пленных Колчак через Америку направился в Петербург.

За героизм, проявленный в порт-артурских боях, А. В. Колчак был награжден Золотым оружием — саблей с надписью «За храбрость». Также он был удостоен ордена Св. Станислава II степени с мечами, пожалованы были мечи и к его Св. Владимиру за первую полярную экспедицию. В 1906 году Колчак произведен в звание капитан-лейтенанта.

В начале того года Колчак на объединенном заседании двух отделений Императорского Русского Географического общества сделал доклад о своей экспедиции на остров Беннета. Совет этого авторитетнейшего учреждения присудил Александру Васильевичу свою высшую награду — Большую золотую Константиновскую медаль «за необыкновенный и важный географический подвиг, совершение которого сопряжено с трудом и опасностью».

Главным научным трудом по результатам полярных экспедиций, в которых Колчак участвовал, станет его монография «Лед Карского и Сибирского морей», она будет опубликована в 1909 году в «Записках Императорской Академии Наук». Александр Васильевич начал писать ее зимовками на Таймыре и Новосибирских островах.

Пронесшаяся по империи революция 1905 года не коснулась Колчака не только потому, что он был тогда за дальними рубежами страны. Своим иркутским следователям в 1920 году Александр Васильевич ту ситуацию так объяснил:

«Я этому делу не придавал большого значения. Я считал, что это есть выражение негодования народа за проигранную войну, и считал, что главная задача, военная, заключается в том, чтобы воссоздать вооруженную силу государства. Я считал своей обязанностью и долгом работать над тем, чтобы исправить то, что нас привело к таким позорным последствиям… У нас настолько не обращалось внимания на живую подготовку во флоте, что это было главной причиной нашего поражения… Я считал, что вина не сверху, а вина была наша — мы ничего не делали».

Колчак вошел в узкий круг морских офицеров, которые хотели воссоздать и научно реорганизовать русский военный флот, разгромленный в минувшей войне японцами. В январе 1906 года он становится одним из четверых основателей и председателем «полуофициального», как выражаются до сих пор малоосведомленные историки, офицерского Санкт-Петербургского Морского кружка. Вместе с другими членами этого кружка «младотурков», как называли реформаторов такого замеса в военной среде, Колчак разработал записку о создании Морского Генерального штаба — органом, ведающим специальной подготовкой флота к войне.