Ссылаясь на конфликт с Л. П. Берией как председателем Специального комитета, П. Л. Капица в письмах к Сталину от 3 октября и 25 ноября попросил освободить его от работы в Комитете. 21 декабря его просьба удовлетворяется. Правда, 4 апреля 1946 г. Сталин пишет Капице письмо с пожеланием «встретиться и побеседовать». Однако встреча П. Л. Капицы и И. В. Сталина так никогда и не состоялась (хотя за Капицей был закреплен статус научного советника Сталина, которому нравились нелицеприятные оценки Капицы по поводу деловых ситуаций и отдельных людей).

Невероятно, что были еще подобные случаи, чтобы кто-либо посмел пожаловаться Сталину на Берию. Петр Леонидович снял с себя ответственность за образ действий, с которым был принципиально не согласен. Сталин произнес Берии известную фразу: «Я тебе его сниму, но ты его не трогай». И всесильный Берия смирился! Петр Леонидович был отстранен от всех своих административных обязанностей и поселился на своей даче на Николиной Горе в Подмосковье. Постановлением Правительства Капица был освобожден от должностей начальника Главкислорода и директора Института физических проблем. По существу, он находился тогда в ссылке, и очень немногие из его прежних друзей осмелились навещать его. Среди посещавших его был писатель М. Пришвин (см. «Встречи с опальным боярином советской власти»[ 10 ]).

Петр Леонидович был лишен возможности работать в Институте физических проблем. Написав письмо Сталину, он допускал, что потеряет пост начальника Главкислорода, однако не ожидал отстранения с поста директора созданного им института. Но, не теряя присутствия духа, на своей даче он создал из подручных средств «лабораторию, где провел оригинальные теоретические исследования по гидродинамике (волновое течение тонких слоев жидкости), механике (маятник Капицы) и электронике СВЧ (ниготрон)».[ 11 ] Одновременно он активизировал свое непосредственное участие в работе высшей школы. В 1947 г. в МГУ был открыт новый факультет - физико-технический, (который в дальнейшем был преобразован в Московский физико-технический институт). Петр Леонидович вместе с С. А. Христиановичем и А. С. Яковлевым был инициатором его создания, назначен заведующим кафедрой общей физики физико-технического факультета МГУ и в сентябре 1947 г. приступил к чтению лекций по общей физике. Следует особо отметить, что для подготовки инженеров-исследователей по новейшим перспективным отраслям знаний П. Л. Капица в полной мере использовал предложенный и реализованный им же в 1919 г. совместно с А. Ф. Иоффе опыт первого в мире факультета такого рода - физико-механического факультета Петроградского политехнического института.

Лекции Капицы были увлекательны не только из-за интересного содержания, но и интригующей манеры, в которой он их читал. Они содержали мало формул, и это шокировало некоторых студентов («по глупости» как заметил В. П. Смилга[ 12 ]). Читал Петр Леонидович живо и неформально. В 1947-1949 г. профессор и заведующий кафедрой общей физики Капица читал курс общей физики попеременно с Ландау.

В конце декабря 1949 г. вся страна торжественно отмечает 70-летие со дня рождения И. В. Сталина. Юбилейные собрания проходят в Академии наук и на физико-техническом факультете МГУ. П. Л. Капица не присутствует ни на одном, ни на другом - и получает письмо от проректора МГУ С. А. Христиановича, которое завершается словами: «Согласитесь, что нельзя доверять воспитание научной молодежи лицу, которое демонстративно противопоставляет себя всему нашему народу».[ 13 ]

24 января 1950 г. приказом заместителя министра высшего образования СССР он освобожден от работы в МГУ «за отсутствием педагогической нагрузки». 1 июня приказом директора Института кристаллографии АН СССР А. В. Шубникова зачислен на должность старшего научного сотрудника «с исполнением обязанностей консультанта». По свидетельству дочери И. Я. Маршака, его соседки по даче, был момент, когда семью Капицы даже выселили из большой дачи в сторожку при ней.

5 марта 1953 г. умер И. В. Сталин, 26 июня был арестован Л. П. Берия. 28 августа постановлением Президиума АН СССР «О мерах помощи академику П. Л. Капице в проводимых им работах» в структуре Отделения физико-математических наук АН СССР (на базе никологорской «Избы физических проблем» - тоже ИФП!) создается Физическая лаборатория АН СССР. П. Л. Капица назначен ее заведующим.

Наконец П. Л. Капица снова в Институте физических проблем, куда он возвратился в 1954 г., начал изучение свойств плазмы. 28 января 1955 г. он вновь назначен директором этого института, а 3 июня - главным редактором «Журнала экспериментальной и технической физики» СССР. Вопрос о возвращении института Капице обсуждался на самом высоком уровне. Просочилась информация (это было в начале 1954 г.), что со стороны атомного лобби возникло сильное сопротивление. Первухин, Малышев и другие выступили против, заявляя, что там «ведутся важные исследования по атомному оружию, к которым нельзя допускать Капицу»[ 14 ]. Этот период его жизни отмечен по-прежнему вниманием к соблюдению принципов и этических норм в науке, отторжением лженаучных идей. «Предоставление Петром Леонидовичем Капицей заседания своего семинара генетическим темам и участие нашего крупнейшего теоретика И. Е. Тамма в нем сделали возможным, действенным и необратимым выход научной генетики на широкую дорогу», - писал Н. В. Тимофеев-Ресовский о 304-м заседании семинара П. Л. Капицы в феврале 1956 года.[ 15 ]

Встреча П. Л. Капицы со студентами ФМФ Политехнического института в 1959 г.

В 1959 г. П. Л. Капица посещает альма-матер -Ленинградский политехнический институт. Встреча со студентами Физико-механического факультета Л ПИ (который он создавал вместе с А. Ф. Иоффе в 1919 г.) проходит волнующе и сердечно, хотя нешироковещательно и все еще в атмосфере некоторой настороженности. Автору статьи (тогда студенту 4 курса) довелось быть ее свидетелем. В 1960-1965 гг. П. Л. Капица курирует тематику научной работы кафедры физической электроники радиотехнического факультета, внимательно осматривает лаборатории кафедры. В один из таких визитов автор, уже как молодой специалист лаборатории электронной оптики, имел честь рассказывать Петру Леонидовичу о задачах и проблематике лаборатории электронной оптики, занимавшейся моделированием электрических и магнитных полей и движением в них частиц. Капица подписывает в числе шести академиков АН СССР, тесно связанных прошлым с ЛПИ, письмо в Госплан СССР и министру МВ и СО СССР о «легализации» новых специальностей радиотехнического факультета, переименованного к тому времени в факультет радиоэлектроники, как исследовательских специальностей, об использовании инженеров-физиков непосредственно для исследовательских учреждений АН СССР и промышленности (борьба с бюрократически-формальной системой распределения молодых специалистов, с перекосами и формализмом централизованного распределения, за повышение его эффективности).

Руководство страны, несмотря на «оттепель», не доверяло Капице. Он был «невыездным». В своих «Воспоминаниях» Н. С. Хрущев отмечает: «Когда умер Сталин, то у меня сохранилось двойственное отношение к Капице. С одной стороны, он признанный в мире крупнейший ученый-физик, а с другой стороны, этот ученый не дал нам возможность получить атомную бомбу раньше Америки, даже если не раньше, то не оказал нам помощи в создании советской атомной бомбы. Поэтому отношение к Капице было больше чем сдержанное... мы обменялись [мнениями] в руководстве и решили все-таки воздержаться от посылки Капицы за границу... у нас не было уверенности, что Капица в разговоре своем не проговорится с учеными, среди которых у Капицы много знакомых за границей. Поэтому мы отказались выдать разрешение на поездку. Я сейчас сожалею, что не в мое время -когда я работал - академик Капица выехал за границу»[ 16 ].