28 апреля 1911 года В.К.Арсеньева назначили производителем работ Уссурийской межевой партии в Переселенческом управлении землеустройства и земледелия. У него появилась возможность свободно заниматься изучением края. В виде исключения штабс-капитану Арсеньеву сохранили на гражданской службе офицерский чин и довольствие.

По приезде в Хабаровск В.К.Арсеньев познакомился с генерал-губернатором Приамурского края Николаем Львовичем Гондатти, о котором слышал много хорошего в Петербурге и Москве. Программа действий нового Главного начальника края, так иногда называли эту должность, была широкой: активная переселенческая политика с ограниченным привлечением иностранного труда; развитие инфраструктуры, единой со странами тихоокеанского бассейна, агрономии и животноводства, кустарного производства, кредитных товариществ. В числе своих единомышленников новый генерал-губернатор хотел видеть и В.К.Арсеньева. 9 января 1912 года Арсеньев был назначен чиновником особых поручений Приамурского генералДгубернатора. Через полторы недели он уже стал исполнять должность штабДофицера «для исполнения поручений по рабочему вопросу» при Переселенческом управлении. К этому времени из СанктДПетербурга пришло приятное известие: отделение этнографии ИРГО наградило Арсеньева малой серебряной медалью за чтение лекций в 1910 году.

В феврале 1912 года Арсеньев отправился в важную командировку: в течение двух недель проверял состояние дел на Бирских каменноугольных копях и условия жизни рабочих. Вернувшись в Хабаровск, 8 марта он выступил с докладом о своей командировке в Приамурском отделе ИРГО. Через несколько дней его сообщение под названием «Река Бира, копи Бирского каменноугольного товарищества и строящаяся Амурская железная дорога» увидело свет на страницах «Приамурских ведомостей».

4 апреля 1912 года В.К.Арсеньева произвели в капитаны, а через два дня он выехал в тайгу «гонять» хунхузов. Десять месяцев провел он в командировке, обследовав за это время Никольск-Уссурийский, Иманский и Ольгинский уезды. Затем были и другие командировки.

В январе 1917 года подполковника Арсеньева зачислили в военное ведомство, а 28 марта определили в 13-й Сибирский стрелковый запасной полк. В начале мая Владимиру Клавдиевичу пришлось поехать на фронт. Однако благодаря усилиям друзей, которые посылали письма в различные инстанции, а также ходатайству Академии наук, Русского географического общества и его дальневосточных отделов перед Временным правительством, 27 мая В.К.Арсеньева сняли с поезда в Ачинске, и вернули в Хабаровск в распоряжение штаба Приамурского военного округа.

Одним из главных ходатаев за ученого в Петрограде был П.Ф.Унтербергер. Он решил организовать экспедицию с помощью Русского географического общества, членом совета которого являлся. По его просьбе Владимир Клавдиевич подготовил список своих трудов и разработал план будущей экспедиции. «Вполне сочувствую, — писал еще 27 октября 1916 года отставной генерал-губернатор В.К.Арсеньеву, — Вашему плану обследования района между низовьем р. Амура и побережьем Охотского моря; это действительно Терра инкогнита. Уездные начальники знакомы только с некоторыми, весьма ограниченными участками. Мною в былое время предполагалось туда послать комиссию для переписи инородцев и более точного распределения между ними платимого ясака. Выяснение этого вопроса находилось в связи с бывшим предположением вообще изменить налоговую систему инородцев. Пришлось по целому ряду причин тогда отложить это намерение, но оно настоятельно нужно».

Но из-за политических событий экспедиция откладывалась. В апреле 1917 года на первом съезде депутатов городских и уездных Советов было принято решение ходатайствовать перед правительством об учреждении должности комиссара по инородческим делам. 29 июня на общем съезде представителей всех сословий дальневосточного края В.К.Арсеньев был избран комиссаром по делам туземцев и с головой окунулся в новую работу. Он просил друзей в самых разных уголках Дальнего Востока посылать любую информацию о жизни коренного населения и часто сам ездил в командировки. С 3 по 12 августа, например, он был в устье Амура, а вернувшись из этой поездки, писал: «Приходится прийти к следующим выводам: 1) Если теперь же не принять каких-либо мер по обеспечению гиляков юколой, то по крайней мере, в течение шести месяцев придется снабжать их продовольствием за счет казны. 2) Главная масса рыбы не поступает к рыбопромышленникам и не остается у гиляков, а проходит через руки хищников. Значительная часть ее не попадает на русские рынки. Много рыбы увозится куда-то (быть может, в Корею и Японию) на корейских шаландах. На это обстоятельство тем более надо обращать внимание, что способ засолки рыбы корейцами близок к японскому. 3) Все лица, не принадлежащие к инородцам и живущие в их стойбищах, обычно выступают в роли самых беззастенчивых эксплуататоров инородческого населения и являются элементом, губительно действующим на экономическое и моральное состояние инородцев. 4) Эксплуатацией инородцев занимаются не столько рыбопромышленники (их вина в том, что они, будучи в курсе дела, смотрят на все сквозь пальцы), сколько посредники (перекупщики рыбы) между ними и гиляками».

В сентябре В.К.Арсеньев со своим добровольным помощником Б.И.Ильенковым отправился в новую поездку, на этот раз на реку Тунгуску. Во время поездки он не упускал возможности заняться этнографией: собирал коллекции, записывал сказания. 27 сентября 1917 года Владимир Клавдиевич отметил в своем дневнике: «Перед отъездом у тунгусов всегда возникает много вопросов. Они долго являлись к нам со своими просьбами и за советами. Только в 10.30 удалось начать укладываться. В 11 часов лодки отчалили. Тунгусы вышли нас провожать вместе с женщинами и детьми. Когда лодки отплыли, тунгусы подняли крики и стрельбу из ружей. Мы помахали им фуражками, они ответили вновь криками и пальбой. Через несколько минут лодки скрылись за поворотом». В одном из своих писем исследователь писал: «Хотелось бы сделать многое для инородцев, но товарищи не хотят признавать их за людей и чинят насилия. Свободу они поняли как свободу самых жестких и грубых насилий».

В.К.Арсеньев давно мечтал организовать экспедицию на реки Олгон и Горин и посетить хребет Ян-де-Янге, чтобы ознакомиться с бытом малых народностей, обитающих там. Но поездка долго не удавалась: то по причине безденежья, то не пускало начальство. Но вот, наконец, обстоятельства сложились благоприятно. В будущую поездку напросились и два студента: Н. П. Делле и Г. Д. Куренков, изучающие этнографию. Арсеньев всегда внимательно отбирал себе спутников, но здесь выбирать было некогда, и он согласился. Владимир Клавдиевич не знал, что судьбы уготовила ему новое испытание: отныне он получит врага, который будет ненавидеть его всю жизнь. Менее всего Арсеньев мог подумать, что им окажется Куренков, производивший впечатление весьма умного молодого человека.

Первыми из Хабаровска 18 ноября 1917 года выехали студенты, а через два дня отправился и Арсеньев. Все встретились на станции Ин, откуда и начинался их маршрут. 20 декабря 1917 года Арсеньев записал в своем дневнике: «Маршрут к хребту Быгин-Быгинен. Встали еще в темноте, к рассвету пригнали оленей. Выступили как раз с восходом солнца. Тяжелый путь по болоту. Мороз около 30 градусов. От оленей валит густой пар. В воздухе искрится на солнце туманная изморось. Подъем по ключу на хребет. Снег глубиной по колено. Идти по свежепротоптанной оленьей тропе очень тяжело. Можно сказать, что подъем на хребет начался в 10 часов утра и длился до самых сумерок». Спустя много лет, 22 февраля 1929 года, В.К.Арсеньев опубликовал в газете «Красное знамя» свой рассказ «Быгин-Быгинен», в котором описал впечатления об этих горах.

Когда выдавалась свободная минута, Владимир Клавдиевич занимался этнографией. Ему очень повезло в стойбище Кукан, где он встретил весьма словоохотливого шамана Дтунгуса, рассказавшего много интересного о своем крае.