Часто говорил старец Варсонофий о приближении дней лютых, до которых он сам не доживет, но ученик его доживет, и на его долю выпадут многие страдания. Не случайно старец заводил разговоры о близкой смерти – здоровье его ухудшалось, он часто повторял, что мечтает лишь о том, чтобы последний вздох свой испустить на руках ученика своего Николая.

Но все случилось не так, как хотелось старцу. Как читатель уже знает, старец Варсонофий в 1912 году был отправлен в почетную ссылку настоятелем в Старо-Голутвинский монастырь. Эта ссылка окончательно подорвала и без того слабое здоровье старца. Николай не смог поехать с ним, старец умирал на руках брата Николая, Ивана Беляева, также духовного сына старца, отправившегося вместе с ним в Голутвин. На руках брата любимого ученика скончался старец Варсонофий. Почувствовав приближение смерти, он обнял за шею неотлучно находившегося у его ложа Ивана, пригнул его голову к себе на грудь с долго шептал ему, что скоро его самая главная встреча и совсем иная жизнь. С этими словами старец скончался. Иван сам закрыл глаза старцу и вернулся в Оптину пустынь, сопровождая его тело. Николай в это время тяжело заболел и был настолько плох, что даже не смог присутствовать на похоронах своего учителя и духовного наставника.

В 1915 году Николай был пострижен в монахи с именем Никон, в честь святого мученика Никона, а 3 ноября 1917 года был удостоен сана иеромонаха. Вскоре после революции отец Никон был рукоположен в иерея. Начинались годы тяжелых испытаний.

10 (23) января 1918 года декретом СНК РСФСР Оптина пустынь была закрыта. Остававшиеся в пустыни монахи попытались сохранить ее под видом сельхозартели. Отец Никон работал письмоводителем в канцелярии, только теперь не монастырской, а сельхозартели. Монахов оставалось в обители всего ничего – человек пятнадцать. Чтобы как-то прокормиться «артели», приходилось каждому работать за троих, часто не хватало времени даже на богослужения. Но оставшиеся монахи стойко переносили все испытания, понимая, что они посланы для испытания веры и укрепления на крестном пути.

17 сентября 1919 года последовал первый арест отца Никона. Его заключили в Козельскую тюрьму, даже не потрудившись предъявить хоть какие-то обвинения. Бог оберегал его: отец Никон был освобожден и вернулся в обитель.

Летом 1923 года была упразднена и «артель», монастырь перешел в ведение Главнауки как исторический памятник «Оптина пустынь». Сам монастырь был окончательно закрыт, оставалось двадцать рабочих при музее, остальных выставили на улицу. Последний оптинский настоятель, архимандрит Исаакий II, отслужил последнюю литургию в Казанском храме, запер его и передал ключи отцу Никону, благословив его служить в этом храме, последнем, оставленном оптинским монахам, и принимать на исповедь даже в эти трудные времена стекавшихся в обитель богомольцев. В эти годы всеобщего смятения верующие, как ни в какие другие времена, нуждались в утешении, наставлении и духовной помощи. Монах Никон взял на себя обязанности духовника и старца, став последним старцем Оптиной пустыни. Пребывавший в это время в ссылке старец Нектарий стал направлять к старцу Никону своих духовных чад.

Были у старца и враги, и недоброжелатели – у многих вызывали неприятие и скептицизм его обязанности духовника в столь раннем возрасте (отцу Никону еще не было тридцати пяти). Некоторые называли его «старцем» с иронией, намекая на несоответствие возраста и самого названия «старец». Но старец – понятие, определяемое не возрастом, а духовной зрелостью.

Старец Никон был всегда терпелив к обидчикам, ласков с духовными детьми, которые его любили и доверяли ему. Отец Никон был не по годам мудр, рассудителен, к тому же старец Варсонофий сумел передать ему многое из своего громадного опыта.

После того как закрыли для посещений и служб Казанский храм, последний действующий в Оптиной пустыни, старец Никон стал принимать богомольцев и прихожан в больничной кухне, там же служили и всенощные. До последней возможности старец утешал и наставлял нуждающихся в его духовной помощи.

Многими духовными дарами был наделен старец Никон, в том числе и даром прозорливости. Осталось много свидетельств проявления этого чудесного дара. Как правило, старец говорил всегда иносказательно. Часто человек понимал значение притч отца Никона только тогда, когда предсказанное событие уже свершалось. Вспоминали, например, как однажды приехала из города Гомеля к своим сестрам, шамординским послушницам, молодая девушка. Старец Никон, повстречавший ее, предсказал ей скорое замужество. Когда же девушка вышла замуж, она приехала в Оптину пустынь еще раз. Отец Никон дал ей пять красивых птичек, вырезанных из открыток, – двух птенчиков и трех пташек. Смысл подарка гостья поняла тогда, когда родила пятерых детей: двух мальчиков и трех девочек.

В июне 1924 года власти приказали отцу Никону покинуть Оптину пустынь. Старец перебрался в город Козельск. Перед тем как покинуть обитель, он произнес проповедь, в которой сформулировал простые и понятные каждому правила духовной жизни, следование которым неизбежно приведет христианина к спасению: «Постарайтесь очищать свои души исповедью, иметь добрую нравственность и благочестие, приобретите кротость, смирение, молитву, стяжите любовь. В остальном же во всем, во внешности, предадимся воле Божией, ибо воля Божия всегда благая и совершенная. Ни один волос с головы вашей не спадет без воли Божией…»

В Успенском соборе города Козельска чудесным образом появилась икона Божьей Матери «Нечаянная радость». Икону эту особо почитал старец Никон. Он счел явление иконы благословением Божьим и стал часто проводить в этом храме службы. Прихожане толпами собирались в Успенском соборе, чтобы послушать службу отца Никона. Столь широкая популярность молодого священника не могла понравиться новой власти. Несмотря на неоднократные предупреждения и запреты, отец Никон продолжал бесстрашно произносить зажигавшие в сердцах огонь веры проповеди, вел с прихожанами духовные беседы, столь нужные во времена раскола и смуты. Он не жалел ни сил, ни времени, исполняя свой пастырский долг. Не только проповедями и молитвами помогал отец Никон страждущим: с голодными он делился продуктами, которыми его подкармливали духовные дети.

Отец Никон провел в Козельске три года, оставив о себе добрую память в сердцах прихожан. Он знал, что находится под особым наблюдением ГПУ, но не только отправлял службы в храме, но и исповедовал прихожан у себя на квартире. Об исповеди приходящих он заботился в первую очередь. Он умел расположить к себе, потому что, следуя мудрым заветам старца Варсонофия, всегда учитывал возраст, воспитание, состояние здоровья, характер каждого прихожанина.

Ему часто задавали вопрос о том, не близится ли конец света, не наступил ли приход Антихриста? Отец Никон всегда отвечал так: «О времени пришествия Антихриста никто не знает, как сказано в Евангелии. Но признаки скорого пришествия Антихриста уже есть – гонение на веру, и надо ожидать, время приближается, но все нельзя точно сказать. Бывали и раньше времена, когда считали, что Антихрист пришел, например при Петре Великом, а последствия показали, что мир еще существует. Да и что толку в этом исчислении? Для меня это не важно. Главное, чтобы совесть была чиста, надо твердо держаться веры Православной, заповеди исполнять, надо жизнь проводить нравственную, чтобы быть готовым. Надо пользоваться настоящим временем для исправления и покаяния».

Конечно, отец Никон в силу своей прозорливости понимал, что встал на путь мученичества, но проповедничество не прекращал. И неизбежное зло не минуло его.

В июне 1927 года старца Никона и отца Кирилла (Зленко) арестовали. Арест отец Никон принял как неизбежность, в тюрьму последовал спокойно и с достоинством. В Калужской тюрьме в общей камере вместе с уголовниками он провел полгода. Безропотно терпел издевательства и оскорбления сокамерников, проводя время в молитвах. В этих тяжелых условиях при малейшей возможности он писал письма своим духовным детям, ободряя их и вселяя в них надежду.