Умеренные мусульмане республики, объединившиеся вокруг Черкесского муфтията, лишь с большим трудом смогли сохранить контроль над ситуацией. 11 декабря 1991 года в Черкесске прошел III Внеочередной съезд мусульман Карачаево-Черкесии и Ставрополья, на котором большинство исламских лидеров осудили действия Биджиева и призвали мусульман сохранять единство. Правительство республики, со своей стороны, поддержало муфтия Исмаила Бердиева и отказало в регистрации Имамату Карачая, который постепенно выродился в откровенно маргинальную структуру⁷⁹.

Со временем ситуация в исламском сообществе Карачаево-Черкесии стабилизировалась, однако события осени 1991 года стимулировали появление в карачаевских селах Малокарачаевского и Карачаевского районов республики крупных общин ревнителей «чистого» ислама, известных как «карачаевские джамааты». Ответственность за их возникновение власти возлагали непосредственно на Биджиева-Карачая.

Между тем ситуация в других регионах Северного Кавказа пока оставалась спокойной. Автономные муфтияты были созданы в Ингушетии, Северной Осетии – Алании, Кабардино-Балкарии и Адыгее. Этим молодым ДУМам посчастливилось избежать серьезных внутренних проблем на начальном этапе своей истории и укрепить позиции в преддверии неизбежной атаки радикалов.

Таким образом, ни в Дагестане, ни в Чечне, ни в Карачаево-Черкесии ваххабитам и сторонникам политизации ислама не удалось столь же эффективно воспользоваться плодами распада СССР, как это сделали их единомышленники в Таджикистане. Традиционные мусульмане смогли отбить первые атаки и отсрочить угрозу междоусобной войны, однако время играло на руку их противникам.

Драматические события начала 1989 года, приведшие к смене власти в САДУМ и ДУМСК и их последующему распаду, стали грозным предупреждением для председателей ДУМ Закавказья и ДУМ Европейской части СССР и Сибири (ДУМЕС). Впрочем, серьезных оснований для беспокойства у них пока не было – конец перестройки ознаменовался истинным расцветом деятельности этих управлений, которые, наконец, смогли освободиться из-под навязчивой опеки Совета по делам религий и прекратить выплату обременительных взносов в Фонд мира.

16—25 августа 1989 года в Поволжье и Башкирской АССР прошли торжества, посвященные 1100-летию принятия Волжской Булгарией ислама и 200-летию Духовного управления мусульман Европейской части СССР и Сибири ДУМЕС. Эти мероприятия по своему масштабу были вполне сопоставимы с празднованием 1000-летия Крещения Руси, состоявшегося годом раньше. С приветствием к участникам торжеств обратились Святейший Патриарх Московский и всея Руси Пимен, Совет министров РСФСР и целый ряд региональных чиновников высшего звена⁸⁰. К торжествам были приурочены закладки и открытия мечетей в Уфе, Казани, Набережных Челнах и Нижнекамске. В праздновании двойного юбилея приняли участие видные зарубежные гости, послы мусульманских стран и представители международных общественных организаций⁸¹.

Одним из итогов юбилейных торжеств стало предоставление ДУМЕС режима наибольшего благоприятствования со стороны государства. Достигнутые успехи были закреплены на V съезде этого управления, прошедшего 6–8 июня 1990 года в Уфе. Участие в нем приняли более 700 делегатов и гостей из России, республик Союза, 36 зарубежных стран, представители международных исламских организаций – Всемирной исламской лиги, Организации Исламской конференции и Лиги арабского мира. Главным результатом съезда стало укрепление властной вертикали ДУМЕС, ранее сильно ослабленной вмешательством уполномоченных по делам религии, и упорядочение процесса подготовки кадров духовенства, который стал приобретать стихийный характер. Была также определена новая финансовая политика ДУМЕС, предусматривавшая прекращение отчислений в советские общественные фонды и создание собственных экономических структур. Важнейшим для последующего развития событий решением V съезда стало пожизненное закрепление за председателем ДУМЕС Талгатом Таджуддином духовного звания муфтия и присвоение ему особо почетного титула «шейх-уль-ислам»⁸².

Действительно, положение муфтия Талгата Таджуддина на том момент было довольно прочным – ведь он сумел своевременно обратить новые политические реалии на пользу мусульман. Усилиями председателя ДУМЕС были заложены десятки мечетей и образованы сотни новых общин, стали возрождаться системы мусульманского образования и средств массовой информации⁸³. В мае 1990 года на совещании глав четырех советских ДУМов Таджуддин был избран председателем Управления международных связей мусульманских организации СССР, что позволило ему активизировать контакты с зарубежными единоверцами. В 1991 году председатель ДУМЕС возглавил первую группу паломников, после длительного перерыва получивших возможность совершить хадж⁸⁴.

Финансовое положение ДУМЕС также не внушало никаких опасений. Как и Русская Православная Церковь, это управление долгое время не имело возможности тратить стекавшиеся к нему деньги на такие расходные статьи, как строительство новых храмов или миссионерскую деятельность, что в итоге позволило накопить ему солидный капитал. Имевшиеся в распоряжении ДУМЕС средства позволяли не только выплачивать достойную зарплату имамам и с легкостью финансировать возведение немногочисленных пока мечетей, но и всерьез обсуждать вопрос о приобретении собственного самолета.

Впрочем, были и недовольные. Благостная атмосфера V съезда оказалась нарушена выступлением казанского имама Габдуллы Галиуллина, раскритиковавшего руководство ДУМЕС за пассивность и недостаточное внимание к нуждам мусульман. В ответ на свою речь Галиуллин получил яростную отповедь ответственного секретаря ДУМЕС Нафика Аширова, который в то время ревностно защищал интересы муфтия Талгата Таджуддина. Ревностность эта, правда, быстро сменилась ненавистью после того, как Таджуддин предложил Аширову освободить престижную должность ответственного секретаря и возвратиться простым имамом на родину – в сибирский город Тобольск. Затаивший глубокую обиду Нафик Аширов начал готовить заговор по свержению Таджуддина и сумел привлечь на свою сторону целый ряд влиятельных имамов, которые в разное время претерпели от председателя ДУМЕС личные обиды⁸⁵.

Помимо внутренней оппозиции, серьезную опасность для ДУМЕС стали представлять и мусульманские политические структуры, возникшие на волне религиозного ренессанса. Их радикально настроенные вожди и не думали признавать авторитет духовных лидеров, открыто обвиняя имамов в связях с КГБ и предательстве простых мусульман. Муфтий Талгат Таджуддин вовремя оценил исходящую от мусульманских партий угрозу, однако помешать их развитию он не мог.

17—18 февраля 1989 года Первый всетатарский съезд учредил «Народное движение в поддержку перестройки – Татарский общественный центр», впоследствии известное как Всесоюзный татарский общественный центр (с 16 февраля 1991 года) и Всетатарский общественный центр (с начала 1992 года). Новое движение стало «материнской» структурой для большинства радикальных националистических партий Татарстана⁸⁶. 27 апреля 1990 года в Казани прошел учредительный съезд Татарской партии национальной независимости «Иттифак» («Согласие»), созданной на базе радикального крыла Всетатарского общественного центра, а 12–13 октября в татарстанской столице состоялся учредительный съезд партии «Азатлык», взявший на себя функции молодежного крыла Всетатарского общественного центра⁸⁷. В 1989–1991 годах подобные татарстанским этнорелигиозные партии были созданы также в Башкортостане и целом ряде других «мусульманских» регионов.

Среди множества новообразованных партий и движений наиболее выраженный религиозный характер имела Исламская партия возрождения (ИПВ), учрежденная 9 июня 1990 года в Астрахани на съезде мусульманских обществ СССР (преимущественно таджикистанских, дагестанских и чечено-ингушских). В работе этого съезда приняли участие 179 делегатов, общее же число присутствующих превысило тысячу человек. По его итогам были приняты программа и устав партии, а также «Обращение к мусульманам Советского Союза», избраны партийные руководящие органы. Амиром (руководителем) Совета улемов ИПВ стал дагестанец Ахмад-кади Ахтаев, пользовавшийся определенным авторитетом среди мусульман своей республики⁸⁸.