Стартовавшая в преддверии распада СССР инфляция и резкое падение курса рубля привело к значительному повышению цен на хадж, что сделало его недостижимой мечтой для многих желающих. 3 июня в Махачкале начался стихийный сход мусульман, протестующих против повышения цен. Лидером митингующих стал Хасбулат Хасбулатов, заместитель председателя исполкома организации «Джамаатул муслими» – исламской партии, образованной в Ленинском районе Дагестана в марте 1990 года. 13 июня бессрочный митинг перерос в беспорядки, закончившиеся попыткой штурма здания Совета Министров Республики Дагестан и гибелью одного демонстранта⁶⁵. В этой трагической истории ДУМ Дагестана не предприняло никаких попыток урегулировать ситуацию, чем подорвало к себе доверие у части верующих⁶⁶. Июньские события стимулировали рост автономных от ДУМ Дагестана исламских политических организаций, в том числе и радикально настроенных⁶⁷.

Кризис в дагестанской умме продолжал углубляться и вскоре достиг своего апогея. 29 февраля 1992 года в Махачкале прошел I съезд мусульман Дагестана, результатом которого стало смещение муфтия ДУМ Дагестана Багаутдина Исаева. Среди предъявленных ему обвинений значились неуспешная политика в сфере мусульманского образования, слабая помощь мечетям, авторитарные методы руководства, финансовые просчеты, а также попытки создать особое духовное управление мусульман для тюркоязычных народов⁶⁸. Новым председателем ДУМ Дагестана был избран аварец Ахмед Дарбишгиджиев, однако Багаутдин Исаев не признал законность своего смещения и создал собственный, кумыкский, муфтият. Вскоре его примеру последовали лезгинские и даргинские духовные лидеры, недовольные засильем аварцев в ДУМ Дагестана. Начался раскол ДУМ Дагестана по национальному признаку, приведший к появлению по меньшей мере четырех этнических ДУМ: аварского (ДУМ Дагестана), кумыкского (Кумыкское ДУМ Дагестана), лезгинского (ДУМ Южного Дагестана) и даргинского (Даргинский казыят)⁶⁹.

Разделение на этнической основе пагубно отразилось на дальнейшей судьбе дагестанской уммы, которая немедленно потеряла позиции лидера исламского возрождения в России и на долгое время стала его аутсайдером. Конфликтом между традиционными мусульманами не замедлили воспользоваться ревнители «чистого» ислама и дружественные им партии, которые стали стремительно захватывать рычаги воздействия на дагестанский ислам. Однако победное шествие ваххабитов было неожиданно остановлено их бывшими союзниками по подпольной борьбе – тарикатистами, которые имели свои планы на дагестанскую умму. В этой борьбе, имевшей как идеологическое, так и вооруженное измерение, стали вырисовываться фигуры новых исламских лидеров республики, среди которых первое место по влиянию занял авторитетный устаз тарикатов накшбандийя и шазилийя, аварский чабан Саид Ацаев, более известный как Саид-афанди Чиркейский. Именно он через 5 лет стал истинным лидером умеренных мусульман Дагестана, одновременно распространив свое влияние и далеко за пределы этой республики⁷⁰.

Начало 90-х годов ознаменовалось новыми проблемами и для мусульманских сообществ других северокавказских регионов. Развал СССР особенно больно ударил по мусульманам Чечни и Карачаево-Черкесии, которые стали заложниками политических баталий на почве воинствующего сепаратизма.

В начале сентября 1991 года национальные гвардейцы президента Чечни Джохара Дудаева захватили здания Совета министров, радио– и телецентра, а затем взяли штурмом Верховный совет республики. Всю полноту власти в Чечне стал олицетворять психически нездоровый генерал Джохар Дудаев, который в своих политических амбициях намеревался активно использовать исламский фактор⁷¹. Этот фактор, правда, понимался мятежным генералом весьма своеобразно, что можно предположить из его призывов ввести для чеченских мусульман обязательную четырехкратную молитву (сунниты молятся пять раз в день, шииты – три, совмещая по две молитвы). Впоследствии Дудаев утверждал, что Чечню в ислам втолкнули действия федерального центра, однако на самом деле в планах чеченского президента исламу изначально отводилось место главного катализатора борьбы за независимость⁷². Еще в мае 1991 года II Общенациональный съезд чеченского народа, состоявшийся при его активном участии, указал свой задачей-максимум создание независимого исламского государства⁷³.

Полное религиозное невежество Джохара Дудаева вкупе с навязчивым желанием поставить ислам на службу своим сомнительным интересам оттолкнуло от него большую часть духовенства. Впрочем, это не смутило генерала, и вскоре его сторонники решили возникшую проблему, создав пропрезидентский Высший исламский совет Чеченской Республики (позже известный как Духовный центр мусульман Чеченской Республики)⁷⁴. Подобной административной реформе чеченского ислама весьма способствовало отсутствие у него признанного лидера – созданное в 1989 году ДУМ Чечено-Ингушской Республики приостановило свою деятельность в связи с разделом этого региона, а отдельный чеченский муфтият еще находился в процессе формирования.

Открытое вмешательство Дудаева во внутрисламские дела сплотило оппозиционных ему имамов, и уже 14 октября 1991 года Совет имамов Чеченской Республики образовал независимое ДУМ Чеченской Республики (ДУМ ЧР), муфтием которого был избран авторитетный богослов Магомед-Башир Арсанукаев. В ответ на это сторонники Дудаева создали альтернативный ДУМ ЧР Исламский центр Чечни, в который вошли продудаевские представители духовенства. В республике начался затяжной конфликт двух исламских центров, который по прошествии 10 лет выглядит героической попыткой традиционных мусульман Чечни противостоять радикализации ее уммы⁷⁵.

Борьба традиционных и продудаевских мусульман в Чечне развивалась на фоне роста междутейповых противоречий и нарастающего соперничества между двумя ведущими тарикатами республики – кадирийей и накшбандийей. К лету 1992 года Исламский центр Чечни в союзе с новообразованной организаций «Мехк Кхел» (Советом старейшин) решил покончить с муфтиятом и 4 июля 1992 года на созванном для такого случая съезде мусульман объявил о его роспуске. В свою очередь, руководители ДУМ ЧР незамедлительно объявили решения съезда незаконными и 6 августа 1992 года провели альтернативный съезд исламского духовенства. Этот съезд поддержал муфтия Магомеда-Башира Арсунукаева и объявил о расформировании Исламского центра Чеченской Республики, а также всех ««исламских» политических партий и групп». Баланс сил в религиозной сфере временно восстановился, хотя противостояние ДУМ ЧР и Исламского центра Чеченской Республики обострилось до крайней степени⁷⁶.

Параллельно с дудаевским переворотом в Чечне резко осложнилась ситуация и в новообразованной Карачаево-Черкесской Республике. Многонациональную мусульманскую общину республики давно беспокоили трения между карачаевцами и черкесами, однако произошедший в ней конфликт не имел этнической подоплеки. Сторонами этого конфликта стали карачаевцы, разделившиеся на защитников ДУМ Карачаево-Черкесской Республики и Ставрополья во главе с муфтием Исмаилом Бердиевым и приверженцев альтернативных мусульманских центров: Оргкомитета мусульманских общин по строительству медресе в селе Учкекен и Совета имамов Малокарачаевского района, общее руководство над которыми осуществлял активист Исламской партии возрождения Мухаммад Биджиев, известный также под оперативными псевдонимами Мухаммад Карачай и Мухаммад Биджи-уллу⁷⁷.

Требования, выдвигавшиеся оппозиционерами, носили в основном политический характер. 17 ноября 1991 года они организовали митинг, посвященный годовщине провозглашения Карачаевской Республики[2], и объявил его бессрочным. Несмотря на то, что все ключевые посты в Карачаево-Черкесской Республике заняли карачаевцы, сторонники Биджиева заявляли о продолжающейся дискриминации своего народа и требовали возродить мононациональную Карачаевскую Республику. 30 ноября в Карачаевске началось очередное собрание биджиевцев, провозглашенное I Съездом мусульман Карачая. На этом съезде было объявлено о создании нового религиозного центра – Имамата Карачая во главе с Биджиевым⁷⁸.