23 января 1794 года Екатерина II подписала Именной Указ «О бытии в Таврической области Магометанскому Духовному Правлению под председательством муфтия», однако это Духовное управление было создано лишь в 1831 году, на основании дополнительного указа Николая I. Политику Екатерины II по отношению к исламу продолжил и ее сын. В 1797 году император Павел I указал напечатать в казенной Азиатской Типографии 3600 экземпляров «Алкорана» (Корана) и «разослать для продажи в те Губернии, где населены народы Магометанского вероисповедания»²⁶. Примечательно, что изданные в России Кораны славились своим качеством далеко за ее пределами и получали высокие отзывы европейских востоковедов. С 1800 года были сняты все ограничения на издание мусульманской религиозной литературы²⁷.

С 1805 года стали издаваться указы, призванные упорядочить жизнь мусульман Закавказья²⁸. Первоначально управление ими поручалось ахунду, «имеющему смотрение над всеми муллами», а к 1872 году была выстроена вертикали власти из двух правлений – Шиитского духовного во главе с шейх-уль-исламом и Суннитского духовного во главе с муфтием²⁹.

25 июля 1810 года в соответствии с манифестом «О разделении Государственных дел на особые управления с означением предметов каждому управлению принадлежащих» курирование исламских вопросов было поручено новообразованному Главному управлению духовных дел Иностранных исповеданий. Впоследствии Главное управление духовных дел было переименовано в департамент, в 1817 году вошло в состав Министерства духовных дел и народного просвещения, а в 1832 году было передано Министерству внутренних дел³⁰.

К концу первой трети XIX века мусульманское духовенство было окончательно встроено в систему государственного управления. Его представители имели весьма неплохое жалованье, могли свободно выезжать на хадж (к середине XIX века число паломников ежегодно составляло 8—10 тыс. человек), строить мечети, основывать медресе и издательства. Со своей стороны, Духовные управления были обязаны жестко следить за моральным обликом духовенства, а также гарантировать его лояльность Государю. Конец XIX и начало XX века часто называют «золотым веком» российского ислама, который в это время стал весьма уважаемым и влиятельным сообществом в масштабах всего исламского мира.

Особое значение российские власти придавали институту военного мусульманского духовенства – полковые муллы служили при многих частях, получая аналогичное полковым священникам жалованье (а нередко и большее)³¹, рекруты-мусульмане приносили присягу в мечетях³². С 1845 года должности военных имамов были введены во всех портах Российской империи³³. Ко времени Первой мировой войны мусульманам-военным были предоставлены возможности питаться халяльной пищей и получать приемлемые для них награды – например, сделанный в виде медали Георгиевский крест. Мусульмане служили в гвардейских частях, их дети свободно учились в кадетских корпусах, а из лучших кавказских наездников была сформирована Дикая или Туземная дивизия, в составе которой было 6 полков – Дагестанский, Кабардинский, Чеченский, Ингушский, Черкесский и Татарский общей численностью до полутора тысяч человек³⁴. Следует отметить, что первая мечеть в Москве, ныне именуемая Исторической, была построена в ознаменование подвигов татарских и башкирских полков, доблестно сражавшихся в Отечественной войне 1812 года.

За хорошую службу муфтии и муллы получали те же привилегии, что и представители православного духовенства. Так, известно, что кавказский муфтий Хусейн Гаябов за особые заслуги перед государством был награжден высоким орденом Святого князя Владимира³⁵. Примечательно, что в 2001 году такой же орден был вручен Святейшим Патриархом Московским и всея Руси Алексием II председателю Управления мусульман Кавказа шейх-уль-исламу Аллахшукюру Паша-заде.

Политика Российской империи по отношению к исламу была сформулирована в точной фразе из постановления Государственного Совета в 1887 году. «Мусульмане свободны в отправлении своего культа при условии, что это не будет вредить Православной Церкви», – говорилось в нем³⁶.

Во второй половине XIX века в среде Поволжской интеллигенции возникло реформаторское движение джадидизм (от араб, «усул-и-джадид» – новый метод), которое изначально касаясь только области образования, впоследствии затронуло и другие стороны жизни мусульманского сообщества. К 80-м годам XIX века джадидизм оформился в мощное общественно-политическое движение, представители которого требовали реформировать духовное образование, а также призывали развивать науку, просвещение и книгоиздание. Именно джадиды стали в 1905 году инициаторами создания первой мусульманской политической партии – либерально-демократического движения «Иттифакаль-муслимин».

Принятый в 1905 году Закон о веротерпимости мало сказался на жизни мусульман, которые и без него пользовались большой свободой, однако именно в начале XX века им удалось построить мечети в некоторых городах Центральной и Северо-Западной России – Санкт-Петербурге, Твери, Ярославле и Костроме³⁷.С другой стороны, именно принятие этого закона привело к активизации политической жизни российской уммы.

15 августа 1905 года в Нижнем Новгороде на пароходе «Густав Струве» тайно прошел I Всероссийский мусульманский съезд, в котором приняло участие около 120 человек. По итогам съезда был одобрен царский манифест от 6 августа о созыве Думы и принято решение о создании общероссийской организации мусульман. II Всероссийский мусульманский съезд также тайно состоялся в январе 1906 года в Санкт-Петербурге. На нем были приняты решения о создании политической партии «Иттифак-аль-муслимин» и поддержке кадетов на выборах в I Государственную Думу. Ключевым положением платформы «Иттифака» стало требование о предоставлении мусульманским народам России права на самоопределение³⁸. И после 1917 года они получили это право, что привело исламское сообщество к немедленному организационному коллапсу, последствия которого дают о себе знать до сих пор.

В августе 1906 года в Нижнем Новгороде уже вполне легально прошел III Всероссийский мусульманский съезд. В числе прочих документов он принял проект общего управления мусульман России из 13 пунктов. Так, муфтиев предполагалось переименовать в шейх-уль-исламов, а во главе их поставить раис-уль-улема, который бы имел право личного доклада императору о нуждах мусульман. При этом предполагалось также ввести пост шейх-уль-ислама для Туркестана и Семиреченской области и образовать там отдельное духовное правление. Последняя инициатива была воплощена в жизнь уже при советской власти, которая в 1944 году инициировала создание ДУМ Средней Азии и Казахстана³⁹.

3 декабря 1913 года 39 членов Государственной Думы внесли законодательное предложение об учреждении особого духовного управления для мусульман Северного Кавказа «по образцу Закавказского муфтията». Совет министров, приняв во внимание заключение министра внутренних дел, «нашел означенное предложение неприемлемым, как затрагивающего лишь часть поставленного уже Министерством внутренних дел на очередь общего вопроса об упорядочении высшего управления делами магометан в тех местностях Империи, где такового управления не имеется»⁴⁰. В итоге Северокавказский муфтият был создан только в 1944 году.

Октябрьский переворот 1917 года и события, последовавшие за ним, в корне изменили положение исламского сообщества страны. Первое десятилетие существования Советской России, а затем Советского Союза не сопровождалось серьезными притеснениями мусульман, и даже способствовало бурному росту политической активности в мусульманской среде.

Уже в апреле 1917 года в Уфе прошел губернский съезд мусульман, главной целью которого стала подготовка к I Всероссийскому съезду мусульман. На этом съезде, открытие которого состоялось 1 мая 1917 года, было выдвинуто требование об автономии «тюркско-татарских мусульман внутренней России и Сибири» и о создании представительного органа «тюркско-татарской нации» – Милли Меджлиса.