Намного более успешными стали действия князя Шах-Али Муромского, сторонники которого смогли осуществить переворот в Казанском ханстве и пригласить его на трон. Попытка московского руководства воспользоваться этим и вновь ввести там свою администрацию (как было при Иване Третьем) окончилась неудачей. Русские войска в Казань не впустили. Более того — эта попытка оттолкнула от Муромского князя многих сторонников и через несколько месяцев он был свергнут. Шах-Али был вынужден бежать в Муром.

В декабре 1546 года Великий князь Иван объявил о своём намерении жениться.

Причём исключительно на русской княжне или боярышне, заранее отвергая все иностранные перспективы. Но прежде этого, заявил великий князь, он желает венчаться на царство. С этих пор шестнадцатилетний великий князь как внутри, так и вне государства принял титул, которого не решались принять ни его отец, ни его дед — титул царя. 16 января 1547 года в Успенском Соборе Московского Кремля митрополит Макарий венчал Ивана Васильевича шапкой Мономаха как царя и великого князя всея Руси.

Формально на Руси царей не было никогда. Со времён Владимира царями называли Византийских монархов, а потом — Ордынских ханов. По русским представлениям царский титул был формально равен императорскому. Эта коронация стала объявлением претензий на наследие двух империй — Византийской и Золотой Орды.

Наследие Византии в тот момент имело духовный характер — Москва становилась новым центром православия. Наследие улуса Джучи было более материальным — молодой царь требовал подчинения от всех государств, образовавшихся после распада Золотой Орды.

Примечательно, что наиболее сильные вассалы московского государя на этой коронации не присутствовали. И Игорь Сестрорецкий, и Шах-Али Муромский имели основания претендовать на наследие монгольской империи. И, разумеется, ханы Крымский, Казанский, Астраханский и Ногайский также не признали этой коронации.

Московские дипломаты начали длительную борьбу за её признание. В ходе этого конфликта влияние "северян" снова стало расти. Именно наиболее видные представители этой группировки — братья Воротынские, Серебряный — старший (Петр) и Сабуров ездили в Сестрорецк и договаривались о признании князем язычников царского титула Ивана. После этого и Муромский князь (считавшийся главой русских мусульман) признал произошедшую коронацию. 3 февраля 1547 г царь Иван женился на Анастасии Романовне, дочери окольничего Романа Юрьевича Захарьина-Кошкина. На свадьбе присутствовали представители как Игоря, так и Шах-Али. Они публично именовали Ивана Васильевича царским титулом.

Вскоре после венчания в Москве случилась серия сильнейших пожаров, в ходе которых город выгорел почти полностью. Толпа обвинила в них ближайшее окружение царя — Глинских. Часть из них была растерзана. Масштабные беспорядки с немалым трудом были подавлены. В результате Глинские полностью утратили свои позиции.

С этого момента реальная власть оказалась в руках молодого государя. За влияние на него (не за возможность руководить страной, а всего лишь влиять на государя!) боролись несколько группировок. Одну можно назвать "церковно-княжеской" (в неё входили самые разные силы — от митрополита до князей Шуйских и Бельских и их сторонников). Другая — все та же "северная" во главе с неизменными Зерновыми и Сабуровыми (примечательно, что в ней на первые роли выдвинулись совсем другие люди — князья Серебряные и князья Воротынские). Имелась также "южная" группировка, возникшая стараниями князя Шкурлятева-Оболенского (в неё он с переменным успехом пытался собрать своих многочисленных родственников, но вражда между ними не давала им объединиться — в частности Кашины-Оболенские оставались непримиримыми врагами Лыковых-Оболенских). И, наконец, последней из сил была немногочисленная, но очень активная группа Захарьиных-Юрьевых с родственниками (в первую очередь — с супругой царя).

Ближайшее окружение Ивана Московского сформировали представители разных сил. Так священник Сильвестр был человеком патриарха, а Алексей Федорович Адашев был приближен к царю стараниями Сабуровых (он происходил из костромского рода Ольгиных, давно и прочно связанного с "северянами"). Однако, оба они моментально начали проводить собственную линию, фактически создав собственную группировку. В течение нескольких лет именно она была наиболее верна Ивану Четвертому.

После коронации и свадьбы Иван резко активизировал казанскую политику. Уже летом 1547 года началась подготовка очередного похода на Казань. Этот поход (первый поход проведенный по воле молодого царя) был организован отвратительно. Сбор главных сил затянулся на два месяца и войска вместо декабря 1547 года выступили только в конце января 1548 (артиллерия и того позже — только в феврале). Лед на Волге уже начинал таять и армию распустили. Более удачными были действия южного отряда, под руководством Шах-Али и лучших русских воевод — князей Воротынского и Горбатого-Шуйского. Их войско в начале февраля смогло достичь Казани и осадить её. Но, не дождавшись подхода главных сил, через две недели Муромский князь принял решение отходить.

Эта неудача не обескуражила Ивана Московского, и он продолжил войну. Остаток 1548 и большая часть 1549 годов были потрачены на масштабные реформы. Создавался новый род войск (стрельцы — по образцу турецкой пехоты), реформировалась поместная конница, развивалось огнестрельное оружие (в первую очередь — осадная артиллерия). В 1549 году был созван первый Земский Собор, шло написание Судебника (эти два шага влияли на боевые действия не напрямую, а через изменение всего государственного устройства).

В результате поход 1549–1550 годов был организован намного лучше. Войска собрались своевременно, вовремя вышли к Казани и начали её осаду. В ходе артиллерийских обстрелов были уничтожены многие казанские военачальники. Однако, начинавшаяся распутица вынудила русских отступить.

Эта война выявила тупиковую ситуацию в войне. Действуя традиционными методами, ни одна из сторон не могла одолеть другую. Московское руководство было вынуждено пойти на пересмотр стратегии.

В результате следующий казанский поход был проведен летом и в нем был применен необычный ход — возведение Свияжска (крепости построенной под Угличем, а затем сплавленной к Казани), который стал главной базой русских войск в этой и последующих войнах. В результате московские силы смогли провести длительную двухмесячную осаду Казани, которая завершилась успехом. В конце июня 1551 года непримиримые противники Москвы из числа казанских мурз попытались вырваться из города, но были перехвачены полком Правой руки (во главе с князем Горбатым-Шуйским) и захвачены в плен (впоследствии большую часть из них казнили). После этого начались мирные переговоры.

Шестого июля 1551 года казанский князь Бибарс Растов и князь Муромский Шах-Али договорились о двадцатидневном перемирии. В начале августа братья Бибарс и Енбарс Растовы договорились с Шах-Али и Петром Серебряным подписать мирный договор на условиях выдачи всех русских полоняников и признания новым Казанским ханом князя Муромского. Однако, 10 августа на церемонии подписания мирного договора московские представители объявили, что Горную сторону ханства (правый берег Волги) Москва отныне считает своей территорией, как захваченную до начала переговоров. А Казанским ханством считает только левобережье Волги — Луговую сторону. Это заявление стало неожиданным не только для казанских послов, но и для Шах-Али. Даже князь Серебряный, озвучивший это требование, узнал о нем только в этот день.

По данному вопросу не было согласия даже в Москве. На максимально жестких действиях по отношению к казанцам настаивал митрополит со своим окружением. В принципе, это требование было сформировано еще при его предшественниках при Василии Третьем и с тех пор не отменялось. Однако более осторожные князья и воеводы считали подобные действия слишком авантюрными. Нельзя сказать, что по данному вопросу спорили московские группировки — скорее спор шел в каждой из группировок (так Курбский приветствовал этот шаг, а его родственник Палецкий был резко против; Шкурлятев считал его преждевременным, а Немой запоздалым; Сабуровы и Морозовы были резко против, а Воротынские — за).