В феврале 1943 года в связи с освобождением части территории Украины было организовано Управление войск НКВД Украинского округа, первоначально находившееся в г. Харьков, а в январе 1944 г. передислоцированное в освобожденный Киев. Возглавил его генерал-майор М.П. Марченков. Из состава внутренних войск в подчинение округа передавались 16, 17, 24, 25 и отдельная Сухумская стрелковые дивизии. В последствии состав войск НКВД округа менялся. Например, в апреле 1943 г. Сухумская дивизия была выведена из его состава, а переданы в округ четыре (18–21) стрелковые бригады.
Интересен также вопрос нормативно-правовой базы, определяющей основные функции и задачи внутренних войск в период Войны. Первоначально необходимой правовой обеспеченности охраны тыла Красной Армии не было. В частности, Директивой Совнаркома и ЦК ВКП(б) от 29.06.1941 определялись исключительно общие задачи внутренних и пограничных войск, в частности, обеспечение нормального функционирования военных перевозок, охрана заводов, электростанций, мостов, телефонной и телеграфной связи, борьба с дезорганизацией тыла, дезертирами, паникерами, шпионами и диверсантами, а также создание диверсионных и партизанских отрядов на оккупируемых противником территориях. При этом конкретизация задач прописывалась в ведомственных приказах, директивах и решениях командования фронтов, в оперативном подчинении которых находились подразделения войск.
Четкий правовой статус войск по охране тыла был определен только 28.04.1942 г., когда Наркоматом внутренних дел и Генштабом было утверждено Положение о войсках НКВД по охране тыла действующей Красной Армии. Помимо этого, ГУПВ НКВД в это же время была разработана Инструкция по службе пограничных войск НКВД СССР по охране тыла фронтов действующей Красной Армии. Этими нормативными документами войска руководствовались до конца войны.
Положением определялись общие принципы организации охраны тыла, задачи подразделений, порядок подчинения и управления войсками, их права и обязанности. Так, права значительно расширялись в плане предоставления чрезвычайных полномочий при охране порядка, борьбе с преступностью и нарушениями законодательства. Например, разрешалось производить обыски и задержания без санкции прокурора.
В Инструкции же регламентировались способы выполнения функций по охране тыла. В частности, проведение войсковых операций, например прочесываний, «вычесываний» (войсковые операции в населенных пунктах) и облав. Также определялся характер действий оперативных подразделений внутренних войск — истребительных групп (ИГ) и отрядов (ИО). Первые формировались из подразделений численности до взвода, вторые — до роты. Помимо этого рекомендовалось, чтобы руководство чекистско-войсковыми операциями осуществляли офицеры-разведчики или пограничники.
Впоследствии на основе боевого опыта в отдельных частях вышеуказанные документы уточнялись и разъяснялись специальными директивами.
Приказом № 00897 от 5.05.1942 г. по Наркомату внутренних дел была упорядочена штатная структура войск по охране тыла и организована система службы, а отдельные подразделения закреплялись за оперативными тылами фронтов. 14.06.1942 г. НКВД утверждает инструкцию, которая определяла характер взаимоотношений между войсками по охране тыла и частями внутренних войск НКВД. Это тем более важно, что, например, в 1944 г. на Западной Украине чекистско-войсковые операции проводились, как войсками по охране тыла, так и внутренними и пограничными войсками НКВД. В инструкции детально прописывалась компетенция каждого рода войск, в частности, указывалось, что начальники войск по охране тыла имеют право использовать части внутренних войск, которые дислоцируются в полосе охраны тыла, но не имеют право их снимать или передислоцировать.
Упрощению задач по охране тыла способствовало ноябрьское решение Ставки 1942 г. об отселении гражданского населения с 25-километровой прифронтовой полосы. В полосе отселения служба выполнялась нарядами, также организовывались два рубежа охраны тыла. В связи с этим 19.11 1942 были утверждены соответствующие указания Управлением войск по охране тыла НКВД СССР. Также отселение было проведено в связи с Директивой Ставки № 220915 от 16.05.1944, необходимость которой была вызвана резкой активизацией формирований УПА в прифронтовой полосе. Выселению до 20 мая в пределах 25-километровой полосы подвергалось все гражданское население с последующим временным запрещением проживания и доступа. Также запрещался доступ в эту полосу военнослужащим без соответствующих распоряжений. Последнее объясняется тем, что бандгруппы и диверсанты действовали, переодевшись в советскую военную форму. На протяжении мая 1944 г. из тыла трех Украинских фронтов было отселено порядка 1 млн. человек.
После освобождения советской территории от оккупантов встал вопрос об организации гарнизонной службы в населенных пунктах, взятия под охрану стратегических объектов и коммуникаций и оказания помощи в организации органов власти и управления. Постановлением ГКО от 4.01.1942 г. эти функции также возлагались на войска НКВД, а детализировались приказом по Наркомату внутренних дел от 5.01.1942. Подразделения внутренних войск передвигались вслед за армейскими боевыми порядками и должны были в течение 3–4 часов после освобождения населенного пункта взять под охрану важнейшие объекты, обеспечить помощь органам внутренних дел по борьбе со шпионами и диверсантами, организовать патрулирование и проверку документов, контрольно-пропускные пункты, выявление заминированных объектов и их разминирование, сбор и изъятие оружия.
В 1944 г. в связи с освобождением Западной Украины и выходом на государственную границу СССР на войска по охране тыла также были возложены функции по охране западной границы. Это привело к конфликту между Наркоматом обороны и НКВД — руководство органов внутренних дел потребовало снять пограничные полки с охраны тыла и дислоцировать их для охраны госграницы. Военное ведомство старалось сохранить существующий статус-кво. ГКО, по большей части, стал на сторону военных и Постановлением № 5584сс от 8.04.1944 обязал НКВД сформировать управления пограничных войск западных округов и 34 пограничных отряда за счет части войск по охране тыла, южных и восточных пограничных округов и других родов войск НКВД. Впоследствии, на конец 1944 г. численность отрядов увеличилась до 44.
На Украине было организовано три пограничных округа: Украинский под командованием генерал-майора П.В. Бурмака в составе 2, 88, 89, 90, 93, 98 и 104 погранотрядов (в сентябре 1944 г. для борьбы с УПА округу был придан 42 мотострелковый полк НКВД, резервный погранотряд и 6 авиационный полк); Прикарпатский под командованием генерал-майора Д.И. Демишина в составе 13, 24, 27, 31, 33 и 87 погранотрядов; Черноморский под командованием генерал-майора Н.З. Киселева в составе 26, 79 и 105 погранотрядов.
Сложность обстановки на украинском участке границы обуславливалась не только боевыми действиями с УПА, но также и отсутствием соглашений о демаркации границы между соседними государствами (по причине отсутствия таковых). Граница, по сути, охранялась только с советской стороны, и на ней невозможно было оборудовать нормальные инженерные сооружения (даже пограничные знаки были временные). В связи с этим наркомат внутренних дел разработал отдельную Инструкцию пограничным войскам по охране пограничной полосы между СССР и Польшей, в которой на погранвойска, помимо охраны госграницы и предотвращения ее нарушения, предписывалось также выявлять и ликвидировать националистические вооруженные формирования и организации в пограничной полосе, вплоть до разрешения преследования их на территории Польши и Румынии.
Также в пограничных округах организовывались бригады содействия погранвойскам, в частности по Украинскому было создано 209 таких бригад общей численностью 2341 человек, с помощью которых было задержано 76 нарушителей и разгромлено 3 бандгруппы.
Помимо этого следует отметить, что к борьбе с националистическими вооруженными формированиями временно привлекали не только подразделения, дислоцировавшиеся на территории Украины, но и подразделения Внутренних Войск из других районов СССР. В частности на территории Украины в 1944 году действовали:
