Таким образом, даже в первые дни в таких условиях органы госбезопасности никаких карательно-репрессивных мер не принимали, а в своей работе руководствовались исключительно распоряжениями, в которых при всём желании сложно увидеть патологическую «жажду крови». Была развёрнута планомерная работа по очистке новых территорий от нежелательных и социально опасных для новой влсти элементов, прежде всего бывших полицейских, агентов, осведомителей, провокаторов и т. д. Причем проводилась она исключительно на основании оперативных и следственных действий. Репрессии же применялись только после расследования и на основания решения судебных органов. В данном случае эти функции, учитывая военное время, выполняли военные трибуналы.

Следует отметить, что сводки о работе оперативно-чекистских групп отправлялись ежедневно, и их работа по архивным документам прослеживается достаточно четко.

Кстати, никаких народных выступлений против «советских оккупантов» по спецдонесениям оперативно-чекистских групп не наблюдается, более того:«…Население выражает удивление технике, которой располагает Красная Армия. Многие говорят: «Нам внушали, что СССР самая бедная страна, ничего не имеющая, мы теперь видим, как нас обманывали…».

Что касается ОУН и её предшественницы УВО (Украинской Войсковой Организации), то они, хотя и упоминаются в спецдонесениях НКВД, но в начальный период отдельного отражения в оперативных документах ещё не находят. О них говорится лишь в контексте директивы от 15.09.1939 г. В ней, напомним, акцентировалось внимание на планомерную оперативную работу органов госбезопасности в оуновской среде и арестах её отдельных руководящих кадров и активистов.

Однако в таком авральном режиме военного времени постоянная работа продолжаться не могла. На территории Западной Украины под руководством оперативно-чекистских групп начинают организовываться органы милиции. Как указывалось в спецдонесении В.Н. Меркулов и И.А. Серов от 9.10.1939, для этого «…нами вызвано из Управления милиции УССР 245 человек, которых распределили по пунктам: Львов — 80 чел., Луцк — 60 человек, Тарнополь — 60 человек, Станиславов — 55 человек…», организуются «дружины рабочей гвардии» и налаживается работа милицейского аппарата — уголовного розыска, паспортных отделов и т. д. Интересно, что в спецдонесениях упоминаются формирования «украинской милиции», подразделения которой организовывались на освобожденных территориях. Характерно, что вначале этот процесс осуществлялся не стихийно, а под руководством функционеров местных националистических партий. Впоследствии оперативно-чекистскими группами эти подразделения были разоружены, однако каких-либо столкновений между ними в документах не отмечено не было.

Тем не менее, с октября 1939 года в оперативных материалах НКВД начинают появляться данные о попытках подпольных структур ОУН организовать мятежи в отдельных районах вновь присоединённых западных областей Украины. Например, в сообщениях И.А. Серова на имя Л.П. Берия от 13.10. и 14.10 1939 года сообщалось: «…в начале сентября с. г. поляки оставили до особого распоряжения на запасных пунктах около ст. Золотиево эшелон с вооружением: пулеметами, винтовками и амуницией. При отходе войск эшелон остался и крестьяне селений Алексини, Шпанов, Золотиев и Городок разграбили этот эшелон и оружие спрятали для сопротивления с Советской властью.

Всей подготовкой восстания руководит ОУН. Эта организация агитировала против Советской власти, муссируя слухи, что 17.Х с. г. должны произойти крупные события и будет установлена военная диктатура…»; «…По Луцкой оперативно-чекистской группе члены националистической организации ОУН… проводили беседу по вопросу выборов Народного Собрания и говорили, что «необходимо дать наказ своим представителям, чтобы они на Народном Собрании поставили вопрос об организации «самостійної України»…».

В связи с полученной информацией органы НКВД начинают проводить первые оперативные разработки законспирированной сети ОУН, связанные прежде всего с антисоветской агитацией и срыву выборов в Народное Собрание на Западной Украине. В частности, были произведены аресты активных оуновцев по агентурному делу «Блок», были получены первые данные об организации военизированных подразделений, складов оружия и обучении боевиков. Все это привело к требованию руководства органов внутренних дел активизировать выявление участников националистических организаций на территории Западной Украины. В частности, в соответствующем приказе № 001 353 замнаркома НКВД СССР В.Н. Меркулова от 5.11.1939 г. требовалось: «… Выявить проходящих по действующим и архивным агентурным и следственным материалам участников троцкистских, белоэмигрантских, националистических, террористических и других к.-р. организаций, проживающих на территории Западной Украины и Западной Белоруссии…»

Таким образом, органам госбезопасности удалось обеспечить оперативно-чекистскую работу по наведению порядка на освобождаемых территориях, а также по фильтрации и изъятию нежелательных для советской власти социальных элементов. Также удалось предотвратить вспышки бандитизма в период боевых действий и по их окончанию, частично наладить агентурно-осведомительную работу и получить первые результаты по агентурной разработке националистического подполья, дезорганизованного на тот момент. При этом в тот период особое внимание ОУН ещё не уделялось, а разработка оуновской сети велась в контексте прочих мероприятий по выявлению антисоветских и националистических организаций. Однако это было даже не начало, а только прелюдия к началу долгой и упорной борьбы с националистическим бандитизмом.

1 ноября 1939 года высший законодательный орган СССР Верховный Совет принял Закон о включении Западной Украины в состав СССР с воссоединением ее с Украинской Советской Социалистической Республикой. В соответствии с этим законом, приказом НКВД № 001 359 от 6 ноября 1939 г. были организованы органы НКВД Западной Украины. В нём, в частности, говорилось:

1. Организовать:

а) Управление НКВД по Львовской области, с дислоцированием в г. Львове; подчиненные ему уездные отделы НКВД, перечисленные в объявляемом перечне № 1;

б) Управление НКВД по Луцкой области, с дислоцированием в г. Луцке; подчиненные ему уездные отделы НКВД, перечисленные в объявляемом перечне № 2;

в) Управление НКВД по Станиславовской области, с дислоцированием в г. Станиславове; подчиненные ему уездные отделы НКВД, перечисленные в объявляемом перечне № 3;

г) Управление НКВД по Тарнопольской области, с дислоцированием в г. Тарнополе; подчиненные ему уездные отделы НКВД, перечисленные в объявляемом перечне № 4.

…

4. Укомплектование вновь организуемых органов НКВД произвести за счет 726 человек, ранее посланных в Западную Украину; некомплект остающегося оперативного состава покрыть за счет: действующего кадра сотрудников НКВД республик, УНКВД краев и областей — 100 человек, согласно объявляемой разверстке; особых органов НКВД Киевского военного округа — 250 человек; оперативно-чекистских школ НКВД — 150 человек и пограничных органов НКВД — 100 человек.

…

6. Всех лиц, ранее направленных для работы в органах НКВД Западной Украины, считать на постоянной работе, в соответствии с чем командировочные вознаграждения этим сотрудникам — отменить…»

Таким образом, работа органов госбезопасности в Западной Украине, равно как и борьба с оуновским подпольем переходила на качественно новый уровень.