Следующий вариант Ju 88C, — истребитель-бомбардировщик, — планировалось выпускать в двух вариантах: с моторами BMW 801MA и Jumo 211B-1. В серию пошел только Ju 88C-2 с двигателем воздушного охлаждения в 1200 л.с. Вооружение состояло из 20-мм пушки MG FF и три 7,9-мм пулеметов MG17. Скорость машины достигала 502 км/час, что примерно соответствовало данным истребителя Ме 110. В дальнейшем самолеты серии С оснащались и более мощными двигателями. Ju 88C-6 с двумя 1340-сильными Jumo 211J стал самым массовым истребительным вариантом "юнкерса-88". Вооружение было очень мощным: три пулемета 7,9-мм и три 20-мм пушки. Самолеты серии Ju 88R оснащались двигателями BMW 801MA (а затем и BMW 801D) и поисковыми РЛС. Конструкция машины была аналогична Ju 88C. По требованию ВВС Ju 88A-1 был переделан в разведчик Ju 88D. Машина оснащалась фотокамерами и подвесными топливными баками. Оригинальной конструкцией явился Ju 88P — штурмовик, специализированный на борьбе с танками. Несколько вариантов штурмовика были вооружены 37, 50 и 75-мм пушками, жизненно важные агрегаты бронировались.
Серия G базировалась на конструкции Ju 88C, но оснащалась более мощным двигателем (в том числе Jumo 211E форсажной мощностью 1800 л.с.) и разнообразным радиолокационным оборудованием. На базе Ju 88D-1,G-1 был разработан сверхдальний разведчик Ju 88H. Удлинение фюзеляжа на 3,29 м позволило увеличить запас топлива. Соответственно дальность полета выросла до 5150 км. Значительно улучшенный вариант самолета Ju 88A-4 получил наименование Ju 88S. Машина приобрела аэродинамически более обтекаемую форму. Подфюзеляжная гондола стала меньших размеров. На самолетах этой серии устанавливались мощные двигатели BMW 801TJ и Jumo 213A-12 (последний — форсированной мощности при впрыске водно-метаноловой смеси 2125 л.с.). На высоте 8500 м Ju 88S достигал скорости 615 км/час. Бомбовая нагрузка составляла 2–3 тонны. Экипаж — три человека. Параллельно был разработан фоторазведчик Ju 88T. Всего было выпущено 14676 Ju 88 шестидесяти модификаций. "Юнкерс-88" быстро стал основным самолетом-бомбардировщиком Люфтваффе. Он принимал участие практически во всех операциях Второй мировой войны. Большая часть отрядов дальнеразведывательной авиации также оснащалась "восемьдесят восьмыми". Наряду с Ме 110, самолет широко применялся в ночных истребительных частях ПВО. Над морем действовали торпедоносцы Ju 88A-17, правда, в весьма ограниченных масштабах.
К нападению на Советский Союз было привлечено шесть бомбардировочных эскадр, вооруженных машинами Ju 88 (эскадры №№ 1, 3, 51, 54, 76, 77), а также отдельная 806 авиагруппа. "Юнкерсы" 3-й и 54-й эскадр принимали участие в первых налетах на Москву. Постепенно на самолеты данного типа перешли все бомбардировочные соединения на Восточном фронте, ранее оснащенные "Хейнкелями" и "Дорнье". После Курской битвы количество бомбардировочной авиации на советско-германском фронте быстро уменьшалось. Часть соединений была переброшена на Запад, где они постепенно переоснащались самолетами других типов. К августу 1944 г. на Восточном фронте остался только один отряд, оснащенный Ju 88. Это был специализировавшийся на ударах по железным дорогам 14 отряд 3 эскадры. После этого Ju 88 остались только в составе разведотрядов и частей ночных истребителей.
Отдельно следует упомянуть о применении штурмовиков Ju 88P. Создание этой модели было вызвано усилиями германского командования по ликвидации технического превосходства советских танков КВ и Т-34. Впервые штурмовик был применен весной 1943 г. против советских танковых корпусов на Украине. Самолет не получил широкого распространения, так как даже дооборудованный, не мог эффективно действовать на малых высотах, в зоне сильной ПВО. Поэтому в 1944 г. Ju 88P направлялись на вооружение ночных штурмовых эскадр. Активно использовались Ju 88 в борьбе с советским ВМФ. Эсминцы Балтийского флота "Карл Маркс" и "Сердитый" в 1941 г. стали жертвами "Юнкерсов" 806 группы, подчиненной Авиакомандованию Балтийского моря. В следующем году от их ударов погибли черноморские эсминцы "Свободный" и "Безупречный". Всего за 1941-43 гг. из числа советских кораблей класса линкор, крейсер, эсминец Ju 88 потопили пять, Ju 87 — десять, He 111 — два корабля.
“Юнкерсы-88” в течении всей войны оставались машинами, удовлетворяющими требованиям времени. Радиус действия позволял им в ряде случаев наносить удары по объектам стратегического тыла (бомбардировка в июне 1943 г. заводов Горького, Саратова и Ярославля). Однако общее изменение обстановки, переход Германии к оборонительной войне привел к исчезновению Ju 88 из состава ударной авиации Люфтваффе.
В 1945 г. ВВС Германии применили "Юнкерсы" в качестве самолета-снаряда в системе "Мистель". Система состояла из бомбардировщика, начиненного взрывчаткой, и истребителя, выполнявшего функции самолета управления. Такими самолетами-снарядами немцы пытались уничтожить переправы через Одер в марте 1945 г. Особых успехов достигнуто не было, так как точность попадания была невысокой, а сами "спарки" несли потери от огня зениток и атак истребителей.
На Крайнем Севере на начало Великой Отечественной войны имелось два подразделения Ju 88 в составе 5 Воздушного флота. На аэродроме Киркенес базировались 6 отряд 30 бомбардировочной эскадры и 1-й отряд 124-й группы дальней разведки. Последний всю войну находился на Севере, постоянно имея на вооружении "Юнкерсы-88" различных модификаций.
Один бомбардировочный отряд (6./30) на столь протяженный участок фронта не мог обеспечить решение всех задач, которые ставило перед ним командование. Поэтому вскоре в Заполярье были переброшены 4-й и 5-й отряды. Таким образом, вся II-я группа сосредоточилась на Крайнем Севере. Кроме того, по приказу Геринга из Франции 1 августа 1941 г. была переброшена I группа 30 эскадры в составе 21 машины. И, наконец, 28 декабря 1941 г. на аэродромы Северной Норвегии прибыла последняя, III группа, в составе 30 самолетов. "Юнкерсы" активно участвовали в боевых действиях. На их счету самая крупная потеря Северного флота — эсминец "Стремительный", потопленный 5 отрядом 20 июля в Екатерининской гавани. Конечно, и потери I и II групп были существенными. До октября 1941 г. II группа потеряла 26 машин, первая до конца года — 14 (в том числе небоевые потери).
С наступлением полярной зимы активность 30 эскадры резко сократилась. К тому же II группа была переброшена в центральную Россию и вновь появилась на Севере лишь в апреле 1942 г. I-я группа понесла большие потери и в феврале насчитывала всего семь машин. Поэтому единственным полнокровным подразделением в то время была III группа. Именно ее самолеты совершили первую успешную атаку на конвой PQ-13, потопив два крупных транспорта. До операции против 16-го конвоя, когда в налетах принимала участие вся 30 эскадра, эта группа вела борьбу на полярных трассах. На ее счету, кроме транспортов, британский крейсер "Тринидад". Массированным атакам подверглись три конвоя: PQ-16, PQ-17, PQ-18. Наиболее мощной была атака 27 мая, в которой участвовал 101 Ju 88. В результате, было потоплено 4 транспорта и несколько повреждено. Еще больших успехов добились пилоты "Юнкерсов" при разгроме 17-го конвоя, потопив семь судов. Но почти все суда были атакованы уже после роспуска конвоя. Немецкие потери были относительно невелики. При налетах на PQ-13 — один самолет, QP-10 — пять, PQ-16 — восемь и PQ-17 — две потерянных машины. Сосредоточив значительные силы бомбардировочной авиации, командование 5-го флота получило возможность наносить удары и по объектам глубокого тыла. Налеты августа — сентября 1942 г. на Архангельск производились с финского аэродрома Кеми "Юнкерсами" 30-й эскадры.
В сентябре 1942 г., когда ожидался очередной, восемнадцатый конвой, дополнительно прибыла еще одна группа Ju 88. На этот раз — III группа 26 торпедоносной эскадры в составе 35 торпедоносцев Ju 88. Несмотря на такое массированное применение авиации, значительные потери в судах, разгромить конвой не удалось. А ВМС и ВВС Германии понесли большие потери, в том числе 40 самолетов, из них не менее 8 "Юнкерсов"-торпедоносцев.
