1. «Библиотека» ― большой труд, представляющий значительный научный интерес, был написан еще до того, как Фотий стал патриархом. Название «Библиотека» было дано издателями этого труда. Он состоит из обзоров книг, прочитанных Фотием и его учениками, всего около 400 названий. Предисловием к «Библиотеке» взято письмо Фотия к его брату Тарасию, написанное перед самым отъездом Фотия в дипломатическую командировку ко двору халифа. Благодаря «Библиотеке» нам известно о многих сочинениях древности, которые, в противном случае, навсегда бы канули в вечность. В их числе находится много языческих авторов, а также ранних произведений святоотеческого периода, в особенности оригенистских сочинений, уничтоженных после осуждения Оригена и его последователей Пятым Вселенским Собором.

2. «Ответы Амфилохию».

3. «Мистагогия (тайноведение) Святого Духа» ― книга, содержащая опровержение латинского учения Об исхождении Святого Духа (Filioque).

4. Письма к различным лицам на дипломатические и богословские темы.

5. Собрание проповедей, отличающихся крайней многословностью и представляющих в основном лишь исторический интерес. Так, в двух проповедях сообщается о знаменитом походе руссов, дошедших до самых стен Константинополя (861 г.). Согласно сообщению Фотия, в его окружном послании восточным патриархам (866 г.), некоторые из руссов обратились в христианство. Одна из проповедей посвящена собору, низложившему папу Николая (867 г.), но в ней ни едины словом не упоминается папа, из чего следует, что Фотий не придавал большого значения препирательствау с Западом, ― для него это был лишь один из многих обсуждавшихся вопросов.

С именем патриарха Фотия связано начало догматического спора по вопросу о Filioque. Вопрос этот имел длинную предысторию, связанную с разногласиями в троичном богословии между Востоком и Западом а также с целым рядом политических и церковных недоразумений. Уже в IV веке понимание Троицы греками и латинянами было различным. Восточный подход сформировался в диспуте с арианством: ни та, ни другая сторона не сомневалась в том, что Отец, Сын и Святой Дух ― три различных Лица, но ариане отрицали их единосущие. В богословии отцов-каппадокийцев точкой отправления и основной реальностью были три Лица, три божественные ипостаси, и тайна Божества начиналась с исповедания Петра (Мф. 16, 17), с утверждения веры в божество Христа ― то есть одного из божественных лиц.

Западное троичное богословие формулируется в книге блаженного Августина о Троице (De Trinitate) и представляет собой философское определение Бога как единой Сущности, внутри Которой Лица определяются как внутрибожественные «отношения» (relationes). Оба этих подхода к Троице могли бы рассматриваться как взаимно дополняющие друг друга, но на Западе включение Filioque в Символ веры кристаллизировало латинский подход в виде неизменяемой церковной догмы, что и послужило причиной разделения между двумя частями христианского мира.

Впервые добавление Filioque к Символу веры было утверждено в Испании на Толедском соборе в VII веке. Произошло это, по-видимому, в результате недоразумения. Неискушенный в богословских тонкостях испанский король Реккаред провозгласил воссоединение визиготов с Церковью. Визиготы были арианами, и, чтобы обратить их в правую веру, испанские богословы начали выискивать в Священном Писании тексты, утверждавшие божественную природу Христа, такие как, например: «Сказав это, (Иисус) дунул и говорит им: примите Духа Святого» (Ин. 20, 22). Посылание Духа Христом справедливо рассматривалось ими как доказательство Его божественности. Чтобы разубедить еретиков, они ссылались на восточных отцов. Но при этом они не понимали, что такие аргументы не являются доказательством вечного исхождения Духа от Сына и, уж конечно, не требуют внесения добавлений к Символу веры.

Исхождение Духа Святого от Сына все же было внесено в Символ веры, постепенно стало привычным, и в VIII веке Карл Великий уже пользовался им как поводом для злобных нападок на греков. Он отказался признать решения Седьмого Вселенского Собора (787 год), потому что на нем был провозглашен Символ без Filioque. Однако римские патриархи того времени встали на защиту греков. Хотя западное богословие и признавало двойное исхождение Святого Духа, папы все же считали добавление к Символу недопустимым. Официально латинская Церковь утвердила Filioque только в XI веке. (Фотию было хорошо известно, что Рим отверг добавление к Символу, и его упреки в адрес папы Николая касались миссионеров, которых папа посылал в Болгарию и которые по собственному почину провозглашали Символ с Filioque.)

Карл Великий, со своей стороны, был убежден в богословской правильности Filioque. Утверждение, что Дух исходит от одного лишь Отца, было, по его мнению, само по себе не так уж плохо, но говорить, согласно византийскому учению, что Дух исходит от Отца через Сына, неправильно, ибо это предполагает тварную природу Духа, согласно сказанному в Писании: Все через Него (Слово) начало быть (Ин. 1, 3).

Иллюстрацией этой церковно-догматической путаницы служит так называемый иерусалимский инцидент. Карл Великий стремился установить добрососедские отношения с халифом и добился разрешения построить в Иерусалиме монастырь. Посланным для устроения монастыря франкским монахам он приказал во всем следовать обычаям его личной королевской придворной капеллы в Аахене. Немного спустя, в 807 году, монахи прислали папе Льву III жалобу на гонения со стороны монахов греческих монастырей, называвших их еретиками. Эти монахи подговорили некоторых мирян выгнать франков из церкви во время рождественской службы в Вифлееме. И книги, и учение франков были объявлены еретическими. Против них была начата настоящая война, и франки, конечно, защищались. По выяснении оказалось, что причиной раздоров было употребление франками Filioque в Символе веры, как это практиковалось в Аахене. Монахи лишь выполняли приказ короля.

В 809 году Карл Великий созвал собор, на котором Filioque было утверждено, а греки осуждены. Этим решениям воспротивился папа Лев III, не пожелавший дать разрешение на добавление к Символу веры. Папа написал императору, что хотя он и разделяет его убеждения по поводу двойного исхождения Духа, тем не менее, не считая себя равным отцам Церкви, он (папа) категорически возражает против решений собора. Текст Символа веры без Filioque был вычерчен на мраморной плите и выставлен у входа в базилику святого Петра.

Проблема Filioque обсуждается Фотием в его книге «Мистагогия», которую он написал уже в преклонном возрасте, удалившись от дел. По мнению Фотия, расхождения между богословием и исповеданием веры быть не должно и добавление Filioque к Символу веры вне всяких сомнений равносильно изменению догматического содержания веры. В своей книге Фотий полемизирует с западным богословом Ратрамном Роттердамским, написавшим трактат в оправдание Filioque. Фотий этого трактата в оригинале не читал, ибо, как и большинство греков, не знал латыни, считая ее презренным варварским наречием, но, вероятно, пользовался переводом или сводкой. Фотий аттестовал аргументы латинянина как противоречащие доводам логики, догматическому богословию и Священному Преданию. Свою аргументацию Фотий строил на утверждении единства природы и ипостасного различия между Лицами Троицы: Сын рожден от Отца, а Дух исходит от Отца, и в этом ― самобытность Лиц Святой Троицы. Логически, по Фотию, чтобы послать Духа, Отцу совсем не нужен Сын. Рассуждения Фотия выдают в нем прекрасного филолога и логика, но страдают некоторой схоластической сухостью. Восточная мысль никогда не считала, что «отношения» (relationes) между Лицами Троицы составляют самобытие этих Лиц, и довольствовалась утверждением их ипостасного различия. Фотий обвинял западную точку зрения в полусавеллианстве (то есть модализме), «полу» ― потому что лишь два Лица Святой Троицы (Отец и Сын) составляют одну реальность в акте исхождения Святого Духа. Он постулирует не вполне убедительное различие между временным и вечным исхождением Святого Духа: во времени, то есть в период земной жизни Спасителя, описанной в Новом Завете, Дух исходит от Отца через Христа; вне времени, от века Он исходит от одного лишь Отца.