Хотя Феодор изо всех сил старается утвердить человечество Христа, все же время от времени у него проскальзывают двусмысленные нотки.
Он не просто Бог и не просто человек: поистине по природе своей Он и Бог, и человек. Воспринявший есть Бог Слово, а воспринятый ― человек... Тот, кто воспринял, не идентичен тому, кого Он воспринял: воспринявший ― Бог, воспринятый ― человек. Первый по природе Своей таков же, как Бог Отец, ибо Он «у Бога»; второй по природе своей таков же, как Давид и Авраам, которым он сын и от которых он произошел. Поэтому Он и Господь Давида, и сын его.
(Там Dice, 8, 1)
Здесь Феодора уже можно упрекнуть, что он различает между Словом и человеком во Христе: он ясно говорит о них «не тот же самый». Личность Христа у Феодора явно двоится.
Говоря о единстве двух природ во Христе, он употребляет слова «неисповедимый», «нерасторжимый». Однако и тут его терминология зачастую страдает двусмысленностью:
Следует хорошо понимать эту идею нерасторжимого союза... Обе природы остаются различными в своем существовании, и связь между ними необходима, ибо воспринятое объединяется с воспринявшим в чести и славе.
(Там же, 8, 13)
Слово «соединение», «связь», συνάφεια (синафия) (от греческого шгао (апто) ― прикреплять, держать) по определению предполагает возможность разделения. Эта возможность становится еще более очевидной, когда Феодор говорит об объединении «в чести и славе». Однако он вполне осознает эту опасность:
Тот факт, что мы говорим о двух природах, отнюдь не обусловливает необходимости говорить о двух Богах или о двух Сынах. Это было бы крайней глупостью...
(Там же, 8, 14)
И все же, несмотря на то что Феодор видит и понимает всю сложность проблемы, ему никак не удается избежать выражений, предполагающих, что Сын Божий и Иисус ― не одно и то же лицо:
Что имеется в виду, когда говорится «обитать как в Сыне»? Мы имеем в виду, что, когда Он занял свою обитель, полностью присоединил к Себе того, кем Он облекся, и устроил так, что тот, в кого Он вселился, разделил бы с Ним всю честь, которую вселившийся Сын имеет Сам, будучи Сыном по естеству. Результатом этого союза и соучастия во власти является одно Лицо (πρόσωπον). Через воспринятого Им Он управляет всем...
(«О Воплощении», 7)
Феодор употребляет слово просопон там, где мы бы сейчас сказали ипостась. Но по-гречески просопон помимо значения «личность» также значит и «лицо», «внешний вид», «наружность» и даже «маска». Понятно, что слово с таким расплывчатым значением плохо подходило для выражения идеи ипостасного единства двух природ Спасителя.
То ли отсутствие подходящей терминологии подвело Феодора, то ли он плохо усвоил учение каппадокийцев ― как бы то ни было, его христология становится все более и более запутанной. Отвечая на вопрос, кого родила Мария ― Бога или человека, он говорит:
...Мы должны ответить: обоих. Она родила человека в физическом смысле и, неочевидным образом, также и Бога. На естественном уровне Она ― человекородица, поскольку тот, кто был в Ее чреве и произошел из него, был человеком; Она ― Богородица, поскольку Бог был в человеке, который родился. Он не был заключен в нем по естеству, но в результате движения воли.
(Там же, 15)
В сущности Феодор утверждает, что Дева Мария родила на свет ребенка, в которого пожелал вселиться Бог. Эта нечеткость мысли Феодора Мопсуэстийского показывает, что он не всегда и не вполне отходит от христологических предпосылок, и до него существовавших в Антиохии (например, Павел Самосатский в III веке) и связанных с понятием адопционизма. Адопционисты утверждали, что Иисус был усыновлен Богом при крещении: рассказы о Его детстве объявлялись мифами, что подтверждалось отсутствием этих рассказов в самом древнем Евангелии от Марка. Следует заметить, что разные варианты адопционизма в наше время поддерживаются многими протестантскими учеными. В ранней Церкви праздник Рождества Христова возник как реакция против такого понимания природы Спасителя: празднование рождественского цикла указывало на то, что Христос был Богом с самого начала Своей человеческой жизни. У Феодора Бог усыновляет Иисуса во чреве матери путем объединения «двух сынов». Это было одной из предпосылок несторианства и явилось причиной того, что в 553 году сам Феодор был осужден как еретик.
Когда в 427 году архиепископ Константинопольский Сициний умер, император Феодосии II решил повторить прецедент с избранием Златоуста и опять пригласил на вакантную должность антиохийского проповедника Нестория. В апреле 428 года Несторий становится архиепископом столицы. Он с самого начала проявил необычайное рвение, стараясь оказаться на высоте по сравнению со своим знаменитым предшественником Златоустом. Свой пыл он направил главным образом на борьбу с ересями. Самыми большими врагами Нестория были аполлинаристы, утверждавшие, что во Христе на месте человеческой души был божественный Логос, тем самым нарушая полноту человечности Спасителя. Вопрос о природе Христа тогда носился в воздухе, и все споры по существу сводились к проблеме, как называть Деву Марию ― Богородицей или «человекородицей». Несторий считал, что Пресвятую Деву не следует называть Богородицей, ибо она родила не Бога, а человека, Эммануила, с которым соединилось предвечное Слово Божие. Это решение было с большим негодованием встречено среди народных масс, так как в богослужении слово «Богородица» уже стало привычным ― о «человекородице» и слышать не хотели. В качестве компромисса Несторий предложил называть Марию «Христородицей», но это не решало проблемы, а лишь обходило ее. Очевидно было, что речь идет не о словоупотреблении, а о понимании сущности Воплощения. По империи стала распространяться молва о новой ереси. В конце концов Несторий получил письмо от александрийского патриарха Кирилла с решительным опровержением своего учения. Ответное письмо Нестория исполнено чувства оскорбленного достоинства. 6 декабря 428 года в соборе Святой Софии Несторий торжественно провозглашает свои взгляды и начинает жестокое преследование своих противников среди константинопольского духовенства и монашества. В ответ египетское монашество обвинило Нестория в ереси и стало бурно выступать в защиту Православия.
Без сомнения, важную роль в конфликте играла политическая борьба между Антиохией и Александрией. К тому же в 430 году произошел следующий инцидент. В столицу прибыла группа спасающихся от гонений пелагиан, как раз тогда осужденных на Западе стараниями блаженного Августина. В лице Нестория они нашли гостеприимного хозяина, который их радостно принял и обласкал. Побеседовав с ними, он не нашел в их учении ничего предосудительного и даже написал негодующее письмо папе Целестину по поводу несправедливого осуждения пелагианства. Одновременно Кирилл Александрийский тоже написал папе письмо с выражениями преданности и с жалобами на Нестория и его неправильную христологию. Папа римский, мало понимавший в богословской стороне вопроса, был целиком на стороне Кирилла, будучи раздражен Несторием, который не только укрывал пелагиан, но к тому же писал грубые письма.
В 430 году папа созвал собор в Риме, на котором Несторий был осужден в самых общих выражениях. Одновременно Кирилл получил из Рима письмо, дававшее ему полномочия уладить все дела с Несторием от имени папы римского. А уладить их было необходимо, ибо конфликт продолжал углубляться. Патриарх антиохийский Иоанн также написал письмо Кириллу Александрийскому, в котором призывал его уладить дело миром. Он видел, к чему может привести спор, и просил Кирилла называть Марию как угодно, но не раздувать уже и так накалившихся страстей. Но все эти миролюбивые попытки остались втуне.