Непомук родился 14 ноября 1778 года в Пресбурге, тогдашней столице Венгрии. Его семья жила в Унтерштинкенбрунне, маленьком нижнеавстрийском приходе, где дед Гуммеля держал ресторан. В этом приходе родился и отец мальчика — Иоганнес.

Непомук уже в три года обладал исключительным музыкальным слухом и благодаря своему необычайному интересу к любой музыке в пятилетнем возрасте получил от отца в подарок маленькое фортепиано, которое он, между прочим, благоговейно хранил до самой смерти.

С 1793 года Непомук жил в Вене. Его отец в то время занимал здесь место музыкального директора театра. В первые годы своего пребывания в столице Непомук редко появлялся в обществе, так как занимался в основном музыкой. Сначала отец привел его к Иоганну Георгу Альбрехтсбергеру, одному из учителей Бетховена, для занятий контрапунктом, а позже к придворному капельмейстеру Антонио Сальери, у которого он брал уроки пения и который стал его самым близким другом и даже был свидетелем на свадьбе. А в августе 1795 года он стал учеником Иозефа Гайдна, который ближе познакомил его с органом. Хотя в эти годы Гуммель как пианист редко выступал в приватных кругах, он считался уже в 1799 году одним из самых знаменитых виртуозов своего времени, его игра на фортепиано, по высказываниям современников, была неповторимой, и даже Бетховен не мог сравниться с ним.

Это мастерское искусство интерпретации скрывалось за неказистой внешностью. Он был невысок ростом, полноват, с грубо вылепленным лицом, сплошь покрытым оспинами, которое зачастую нервно подергивалось, что производило на слушателей неприятное впечатление.

В эти же годы Гуммель начал выступать с собственными композициями. И если его фуги и вариации лишь привлекли внимание, то рондо сделало его очень популярным.

По-видимому, благодаря Гайдну в январе 1804 года Гуммель был принят в капеллу князя Эстергази в Эйзенштадте в качестве концертмейстера с годовым жалованием 1200 гульденов.

Со своей стороны Гуммель испытывал к своему другу и покровителю безграничное почтение, которое выразил в своей, посвященной Гайдну, фортепианной сонате Es-Dur. Вместе с другой сонатой, «Аллилуйя», и фантазией для фортепиано, она сделала Гуммеля знаменитым во Франции после концерта Херубини в Парижской консерватории в 1806 году.

Когда в 1805 году Генрих Шмидт, работавший в Веймаре у Гёте, был назначен директором театра в Эйзенштадте, музыкальная жизнь при дворе оживилась; начались регулярные постановки на вновь сооруженной сцене большого зала дворца. Гуммель вносил свой вклад в развитие почти всех принятых в то время жанров — от различных драм, сказок, балетов до серьезных опер. Это музыкальное творчество пришлось в основном на время, которые он провел в Эйзенштадте, то есть в 1804–1811 годы. Так как эти произведения были написаны, по-видимому, исключительно по заказу, в большинстве случаев со значительным ограничением во времени и в соответствии со вкусами тогдашней публики, его оперы не могли иметь продолжительного успеха. Зато многие музыкальные произведения пользовались большой популярностью у театральной публики.

Возвратившись в 1811 году в Вену, Гуммель посвятил себя исключительно композиторской деятельности и урокам музыки и редко выступал перед общественностью как пианист.

16 мая 1813 года Гуммель женился на Элизабет Рекель, певице Венского придворного театра, сестре ставшего известным своими связями с Бетховеном оперного певца Иозефа Августа Реке-ля. Эта женитьба способствовала тому, что Гуммель сразу же попал в поле зрения венской общественности. Когда он весной 1816 года по окончании военных действий отправился в концертное турне в Прагу, Дрезден, Лейпциг, Берлин и Бреслау, во всех критических статьях отмечали, что «со времен Моцарта ни один пианист так не восхищал публику, как Гуммель».

Так как камерная музыка была в то время идентична домашней музыке, он должен был приноравливаться к широкой аудитории, если хотел иметь успех. Композитор пишет знаменитый септет, который впервые с большим успехом был исполнен 28 января 1816 года баварским королевским камерным музыкантом Раухом на домашнем концерте. Позднее он был назван самым лучшим и совершенным произведением Гуммеля. По словам немецкого композитора Ганса фон Бюлова, — это «лучший образчик смешения двух музыкальных стилей, концертного и камерного, которые имеются в музыкальной литературе». С этого септета начался последний период творчества Гуммеля. Он все чаще сам обрабатывал свои произведения для различных составов оркестра, поскольку, как и Бетховен, не доверял это дело другим лицам.

Между прочим, Гуммеля с Бетховеном связывали дружеские отношения. Хотя в разное время случались и серьезные размолвки между ними. Когда Гуммель уехал из Вены, Бетховен посвятил ему в память о совместно проведенном времени в Вене канон со словами: «Счастливого путешествия, дорогой Гуммель, вспоминайте иногда вашего друга Людвига ван Бетховена».

После пятилетнего пребывания в Вене в качестве учителя музыки 16 сентября 1816 года он был приглашен в Штуттгарт в качестве придворного капельмейстера, где в оперном театре ставил оперы Моцарта, Бетховена, Херубини и Сальери и выступал как пианист.

Через три года композитор перебирается в Веймар. Город, наряду с некоронованным королем поэтов Гёте, получил в лице знаменитого Гуммеля новую звезду. Биограф Гуммеля Бениовский пишет о том периоде: «Побывать в Веймаре и не послушать Гуммеля означает то же самое, что побывать в Риме и не увидеть папу». К нему стали приезжать ученики со всего света. Его слава преподавателя музыки была так велика, что сам факт быть его учеником имел большое значение для дальнейшей карьеры молодого музыканта.

В Веймаре Гуммель достиг пика своей европейской славы. Здесь он сделал настоящий рывок после бесплодных в творческом отношении лет в Штуттгарте. Начало положило сочинение знаменитой сонаты fis-Moll, одной, которой, по словам Роберта Шумана, хватило бы, чтобы обессмертить имя Гуммеля. В страстном, субъективно-взволнованном фантастическом выражении «и в высокоромантической манере она опережает свое время почти на два десятилетия и предвосхищает звуковые эффекты, которые присущи представлению поздних романтиков». Но и три трио для фортепьяно его последнего периода творчества, прежде всего опус 83, содержат совершенно новые стилистические черты; минуя своих предшественников Гайдна и Моцарта, он обращается здесь к «блестящей» игре.

Особо следует подчеркнуть завершенный предположительно в 1820 году квинтет для фортепьяно es-Moll, в котором основным принципом музыкального выражения являются не элементы импровизации или орнаментальные украшения, а работа над темой и мелодией. Использование венгерских фольклорных элементов, большее предпочтение фортепьяно и свободное владение мелодией — вот некоторые музыкальные особенности, которые отличают поздний стиль Гуммеля.

Как дирижер при Веймарском дворе Гуммель уже в марте 1820 года взял свой первый отпуск, чтобы отправиться в концертное турне в Прагу, а затем в Вену. На обратном пути он дал в Мюнхене концерт, который имел небывалый успех. Через два года он поехал в Россию, в 1823 году — в Париж, где после концерта 23 мая его назвали «современным Моцартом Германии». В 1828 году в Варшаве на одном из его концертов присутствовал молодой Шопен, которого игра мастера буквально пленила. Свое последнее концертное турне — в Вену — он совершил вместе с супругой в феврале 1834 года.

Последние недели своей жизни он провел за обработкой струнных квартетов для фортепиано Бетховена, которые ему заказали в Лондоне, где он намеревался их издать. Болезнь изнуряла композитора, силы медленно покидали его, и он не смог осуществить свои намерения.

Примерно за неделю до кончины зашел, между прочим, разговор о Гете и об обстоятельствах его смерти. Гуммель хотел знать, когда умер Гёте — днем или ночью. Ему ответили: «Днем». «Да, — сказал Гуммель, — если я умру, я бы хотел, чтобы это случилось днем». Это последнее его желание исполнилось: 17 октября 1837 года в 7 часов утра, на рассвете, он умер.