Уже не против крымчаков, а против мятежных отрядов Ивана Болотникова собирает в 1606 году у стен Данилова монастыря свои дружины народный любимец полководец Михаил Скопин-Шуйский.

Очередные бои развертываются у Данилова монастыря в сентябре 1610 года, когда монастырские стены были сильно повреждены отрядами „Тушинского вора“ – Лжедмитрия II. И каждый раз победу одерживают правительственные войска – „под благословенной сенью обители первого нашего князя“, как напишут историки ХIX столетия.

При первом царе из рода Романовых монастырь полностью восстанавливается и отстраивается. Алексей Михайлович и патриарх Никон приказывают перенести останки князя Даниила Александровича в храм Святых Отцов Семи Вселенских Соборов и положить в серебряную раку. Одновременно князь Даниил был причислен к лику святых Русской православной церкви.

Царь Василий IV Иванович Шуйский.

Особенно большие потери несет монастырь во время наполеоновского нашествия. Обитель была полностью разорена и заново восстановлена после победы над Наполеоном. С начала ХХ века здесь существовала богадельня для служителей церкви и вдов из духовного звания, отличавшаяся, по замечанию современников, особо трогательной заботой о своих подопечных.

Все это время не прекращалась и застройка монастыря. В конце XVII века обитель была обнесена кирпичной стеной с семью башнями и надвратной церковью над северными воротами. В XVIII веке приобретает свой окончательный вид собор Семи Вселенских Соборов с церковью Даниила Столпника. В 1838 году заканчивается строительство церкви Троицы по проекту известного московского архитектора Е. Д. Тюрина. От XVII столетия остался Братский корпус.

Особое значение для Москвы приобретает монастырское кладбище. Не отличавшееся богатством, оно было знаменито именами. Здесь покоились поэты А. С. Хомяков и М. И. Языков, основатель Московской консерватории Н. Г. Рубинштейн, художник В. Г. Перов. Здесь был похоронен Н. В. Гоголь и положено начало бесконечным и одинаково далеким от истины легендам о смерти великого писателя.

Конец Гоголя действительно был трагичным. Решив поселиться навсегда в Москве после многолетнего пребывания за границей, писатель принимает приглашение четы графов Толстых – средств на собственную квартиру у него не было, а все скудные свои гонорары Николай Васильевич втайне передавал для нуждающихся студентов Петербурга.

Голованов. М. С. Щепкин у могилы Гоголя в Даниловском монастыре. 1852 г.

Жизнь в бывшем доме Талызина (Толстые приобрели его позже, на первых порах ограничиваясь арендой) на Никитском бульваре оказалась удобной и одновременно неудобной. Две отдельные комнаты – приемная и кабинет, расположенные непосредственно у парадных дверей, давали полную свободу передвижения. Гоголь мог приходить и уходить, принимать своих гостей, не боясь обеспокоить живших на втором этаже хозяев. Он был свободен и в отношении стола, при желании поднимаясь в залу к хозяевам или оставаясь у себя.

Неудобство заключалось прежде всего в сырости. Протекавшая по бульвару, прямо под окнами кабинета речушка-ручей Черторый не только шумела камышом, но и оставалась пристанищем множества лягушек. Быстро сырели мебель, белье. Тратить лишние дрова не представлялось удобным, пользоваться услугами хозяйской прислуги – тем более. В ее глазах писатель был нахлебником, и откупаться от презрения лакеев приходилось постоянными обременительными чаевыми.

Еще более тяжелым было полное безразличие к его внутреннему миру и хозяев, и московских знакомых. Все недомогания, все душевные сомнения приходилось переживать одному. Начавшаяся болезнь Гоголя побудила хозяйку, панически боявшуюся всякой инфекции, оставить дом. Хозяин был готов оплачивать самых дорогих врачей, но никак не следить за ходом лечения, когда одно предписание явно противоречило другому и вело только к ухудшению. Теща историка М. П. Погодина, навестившая Гоголя за день до смерти, должна была сама его разыскивать в пустых комнатах, по которым гулял сквозняк. Николая Васильевича в связи с ухудшением его состояния граф распорядился перенести в дальнюю комнату, окнами во двор. Никто не появился около больного и за те часы, что она провела у его постели. Единственной живой душой был гоголевский „хлопец“, растерянный и предоставленный самому себе.

Смерть писателя стала почвой для бурного конфликта между его друзьями и близкими. Аксаковы требовали переноса тела в приходскую церковь. Граф Толстой брал на себя расходы по похоронам, но на иных условиях. Наконец все отступились, предоставив профессуре и студентам Московского университета унести на руках тело в университетскую Татьянинскую церковь, где два дня вся Москва прощалась с Н. В. Гоголем, а потом так же на руках, не ставя на катафалк, гроб доставили в Данилов монастырь. Стечение народу было огромное. Погребальная процессия растянулась чуть ли не на версту. Никто из недавних близких друзей участия в ней не принял.

Но уже через некоторое время С. Т. Аксаков, чувствуя вину перед памятью друга, позаботился о памятнике. Из южных степей был привезен валун, установленный на могиле и ставший подножием простого каменного креста. В таком виде памятник просуществовал в монастыре вплоть до 1931 года.

В 1931 году Данилов монастырь был отдан под колонию для несовершеннолетних преступников. По указанию правительства некоторые могилы были перенесены на другие кладбища, в том числе и гоголевская, которой предстояло поместиться на кладбище Новодевичьего монастыря.

Перезахоронением занялась специальная комиссия (от Наркомпроса в нее входил профессор А. А. Федоров-Давыдов) с соблюдением строжайшей секретности, хотя на территорию уголовной колонии и так не мог проникнуть никто из посторонних. Составленный комиссией акт засвидетельствовал, что надгробие сдвинуто относительно захоронения писателя и в земле под ним удалось обнаружить лишь отдельные кости и одну бархатную погребальную туфлю. Именно эти фрагменты и были перенесены на Новодевичье кладбище. Черепа и полного скелета под памятником обнаружено не было. Распоряжением правительства предавать эти обстоятельства гласности не разрешалось.

Данилов монастырь был возвращен церкви в 1983 году. В настоящее время в обители около сорока монахов и послушников, получающих образование в духовных учебных заведениях. В 1986 году митрополитом Америки и Канады Феодосием в нее возвращены частицы мощей князя Даниила Александровича, хранящиеся в храме Святых Отцов Семи Вселенских Соборов, в раке, на их историческом месте. Частица мощей находится в ковчеге, помещенном в Троицком соборе. На месте разрушенного кладбища возведена поминальная часовня.

Остается вспомнить имена последних предреволюционных „властей“ обители: настоятель – епископ Серпуховской Анастасий, казначей – иеромонах Кассиан, духовник иеромонах Андрей, ризничий Иоаким, а также пять иеромонахов, восемь иеродьяконов и пятеро монахов.