Войска Крымского фронта и Севастопольского оборонительного района создавали угрозу уничтожения противника до тех пор, пока сохранялись надежные коммуникации с Кавказом. Это отчетливо представлял и противник. Поэтому еще в январе он захватил один из портов снабжения — Феодосию. Затем он усилил блокаду Керчи и Севастополя, всего Крыма, используя главным образом авиацию, мины и артиллерию. Потери транспортных судов вынудили командование флотом перейти к перевозкам на боевых кораблях. Нарком ВМФ поставил вопрос о совершенствовании организации и об улучшении управления военно-морскими силами на Черном море. Он предлагал освободить адмирала Ф. С. Октябрьского от командования Севастопольским оборонительным районом, чтобы он мог сосредоточиться на управлении флотом.

Ставку также не удовлетворяло оперативное руководство силами в Крыму, на Кавказе и Черном море, но она смотрела на проблему еще шире. С целью объединения усилий Крымского и Северо-Кавказского фронтов, а также Черноморского флота 21 апреля 1942 года было образовано Главное командование Северо-Кавказского направления во главе с Маршалом Советского Союза С. М. Буденным, которому были подчинены Крымский фронт, Севастопольский оборонительный район, Северо-Кавказский военный округ (позже фронт), Черноморский флот (вместе с Азовской военной флотилией).

С. М. Буденный начал с укрепления боеспособности войск в Севастополе и на Керченском полуострове. 28 апреля он прибыл в село Ленинское на командный пункт Крымского фронта и сделал рекомендации по усилению обороны, ее эшелонированию, созданию резервов, смене командных пунктов, так как, прекратив наступление, войска фронта продолжали сохранять прежние боевые порядки. Они не были готовы к новому наступлению и не приняли оборонительного порядка для отражения наступления противника. Однако в руках главкома направления не было сил и средств для прикрытия войск и коммуникаций от удара с воздуха, нечем было в случае необходимости усилить фронт. Авиация и силы ПВО были распылены между фронтом, армиями и флотом.

В то же время противник сам готовил наступление против советских войск на Керченском полуострове. В Крым прибыли и уже побывали в боях 22-я танковая и 28-я легкая пехотная дивизии вермахта.

Манштейну удалось получить от Антонеску дополнительно 7-й румынский армейский корпус в составе 19-й пехотной дивизии и 8-й кавалерийской бригады. Противник создал мощные группы артиллерии и танков. Но самое главное, он сосредоточил на короткое время операции большие силы 4-го воздушного флота и особенно ударный 8-й авиационный корпус. В его составе были и большие силы зенитной артиллерии. В результате люфтваффе удалось установить господство над Керченским полуостровом и блокировать морские подходы к нему.

Таким образом, из-за недостатка в вооружениях и организации, отсутствия опыта наступления в сложных условиях операция советских войск по разгрому сил противника в Крыму не удалась.

При этом стороны понесли значительные потери. Сохранявшаяся в Крыму обоюдоострая обстановка подталкивала противоборствующие стороны на операции с целью решительного поражения врага и полного овладения полуостровом. Противнику удалось упредить советское командование в сосредоточении сил.

Немецкое командование, планируя в новой кампании лета 1942 года удар на южном крыле советско-германского фронта в сторону Закавказья, решило предварительно, до наступления главных сил, улучшить оперативное положение своих войск в первую очередь захватом всего Крыма. Оно наметило вначале блокировать Крымский полуостров и отрезать его от Новороссийска и других портов Кавказа, разгромить наиболее сильную группировку советских войск в Крыму — Крымский фронт и овладеть Керченским полуостровом, а затем решительным штурмом взять Севастополь. Захват Крыма создавал противнику благоприятные условия для наступления на Кавказ от Ростова как сухопутным путем, так и через Керченский пролив. Победа давала возможность усилить давление на Турцию и другие страны Среднего Востока (и Балкан), а также высвобождала сильнейшую 11-ю армию вермахта и румынский корпус для участия в главной операции (на Кавказе).

План новой кампании был объявлен Гитлером на совещании 28 марта 1942 года.

Советское Верховное Главнокомандование приняло решение на ведение весной и летом 1942 года стратегической обороны. Однако оно хотело удержать в своих руках стратегическую инициативу, с трудом добытую в боях под Москвой. Поэтому были спланированы активные действия на отдельных направлениях. В том числе намечалось провести большое наступление в районе Харькова и освободить Крым.

Вместе с тем, после неудачных попыток предпринять решительное наступление в феврале — марте 1942 года и, перейдя к обороне, командование Крымского фронта не предприняло всех необходимых мер по реорганизации боевых порядков. Они по-прежнему были рассчитаны на ведение наступательных действий. Все 3 армии располагались в одном эшелоне, тогда как необходимо было иметь, по меньшей мере, одну армию в резерве. Дивизии располагались в одну линию, а их боевые порядки были крайне уплотнены. Каждое из соединений занимало для обороны полосы протяжением в среднем до 2 км. Меры по созданию глубокоэшелонированной обороны командованием фронта приняты не были даже тогда, когда стали поступать сведения, что противник готовится к активным наступательным действиям. Правда, отдельные дивизии все же начали выводить в резерв, однако задачи им не были определены, и рубежей, выгодных для обороны, они не занимали.

Замена некоторых дивизий первой линии не проводилась; так, на участке прорыва противника находилась бессменно 63-я горнострелковая дивизия. В ней были перебежчики на сторону врага, убийство уполномоченного особого отдела и командира полка. Это был сигнал к реорганизации, но дивизия даже не сменялась со своего участка.

По боевой подготовке соединений и частей были даны указания, составлены многочисленные планы, но ход их учебы никто не контролировал.

Группировка войск по своему построению отвечала идее наступления, с нанесением главного удара правым крылом. Артиллерия также имела наступательную группировку и к обороне подготовлена не была.

В условиях действий на открытой местности, характерной для Керченского полуострова, нужна была эшелонированная противотанковая и противовоздушная оборона, хорошо оборудованная в инженерном отношении и обеспеченная сильными резервами, размещенными вблизи дорог и достаточно удаленными от передовых позиций. Этим требованиям оборона войск Крымского фронта не отвечала.

В начале апреля противник увеличил силы в Крыму, в том числе морские и воздушные. На аэродромах Крыма появился 8-й бомбардировочный авиакорпус генерала Рихтгофена; в портах — итальянские и немецкие подводные лодки, торпедные катера, десантные баржи.

В первой декаде апреля вражеская авиация начала блокаду берегов Крыма: минировала подходы к Севастополю и Керчи, наносила систематические бомбовые удары по портам Севастополя, Керчи, Новороссийска, судам и кораблям в море. Было зарегистрировано 28 налетов на Керчь, Камыш-Бурун и корабли, находящиеся в проливе, отмечено сбрасывание с самолетов в пролив 169 мин. Часть населения Керчи и Новороссийска, спасаясь от систематических изнуряющих бомбежек, ушла из города.

Возникли перебои с обеспечением продовольствием, боеприпасами, с подвозом пополнения. Из-за этого не удалось возместить потери, понесенные в ходе февральско-апрельских боев, а они составили более 225 тысяч человек. Тем не менее общее соотношение сил и средств к началу мая оставалось в пользу советских войск. К 8 мая 1942 года в составе Крымского фронта находились 16 стрелковых и одна кавалерийская дивизии, 3 стрелковые и 4 танковые бригады, 3 танковых батальона, 9 полков артиллерии резерва Главного Командования, 3 полка гвардейских минометов и другие, более мелкие части. Противник уступал: в живой силе — в 2 раза, в танках — в 1,2 раза, в артиллерии — в 1,8 раза. Немцы, правда, располагали большей по численности авиацией — в 1,7 раза.