Комиссарами в Переяславль были отправлены боярин Бутурлин, окольничий Алферьев и думный дьяк Лопухин. 31 декабря они прибыли в дом полковника Павла Тетери, а 8 января 1654 года генеральная рада присягнула на подданство Алексею Михайловичу. 23 апреля состоялось торжественное отправление боярина князя Алексея Никитича Трубецкого с войском в Польшу; в Успенском соборе патриарх читал всему собранному войску молитву идущим на войну, причем поминал воевод по именам; затем царь пригласил бояр и воевод на парадный обед, за которым говорил два раза речь, угощал богородицыным хлебом, медом красным и белым и объявил при этом, что сам намерен проливать кровь на войне. “Если ты, государь, – отвечали ратные люди, – хочешь кровью обагриться, так нам и говорить после того нечего! Готовы положить головы наши за православную веру, за государей наших и за все православное христианство!” Через три дня после того совершилась новая церемония: все войско проходило мимо дворца, причем патриарх кропил его святою водою, а бояре и воеводы, сойдя с лошадей, подходили к переходам, где Алексей Михайлович спрашивал их о здоровье, и они кланялись ему в землю. При этом Никон произнес речь, призывая на войско благословение Божие и всех святых; князь Трубецкой с воеводами поклонился патриарху в землю и также отвечал речью, наполненною цветистыми выражениями, и обещал от лица всего войска “слушаться учительных словес государя патриарха”. Посетив различные святыни и подкрепив себя молитвою, Алексей Михайлович отправил вперед себя икону Иверской Божией Матери и 18 мая выступил в поход, сопровождаемый дворовыми воеводами. Заметим при этом, что в эту войну впервые сражалась часть войска под названием “солдат”, заведенных в 1649 году в заонежских погостах как ядро и зародыш будущего регулярного войска в России.
Отправляясь в поход, Алексей Михайлович доверил патриарху Никону как своему ближайшему другу всю царскую семью, свою столицу и поручил ему наблюдение за правосудием и ходом дел в приказах; другими словами, Никон был назначен регентом государства. Соединяя в своих руках духовную и светскую власть, деятельный и не знающий устали Никон, естественно, навел страх на всех своих недоброжелателей и заставил их смириться. Ничего не могло сделаться в боярской думе без ведома и благословения великого государя патриарха; в качестве верховного правителя государства Никон писал грамоты по разнообразным предметам, в которых писалось: “Указал Государь, царь, великий князь всея Руси, Алексей Михайлович, и мы, Великий Государь...”. Осенью 1654 года появилась в Московском государстве заразная чума, принесенная, вероятно, через Астрахань из Персии, и патриарху было немало хлопот с этим, как народ называл, “Божьим наказанием”. Царица Марья Ильинична с детьми бежала из Москвы сначала в Троице-Сергиеву лавру, потом в Калязин, в Макариев-Троицкий монастырь, наконец, в городок Вязьму, так как в столице свирепствовала страшная смертность. Размеры этой смертности можно видеть из того, что в Чудовом монастыре из 208 монахов в живых осталось 26; в Воскресенском монастыре из 118 монахинь спаслось 38; в домах бывшего временщика Бориса Ивановича Морозова жило 362 человека, осталось в живых 19; в домах князя Алексея Никитича Трубецкого из 278 человек уцелело только 8; в Кузнецкой черной сотне из 205 человек спаслось только 32, а в Новгородской сотне из 510 человек осталось 72. Патриарх Никон сделал распоряжение поставить в разных местах заставы, чтобы на время заразы пресечь сообщение с войском, при котором находился царь, затем приказал заложить в Москве царские кладовые кирпичом и не выпускать никого с тех дворов, где появится зараза. Когда последняя усилилась, патриарх сам выехал в Калязин, поручив Москву боярину князю Михаилу Петровичу Рыбину-Пронскому.
Правительство приказывало устраивать на дорогах заставы с тем, чтобы не пропускать едущих из зараженных местностей, но это мало помогало, так как всякого пропускали на совесть, хотя за обман положена была в этом случае смертная казнь, равно как и за сообщение с зачумленными. После смерти зачумленных сжигали их платья и постели, зараженные дворы и прочие постройки промораживались недели две, после чего приказывали топить можжевельником и полынью, думая, что этим разгоняется зараза. Однако бедствия этим не кончились, и зараза появлялась в 1655 и 1656 годах, захватывая обширные районы. В Калуге из 2.613 жителей уцелело всего 777 человек, в Переяславле-Рязанском – из 3.017 человек – только 434, в Переяславле-Залесском из 4.566 человек осталось 939, в Туле из 2.568 человек – только 760, в Кашинском уезде из 2.747 посадских остались в живых 908 человек, в Торжке, Звенигороде, Угличе, Суздале и Твери число умерших было менее числа оставшихся, в Костроме, Нижнем Новгороде и окрестных городах зараза была еще легче, хотя косила народ исправно. Люди от страха разбегались куда попало, а другие, пользуясь общим переполохом, пустились на воровство и грабежи. В самой Москве двуперстники начали возмущать народ и толковать ему, что бедствие постигает православных за еретического патриарха, бежавшего из города в минуту опасности; взволновавшаяся толпа собралась на сходку к Успенскому собору, куда явился посадский Софрон Лапотников и принес икону Спасителя, на которой уже стерлось изображение. Лапотников стал уверять, что образ был выскоблен по приказанию патриарха и ему, Софрону, было от этого образа видение: велено показать его мирским людям, чтобы все восстали за поругание икон. Вскоре какая-то женщина из Калуги стала кричать всенародно, будто ей тоже было видение, запрещавшее печатать исправленные по указаниям киевских еретиков книги. Так как строгий патриарх не давал спуску тунеядцам-священникам, то многие из них находились в Москве под запрещением, а теперь, пользуясь случаем, являлись повсеместными возмутителями толпы. Оставленный в столице князь Рыбин-Пронский с большим трудом успокаивал народ, но вопрос о состоявших под запрещением священниках был настолько важен, что старосты и сотские московских сотен и слобод, не приставите к мятежникам, били челом патриарху ради всеобщего упокоения, чтобы он разрешил служить опальным священникам, так как множество церквей остается без богослужения, некому напутствовать умирающих и погребать мертвых. В ноябре 1655 года Алексей Михайлович возвратился торжественно из похода в Москву и был встречен тремя патриархами: Всероссийским, Александрийским и Антиохийским; достигнув лобного места, при колокольном звоне и пушечных выстрелах царь приказал спросить весь мир о здоровье; вся несметная толпа народа гаркнула “многие лета” государю и поверглась на землю. Освобожденный от забот регентства, Никон получил от благодарного царя официальный титул Великого Государя и материальную поддержку для осуществления своего давнишнего желания: создать монастырь на том безлюдном островке Кие, на который был выброшен более двенадцати лет тому назад монах Никон, бежавший с Соловков. Действительно, в 1656 году на месте деревянного креста, когда-то водруженного двумя беглецами, лично патриархом было положено основание Крестному монастырю “Ставрос”. В том же году была окончена в Москве постройка каменного патриаршего дома (ныне синодальная контора), а при ней церковь Двенадцати апостолов, выстроенная по образцу Константинопольской того же названия, и Крестовая палата, где происходили церковные соборы, а теперь совершается мироварение[9]; последний собор был в 1720 году.
Занимаясь хозяйственными делами, Никон не оставлял без внимания и государственные дела. Приехавший в Москву имперский посол Алегретти, родом из Рагузы и свободно говоривший по-русски, сумел повлиять на патриарха, не любившего протестантов, и на тогдашних дипломатов: окольничего Хитрова и думного дьяка Алмаза Иванова; они втроем приложили все усилия, чтобы окончить военные действия против Польши и начать их против Швеции, король которой, Карл-Густав, покорил почти все коронные польские земли. Уже 17 мая 1656 года царь, убежденный “собинным другом”, приказал объявить разрыв шведскому посланнику Густаву Бельке, а в Вильно послал договариваться о мире князя Никиту Ивановича Одоевского. Тем временем Никон вынужден был написать всенародную грамоту, в которой убеждал не верить размножившимся до невозможного различного рода прорицателям и сновидцам, доказывая текстами из Священного Писания, что убегать от моровой язвы и вообще от бедствия вовсе не составляет греха. Но голос далеко и высоко стоящего патриарха заглушался священниками-двуперстниками, хранителями и ревнителями древнего благочестия, и народ больше верил врагам Никона, жившим среди народа, чем ему.