Приехав в декабре в Петербург, он был радушно встречен товарищами по академии, но все остальное мало отвечало его ожиданиям. Зоологический музей был в самом жалком состоянии и все еще представлял из себя петровскую кунсткамеру, то есть собрание разных редкостей и диковинок, имевшее весьма мало научного значения; зоологической лаборатории не было вовсе и ее предстояло еще основать, на что надо было испрашивать необходимые средства. Наконец, Бэр встретил значительные затруднения в добывании материала для эмбриологических исследований, которые он намеревался продолжать в Петербурге; будучи совершенно незнаком с нашей столицей и не зная русского языка (которому так и не выучился в Дерпте), он никак не мог устроить, чтобы ему доставляли материал с городских боен, оплодотворенную рыбью икру и так далее. В Кенигсберге все это было у него вполне организовано, а музей, лаборатория и библиотека были обставлены вполне. Немудрено поэтому, что его тянуло назад в Кенигсберг, где его кафедра оставалась все еще незамещенною, где он оставил свою семью, вовсе не желавшую покидать родной город и смотревшую на переезд в Петербург, «как на экспедицию к северному полюсу». Случай вернуться в Кенигсберг вскоре представился. Пробыв в Петербурге совсем недолго, Бэр подал просьбу об отпуске за границу, чтобы привезти свою семью; проходя длинный ряд чиновнических инстанций, дело это весьма затянулось, и Бэр имел достаточно времени для ознакомления с академией и ее делами. Он очень заинтересовался, между прочим, судьбою знаменитого сочинения Палласа «Zoographia Rosso-Asiatica», текст которой отпечатан был еще в 1811 году, но сочинение все еще не вышло в свет, за исключением немногих экземпляров, находившихся у некоторых ученых: дело было в том, что таблицы к «Зоографии», порученные лейпцигскому граверу Гейсслеру, все еще не были доставлены. Чтобы распутать это дело, Бэру поручено было съездить в Лейпциг, повидаться с Гейсслером и добыть таблицы. В мае 1830 года Бэр поехал за границу через Кенигсберг в Лейпциг и исполнил поручение академии, насколько было возможно, с успехом. Оказалось, что Гейсслер, сильно нуждаясь в деньгах, заложил гравированные медные доски (с которых он послал лишь несколько оттисков в академию) и не мог их выкупить, а затем прекратил работу. Бэр выкупил таблицы и привел все дело в возможный порядок; остальные таблицы были заказаны другому граверу. Но из-за границы Бэр не вернулся в Петербург, а остался в Кенигсберге, заняв там свое прежнее место и уведомив академию, что он слагает с себя звание ее члена. На его место в академии был избран Иоганн Фридрих (Федор Федорович) Брандт, которому петербургский зоологический музей и обязан своим полным переустройством и постановкою на достойное положение.

Итак, после короткого пребывания в Петербурге, который произвел на него неблагоприятное впечатление, Бэр опять поселился в Кенигсберге, к великой радости его семьи и друзей. Положение его продолжало улучшаться; правительство ассигновало средства на устройство нового здания для зоологического музея, в котором Бэру была отведена квартира; кроме того, в его распоряжение был предоставлен рисовальщик, в котором, при своих исследованиях, Бэр крайне нуждался. Кёнигсбергское Физико-экономическое общество избрало его своим президентом и было вознаграждено за это блестящим оживлением своей деятельности под руководством Бэра. Деятельность этого общества находилась в крайнем упадке, так как читавшиеся в нем рефераты и доклады были доступны лишь немногочисленным членам общества. Бэр энергично провел мысль сделать заседания общества публичными и привлек к участию в докладах и рефератах целый ряд даровитых ученых. Результаты превзошли всякие ожидания: слушателей стало набираться столько, что зал общества едва вмещал их.

В 1831–1832 годах Кенигсберг посетила страшная гостья – холера. Правительство энергично проводило карантинные меры, население же противилось им всеми силами, и дело дошло до кровопролитных столкновений между уличною толпою и войсками. Бэр открыто выступал против карантина и печатал по этой теме статьи в газетах, чем навлек на себя неудовольствие министра Альтенштейна, который был ранее его усердным покровителем.

Научные занятия Бэр продолжал с необыкновенным рвением, исследуя преимущественно историю развития различных животных. Он сидел над микроскопом целыми днями и, в конце концов, сильно расстроил свое крепкое от природы здоровье. «Из прежнего coureur des champs et des bois, – пишет Бэр, – я сделался каким-то раком-отшельником. Так как я жил в здании зоологического музея, где летом происходили обыкновенно мои лекции, то я лишь изредка наведывался в соседний анатомический институт, который был моим вторым жилищем… Однажды я засел у себя в доме, когда на дворе еще лежал снег, и вышел на воздух – к валу, лежавшему в нескольких сотнях шагов от моего дома, – лишь тогда, когда рожь уже вполне колосилась. Этот вид колосящейся ржи так сильно потряс меня, что я бросился на землю и стал горько упрекать себя за свой образ действий. Законы природы будут найдены и без тебя, сказал я себе, – ты ли или другой их откроет, нынче ли, или через несколько лет, – это почти безразлично; но не безрассудно ли жертвовать из-за этого радостью своего существования?» Однако и на следующий год повторилось то же самое.

В результате он получил крайнее расстройство пищеварения, приливы крови к голове и нервозность, доходившую до галлюцинаций. Лечиться Бэр не хотел, так как всякий медик советовал ему прежде всего прекратить усиленные занятия. Он искал выхода в поездке куда-нибудь на южные моря, чтобы там заняться наблюдением морских животных, но этот проект не мог осуществиться, так как получить командировку от министерства Бэр не надеялся, а собственные его средства были истощены на расширение его библиотеки. Пока Бэр раздумывал, как бы ему изменить свое положение, непредвиденное событие повело за собою новый поворот в его карьере. Старший брат Людвиг заболел и умер; управляемое им фамильное имение в Эстляндии было обременено долгами и требовало упорядочения, которого более неоткуда было ожидать, кроме как от Карла Эрнста. Таким образом, Бэру предстояло ехать снова в Эстляндию, хотя бы на время. Так как в Кенигсберге, кроме неизбежной сидячей жизни, грозившей ему преждевременною смертью, накопились и еще кое-какие неприятности (охлаждение и придирки министра Альтенштейна, а также пробуждение политических волнений, к которым Бэр не питал ни малейшей симпатии), то Бэр решился послать запрос в Петербургскую академию наук: не найдется ли в ней для него свободного места? Академия отвечала избранием Бэра вновь в свои члены, и, таким образом, окончательное переселение Бэра в Петербург было решено.

Бэр был третьим по счету знаменитым эмбриологом, вступившим в члены нашей академии: до него членами ее были Каспар Фридрих Вольф, знаменитый основатель теории эпигенеза, и Пандер, автор обстоятельной истории развития цыпленка. В настоящее время академия также имеет в своей среде первого из современных эмбриологов – А.О. Ковалевского, заслуги которого по сравнительной эмбриологии не ниже заслуг Бэра. Таким образом, нашей Академии наук особенно посчастливилось на знаменитых эмбриологов.

Путешествие в Ревель, которое Бэр предпринял весною 1834 года для свидания с другим своим братом, еще более убедило его в необходимости изменить свой образ жизни. «Поездка от Мемеля до Ревеля на русских телегах, – пишет Бэр, – соединенная с неизбежно умеренною диетою, привела мой пищеварительный аппарат в сносное состояние и не только доказала мне с очевидностью необходимость иметь побольше движения, но буквально вбила мне это убеждение во все члены». В конце 1834 года Бэр жил уже в Петербурге; семья его осталась до весны в Ревеле, чтобы постепенно привыкнуть к новому отечеству.