Карл Эрнст, или, как его называли в России, Карл Максимович Бэр, родился 17 февраля 1792 года в местечке Пип, в Гервенском округе Эстляндской губернии, расположенном недалеко от нынешней Дерптской ветви Балтийской железной дороги. Отец Бэра, Магнус фон Бэр, принадлежал к эстляндскому дворянству и был женат на своей двоюродной сестре Юлии фон Бэр.

Первые воспоминания Бэра связаны не с домом отца, а с домом дяди, жившего в Лассиле, в Вирландском округе Эстляндии. Дело в том, что у Магнуса фон Бэра было десятеро детей, а брат его, Карл Генрих, владелец Лассилы, был совершенно бездетен. Поэтому маленького Карла вместе с его старшим братом Фридрихом отдали к дяде, который, как и его жена, страстно любил детей. До семи лет Карл оставался в Лассиле, прелестном, живописном уголке, окруженный заботами тетки, которая души не чаяла в живом, бойком мальчике. Маленький Бэр рано начал интересоваться разными предметами природы и нередко приносил домой разные окаменелости, улиток и тому подобные вещи, которые бережно прятались в шкап, чтобы ребенок их не потерял, «и как раз поэтому и были потеряны», как добродушно замечает Бэр в своей автобиографии. Интересен рассказ Бэра о том, какое впечатление произвел на него увиденный впервые павлин. Дядя и тетка поехали в гости и взяли с собою маленького Карла; приехав, они сами вошли в дом, а мальчика оставили на дворе погулять. Ребенок пошел бродить по двору и задворкам и вдруг увидел на заборе павлина с распущенным хвостом. Остолбенев от удивления перед этим великолепием, маленький Бэр стоял неподвижно на месте, павлин также не шевелился, – и так прошло довольно много времени. Между тем дядя и тетка, окончив визит, стали искать ребенка и после долгих тщетных поисков, перепуганные, насилу нашли его.

Мирно и безоблачно протекли первые семь лет жизни будущего великого натуралиста. Учением ребенка не обременяли: Карл Генрих фон Бэр, большой почитатель военной службы (хотя сам и не военный), мечтал сделать своего племянника военным и придавал больше значения физическим упражнениям, чем наукам. Все сведения, которыми мог похвалиться маленький Бэр, исходили от случайных разговоров с дядей о звездах, Земле, различных животных и прочем, – причем дядя рассказывал все, что сам знал и чему верил, не отделяя фактов от побасенок. Семилетним мальчиком Бэр не только не умел еще читать, но и не знал ни одной буквы. Впоследствии он очень был доволен тем, что «не принадлежал к числу тех феноменальных детей, которые из-за честолюбия родителей лишаются светлого детства».

Летом 1799 года родители взяли Карла обратно к себе, так как настало уже время учить его. Для учения была приглашена старушка-гувернантка, которая и стала преподавать ему грамоту по старой методе. Но больше, чем от гувернантки, научился мальчик от старших братьев и сестер, расспрашивая их вне уроков о разных буквах и картинах своей азбуки. Через каких-нибудь три недели он мог уже, к немалому своему удивлению, довольно свободно читать, сам не зная хорошенько, как это случилось. Несколько медленнее шло обучение письму; кроме того, преподавались священная история, начала арифметики и кое-что из географии; последняя преподавалась так неумело, что дети не могли ничего из нее усвоить. Вообще гувернантка была годна, по-видимому, лишь для самого первоначального обучения; ее, впрочем, через год и сменили. На ее место вступил учителем некто Штейнгрюбер, кандидат богословия, – выходец из Германии, который приехал в Эстляндию, чтобы выучиться эстонскому языку и добиться здесь места пастора, а пока добывал себе хлеб учительством. Это был очень хорошо образованный и добросовестный человек, с большими педагогическими способностями. Наиболее силён был он в математике.

В течение трех с половиною лет он сообщил детям массу знаний по математике, географии, латинскому и французскому языкам и прочим предметам, притом нисколько не утомляя их; это казалось тем удивительнее, что ученики и ученицы его были разных возрастов и учителю приходилось делить их на группы, приспособляясь к понятиям детей. Особенно развито было у него преподавание математики, так что одиннадцатилетний Карл уже ознакомился с алгеброю, геометрией и тригонометрией и мог преподнести своему отцу собственноручно исполненный геодезический план части их имения. Дети занимались утром от девяти до двенадцати часов и после обеда от двух до четырех или пяти, кроме среды и субботы, которые были свободны; при этом им ничего или почти ничего не задавалось готовить к следующему дню: само приготовление совершалось во время урока; зато и праздников не было, кроме самых больших, как Рождество и Пасха, когда дети на несколько дней освобождались от учения. Внеурочное время дети проводили большей частью на открытом воздухе; зимой они много катались на санях и на коньках, а летом занимались садовыми работами в предоставленном им маленьком саду, где они возводили разные фантастические украшения и сооружения и разводили цветы, плодовые деревья и кустарники. Словом, воспитание поставлено было весьма рационально. Кроме Штейнгрюбера, такую разумную постановку дела в значительной степени следует приписать и отцу Бэра. Это был, судя по данным автобиографии Карла Эрнста Бэра, человек недюжинного ума и прекрасного, доброго сердца. В воспитании он держался, прежде всего, того принципа, что общее образование должно предшествовать специальному и составлять для него основу; затем он был против слишком раннего засаживания детей за учение и против переутомления их. Предоставляя детям полнейшую свободу в выборе карьеры, он, однако же, не упускал случая ставить им на вид, что в будущем они должны рассчитывать исключительно на себя самих. Сам он был человек необыкновенно любознательный и трудолюбивый, обладал солидными юридическими знаниями и среди знавших его пользовался большим уважением и авторитетом. Политические убеждения его были умеренно-либеральные, как впоследствии и убеждения его знаменитого сына.

В 1803 году Штейнгрюбер покинул семейство Бэров, и на место его поступил другой учитель – Гланштрем. Этот наставник далеко уступал в аккуратности и подготовленности предыдущему, но дети очень любили его за добрый, веселый характер. Кроме того, для Карла оказалось весьма выгодным то обстоятельство, что Гланштрем был недоучившийся медик и интересовался естественными науками, которых до тех пор в программе учения детей Бэра вовсе не полагалось. Застав однажды своего учителя с книгою в одной руке и с растениями в другой, Карл поинтересовался, что он делает. Тот отвечал, что определяет растения, то есть старается найти их названия. Так как мальчик не мог понять, каким образом можно найти в книге название любого сорванного растения, то пришлось ему это объяснить. Живо заинтересовавшись этим делом, Карл стал ревностно собирать и определять растения, причем учитель не мог оказать ему никакой помощи, так как и сам был лишь начинающим ботаником. Таким образом, параллельно ознакомлению с естественными науками началось и самообучение, столь полезное для развития самостоятельности и духа критики, который составляет лучшую гарантию действительного, не поверхностного знания. Вместе с коллекционированием молодой Бэр знакомился и с лекарственными растениями и стал мечтать о медицинской карьере, тем более, что Гланштрем, обладая кое-какими медицинскими сведениями, невольно сделался мало-помалу вольнопрактикующим врачом среди окрестного населения, так как настоящего врача не было; естественно, что и юный Бэр, помогая своему учителю, стал также все более и более входить в роль врача.